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RT-PCRのためのプライマー設計について 削除/引用 No.968-9 - 2009/08/04 (火) 19:58:20 - Yukenkin 皆様，有用なご助言の数々感謝致します。なんとか解決出来そうです。

(無題) 削除/引用 No.968-8 - 2009/08/03 (月) 16:29:28 - あべちゃん http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgPcr?command=start もしよかったら、ここにあなたのPrime setをほり込んでみて下さい。

(無題) 削除/引用 No.968-7 - 2009/08/03 (月) 15:32:39 - AP マウスゲノムとなると未知の偽遺伝子ということはありそうにないなあ。 これまでに増幅したことのある配列だとしたら、そのPCR産物で実験環境が濃厚汚染している可能性もあるんじゃないかな。心当たりがあるなら、今まで使ったプライマーより外側のプライマー（以前の増幅産物を鋳型にとらないプライマー）で再試してみては。

(無題) 削除/引用 No.968-6 - 2009/08/03 (月) 15:13:45 - Pumpkin cDNAのコンタミって結構バカにできません。フィルターチップを使うとか、最善の努力をしていますか？今回の遺伝子についてだけ起こっているのであれば、みなさんがサジェストしているようなことを考えるべきでしょう。

processed pseudogeneについて 削除/引用 No.968-5 - 2009/08/03 (月) 14:28:28 - Yukenkin 情報提供有り難うございます。cDNAをテンプレートとした場合の予想増幅配列でBLAST検索をかけても２つの別々のエキソンにヒットするのみで，processed pseudogeneらしきものにはヒットしません。プライマーを作り直すとして，pseudogeneを拾わないように設計する方法などありますでしょうか？ なおターゲットはマウスです。

(無題) 削除/引用 No.968-4 - 2009/08/03 (月) 13:10:47 - ザンギ 生物種が書いてあるとコメントもしやすいのですが、 すでに皆さん書かれてらっしゃいますが、可能性としては、 ・ゲノム上の偽遺伝子を増やしてる。 ・ゲノム配列情報が間違ってるor遺伝子多型 ・cDNAのコンタミ でしょうか。 解決策は、 プライマーの場所を変える。 ゲノムのコンタミ量を定量できるようにする。 でしょうか。

(無題) 削除/引用 No.968-3 - 2009/08/03 (月) 12:31:30 - AP pseudogene由来だったりして。材料生物は何でしょうね。ゲノムが読みつくされている生物なら、pseudogeneがあるかないかはあらかじめわかっているでしょうけれど。

pseudogene 削除/引用 No.968-2 - 2009/08/03 (月) 12:28:56 - ats 理論上あり得ます。 ゲノム上のProcessed pseudogenesを拾っていませんか。 予想増幅配列でBLASTサーチをすると、ゲノム配列がヒットするのではないでしょうか？

RT-PCRのためのプライマー設計について 削除/引用 No.968-1 - 2009/08/03 (月) 12:00:54 - Yukenkin RT-PCR用にイントロンを挟む形でプライマーを設計したのですが，RT無しをテンンプレートにしても（つまりゲノムDNAのコンタミ），RT有りと同様なサイズの産物が増幅されます。中身を読んでも間違いなくRNAを鋳型とした配列で，イントロンは含まれていません。試しにゲノムDNAをテンプレートにしても不思議なことにイントロンを含まない産物が増幅され，中身も間違いありません。理論的にはあり得ない話かと思いますが，同じような経験された方はおられませんでしょうか？また解決策等ご存知の方はぜひともご教示下さい。

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