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(無題) 削除/引用 No.950-8 - 2009/08/01 (土) 19:38:32 - 転写因子 皆さん、ご意見ありがとうございます。 皆さんのご指摘の通り、転写因子の同定を甘くみていました。ただ、これから何とか頑張って最後までやりきりたいと思いますのでもう少しご意見いただけたらと思います。 「おお」さん 「最近はマイクロあれーのデーターベースやアレー解析もできますので、 その遺伝子の発現とそうかんのありそうな転写因子をバイオインファーマティックに絞り込んでいくという手も取れるかもしれませんね。」とのこと、興味があります。もう少し具体的に手法を教えていただけないでしょうか？ マイクロアレーのデータベースというのはどのサイトにあるのでしょうか？また、そのデータベースは何のサンプルの発現を調べたデータベースなのでしょうか？細胞などでしょうか？ 「う」さん 厳しいご指摘ありがとうございます。 絞り込んだと言いましたが、現在進行中でして、まだ400bpの段階です。これから100bpくらいまで絞り込む予定でいましたが、もっと絞りこんだ方がよさそうですね。変異を入れる実験は後々同定した転写因子が本当にそのサイトに結合するかどうかを調べるために行おうと思っていました。 また、「ある程度でいいから転写領域を絞ってみて、アレイなどのデータとつきあわせて考えよう」とういうのはどういうことでしょうか？アレイなどのデータというのはどういうことでしょうか？おおさんのいうデータベースにあるデータということでしょうか？すいません、もう少し詳細に教えていただけると助かります。 現在実験に使用しているのはメインは大腸癌細胞株であるDLD-1というものです。 どうぞよろしくお願いいたします。

(無題) 削除/引用 No.950-7 - 2009/08/01 (土) 00:16:20 - おお >[Re:5] うさんは書きました : > > どの程度に絞り込んだのか、まさか数百bpレベル？それなら転写因子もたくさん出てくるだろう。 > 計画性の無さは自ら認められている通り、あまりにひどい。 ひどいかどうかはおいておいて、転写因子のサーチがどこまで確立しているか という点で誤算があったということはいえると思います。 昔は数百ベースの所でフットプリントというのも王道でした。 あるいは、DNA断片をラベルしてプルダウンし精製してMSというのも あると思います。 そうして転写因子制御領域を絞り込んで変異をいれるという感じでしょうか、、 地道に100ベース位に刻んで、プロモーター上流にとっかえひっかえいれて 絞り込むというのも見かけますね。

(無題) 削除/引用 No.950-6 - 2009/07/31 (金) 10:00:20 - う あと、同じ癌でも、患者によって変わる場合もある。

(無題) 削除/引用 No.950-5 - 2009/07/31 (金) 09:59:17 - う ＞癌（現在扱っているのは大腸癌と肝癌です） と、ひとくくりにいうこと自体がマトを絞れない。 癌細胞が、具体的に何細胞由来なのか？ 癌のステージは？ そんなんで、なんぼでも変わる。 また、 ＞転写開始領域上流を絞り込んでいるところなのですが、絞り込んだはいいものの、 どの程度に絞り込んだのか、まさか数百bpレベル？それなら転写因子もたくさん出てくるだろう。 計画性の無さは自ら認められている通り、あまりにひどい。 １、転写調整津領域を数十bpレベルまで確かめる（ポイントミューテーションしてまで確認） 　　（それならばデータベースでヒットする転写因子も少ないだろう） ２、ある程度でいいから転写領域を絞ってみて、アレイなどのデータとつきあわせて考えよう 　　（２つを満たす転写因子を見つければヒットする転写因子も少ないだろう） このくらいのことぐらいは考えておかないと。

(無題) 削除/引用 No.950-4 - 2009/07/31 (金) 01:24:06 - おお たしかに実験的に絞り込むにはひと仕事です。確実に結果が出るかと いうと難しい場合も多々あるようなきがします。 最近はマイクロあれーのデーターベースやアレー解析もできますので、 その遺伝子の発現とそうかんのありそうな転写因子をバイオインファーマティック に絞り込んでいくという手も取れるかもしれませんね。

(無題) 削除/引用 No.950-3 - 2009/07/30 (木) 19:54:29 - qq NCBIのGEOdatasetをみてみると、こんなタイトルに遭遇です。 GDS2213 record: Hepatoma cell response to inhibition of DNA methylation and histone deacetylation [Homo sapiens] お役にたつやらたたぬやら。

(無題) 削除/引用 No.950-2 - 2009/07/30 (木) 19:37:56 - とも >転写開始領域上流を絞り込んでいるところなのですが、絞り込んだはいいものの、ここから転写因子の同定をどうしようかと思っているところです。 その絞り込んだ上流のDNAを作製にビオチン化するとかして、そのDNAに結合してくるタンパクを同定するっていうのはどうですか？ ガン細胞と正常細胞で比べて、ガン細微特異的にくっ付いてくるタンパクがあればリプレッサー、正常細胞特異的にくっ付いてくるタンパクがあれば、エンハンサーって感じで。

癌で減少する転写因子は？ 削除/引用 No.950-1 - 2009/07/30 (木) 16:48:41 - 転写因子 皆さんのお叱りを受けること承知の上で質問させてください。 現在癌で低下すると考えられる分子を取り扱っておりまして、その分子の遺伝子発現調節機構について調べているところです。具体的には有名なルシフェラーゼアッセイをしています。転写開始領域上流を絞り込んでいるところなのですが、絞り込んだはいいものの、ここから転写因子の同定をどうしようかと思っているところです。遺伝子解析は超素人で、深く考えずこの実験に飛び込んでしまいました。過去ログを参考にさせてもらってデータベースより予想され転写因子を調べてみているのですが、でてくる数が多すぎて…。 しょうもない質問をお許しください。癌（現在扱っているのは大腸癌と肝癌です）で低下する転写活性化因子、癌で増加する転写抑制因子をご存じないでしょうか？ また、いい総説があればご紹介いただけると助かります。 何かきっかけとなる情報があればそこから孫引き孫引きで知識を広げていけると思いまして。

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