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プラスミドのPEG沈
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No.981-TOPIC - 2009/08/04 (火) 14:22:49 - プラスミド
アルカリSDS法によりプラスミド抽出をおこなったのですが、RNase処理後(37℃, 1 h)に溶液2.5M NaCl-20%PEGを加えると溶液が白く濁ってしまいました。
これってプラスミドもしくは大腸菌のゲノムDNAが析出してきたのでしょうか?
抽出したプラスミドやゲノムDNAが高濃度で溶液中に存在すると、今回のようにPEGを加えた直後に白く濁ってしまうものなのでしょうか?(もしくは他の原因?)
どなたかご教授頂けると幸いです。
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No.981-4 - 2009/08/05 (水) 15:34:34 - プラスミド
おおさん、中年さん
解答して頂きありがとうございました。
おおさん、中年さんの助言を参考に、自分なりにいろいろと考えてみました。
そこで、エタ沈後のペレットをTE(RNase含有)で溶解してインキュベートしたのでタンパク質ではないと思い、思いきって制限酵素処理と電気泳動をしてみた結果、大量のRNAが分解されずに残っていました。おおさんの言われた通りRNAが落ちてきたみたいです。
再度、RNase処理と精製をし直して、泳動しようと思います。
(無題)
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No.981-3 - 2009/08/05 (水) 01:38:33 -
おお
>[Re:1] プラスミドさんは書きました :
> アルカリSDS法によりプラスミド抽出をおこなったのですが、RNase処理後(37℃, 1 h)に溶液2.5M NaCl-20%PEGを加えると溶液が白く濁ってしまいました。
量にもよりますがDNAを沈殿させるために入れているわけですから、
DNAがそれなりの量あれば白濁が見られます。
ただ完璧にDNAだけを沈殿させる方法でもないので、量があれば
RNAも落ちてきますし、タンパクも沈殿してもおかしくないです。
白濁が起こったからおかしいと言う事はないと思います。
(無題)
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No.981-2 - 2009/08/04 (火) 16:17:50 - 中年
フェノール抽出したものに直接PEG溶液を加えたりはしていませんよね。
プラスミドやゲノムDNAが高濃度で含まれている場合には、PEG溶液を加えて撹拌した段階で糸くず状の沈殿を生じることは経験があります。どの程度の粒径の白濁かにもよりますが、薄い乳白色になっているのだとしたらタンパク質が析出しているのではないでしょうか。
プラスミドのPEG沈
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No.981-1 - 2009/08/04 (火) 14:22:49 - プラスミド
アルカリSDS法によりプラスミド抽出をおこなったのですが、RNase処理後(37℃, 1 h)に溶液2.5M NaCl-20%PEGを加えると溶液が白く濁ってしまいました。
これってプラスミドもしくは大腸菌のゲノムDNAが析出してきたのでしょうか?
抽出したプラスミドやゲノムDNAが高濃度で溶液中に存在すると、今回のようにPEGを加えた直後に白く濁ってしまうものなのでしょうか?(もしくは他の原因?)
どなたかご教授頂けると幸いです。
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