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RNeasyで260/230がしょぼい トピック削除
No.965-TOPIC - 2009/07/31 (金) 23:41:10 - ami
お世話になっております。

QIAGENのRNeasy micro kitを使用して、RNAを抽出しています。プロトコルどおりにやっております。260/280はほぼ2で、RNAの収量も十分なのですが、260/230が0.5とか、非常にしょぼい値になります。測定時の希釈は、RNase free waterでやっても、10mM Tris-Cl ph 7.0でやっても、しょぼい値です。どのあたりのステップを改善したら、よい値になるでしょうか。経験談などございましたら教えてください。
 
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(無題) 削除/引用
No.965-6 - 2009/08/01 (土) 21:26:43 - ami
>溶出時にシリカメンブレンの摩耗したやつが一緒に落ちてくるみたい

遠心したら出てきました、でもよけても230高いです。

なんだか、遠心しても、メンブレンの周りの黄色いゴムみたいなのに、微妙に液がのっかってます。こいつが悪さしているのでしょうか。確認は明日します。

(無題) 削除/引用
No.965-5 - 2009/08/01 (土) 09:21:55 - Pumpkin
私もごくたまーにそのようなことになることがありますが、大体はエタチンしなおすと大丈夫でした。この場合はRLTの残留でしょうかね。

>溶出時にシリカメンブレンの摩耗したやつが一緒に落ちてくるみたい

これは私も留意してみようと思います。

(無題) 削除/引用
No.965-4 - 2009/08/01 (土) 08:49:07 - おお
http://www.biolabanalytical.com.au/analytical/lifescience/nanodrop/pdf/T009-ND-1000-&-ND-8000-Nucleic-Acid-Purity-Ratios.pdf

1度スペクトルをとってみたらどうでしょうか
EDTAなんかも230nmあたりは吸収があり邪魔するようです。

シリカメンブレンのカスによるバックグラウンドかも 削除/引用
No.965-3 - 2009/08/01 (土) 07:38:17 - Eire
溶出後の RNA 溶液を30秒から1分くらい最高速でスピンダウンした後、上清を使って定量してみてはどうでしょうか。
 RNeasy ではなく NucleoSpin RNA Clean-up XS (Macherey-Nagel) での経験なのですが、シリカメンブレンに RNA を吸着後、洗浄・溶出するという原理は同じなので、参考になるかもしれないと思い投稿させていただきました。
 このキットでも ami さんの仰るようなトラブルがあったのですが、上記作業を加えることで改善されました。どうやら、溶出時にシリカメンブレンの摩耗したやつが一緒に落ちてくるみたいで、それが OD230 のバックグラウンドになっていたようです。実際スピンダウンすると、目視できる量の沈殿が生じました。

追記 削除/引用
No.965-2 - 2009/07/31 (金) 23:50:32 - ami
あやしいのはやっぱりbuffer RLTの残留でしょうか。

RNeasyで260/230がしょぼい 削除/引用
No.965-1 - 2009/07/31 (金) 23:41:10 - ami
お世話になっております。

QIAGENのRNeasy micro kitを使用して、RNAを抽出しています。プロトコルどおりにやっております。260/280はほぼ2で、RNAの収量も十分なのですが、260/230が0.5とか、非常にしょぼい値になります。測定時の希釈は、RNase free waterでやっても、10mM Tris-Cl ph 7.0でやっても、しょぼい値です。どのあたりのステップを改善したら、よい値になるでしょうか。経験談などございましたら教えてください。

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