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核抽出物 トピック削除
No.983-TOPIC - 2009/08/04 (火) 15:40:03 - a
組織からの核抽出物の調整では、組織をホモジナイズした後、一度250g 、1 min等で遠心し、細胞外のマトリクスなどのデブリスを除去するプロトコールが多いと思うのですが、この除去をせず最終的に核抽出を行った場合、EMSAにどういう影響があるのでしょうか?比較した方はおられますか?
250gでデブリスと共に核は全く沈殿してきたりしないのでしょうか。
宜しくお願いいたします。
 
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(無題) 削除/引用
No.983-4 - 2009/08/06 (木) 11:19:05 - おお
EMSAのときです。DNA/RNAとタンパクを混ぜて反応(結合)させるとき
に用いられます。必ずヘパリンを使うわけでもないので、
多分見る対象のタンパクとかによって有効なものとそうでないものが
あるんじゃないかと思えます。

(無題) 削除/引用
No.983-3 - 2009/08/06 (木) 09:48:56 - a
おお さん、どうも有り難うございます。
ノンスペを防ぐためにヘパリンを入れるのは、抽出時ではなくてEMSAのときでしょうか?

(無題) 削除/引用
No.983-2 - 2009/08/05 (水) 06:12:14 - おお
組織や対象のタンパクによって変わってくるのではないでしょうか、、
細胞外にはヘパリン様の糖も存在してますので、その負電荷がもしかしたら
邪魔するかもしれませんが、たいていのプロトコールはノンスペを防ぐために
ヘパリンいれたりしますし、、

デブリスを除くのに、メッシュを使うというのもありますし、
シュークロースの密度を利用してなるべく純粋に核をとる
方法もあります。

自身の実験系で比較実験を必要ならすることをおすすめします。

そうそう遠心で核が落ちないかどうかですが、落ちにくいコンディション
ですが(バッファーにもよるでしょうけど)核に富んだフラクションを
取るというのとどれだけ邪魔な(必要のない)ものを除くのかという
バランスの問題と思います。
タンパク10ug使っても不必要なものが一杯あると
目的のタンパクの絶対量はへりますから、、、、

核抽出物 削除/引用
No.983-1 - 2009/08/04 (火) 15:40:03 - a
組織からの核抽出物の調整では、組織をホモジナイズした後、一度250g 、1 min等で遠心し、細胞外のマトリクスなどのデブリスを除去するプロトコールが多いと思うのですが、この除去をせず最終的に核抽出を行った場合、EMSAにどういう影響があるのでしょうか?比較した方はおられますか?
250gでデブリスと共に核は全く沈殿してきたりしないのでしょうか。
宜しくお願いいたします。

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