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(無題) 削除/引用 No.900-15 - 2009/07/27 (月) 08:04:22 - おお >[Re:11] ザンギさんは書きました : > 枯草菌の芽胞だけでなくて普通の細菌でも、通常のオートクレーブの条件 > では100％が死ぬわけではないはずです。 100%死ぬという確率論的にはまあ完ぺきな条件って決めにくいだろうな と思います。結局は何この菌をその機械(条件)で処理して、その処理液から 何mLとってプレートにまいてコロニーが出来ないなら滅菌はできていると みなす、見なせるみたいなことになっているとは思います。 ただ、いくつかの研究室を渡り歩いて、昔の人がLBを滅菌して棚に置いてあったりしてその後その人が去ってから5年とか放置されているようなものでも コンタミせずに残っているというのも見たことがあります。 滅菌って完ぺきなんだなあっておもったりしました。 でもたまになんか生えてくるものもあるんですよね、、、カビとか、、 と言う事で感触的にはオートクレーブは完璧な滅菌方法である というきがしています。

(無題) 削除/引用 No.900-14 - 2009/07/24 (金) 10:22:27 - う 菌がオートクレーブで死なないと思っている方が結構いるということに驚き。 世の中100%ってのは無いかもしれませんが、 もともとオートクレーブする条件で死なないと考えるより、 そのオートクレーブ機器の状態によって菌が残ってしまうこともある、 と考えるべきでは？ 機械の使い方として、みっちり入れすぎとか、機械の不具合とか。 もともとの ＞オートクレーブでDNAは分解するのか？ について、これも同じかと。 オートクレーブでDNAは分解することもあるかもしれないが、100％ではないと思います。 その前に、オートクレーブしようとしているものDNAが多く含まれているということがおかしい。 オートクレーブでDNAを分解させよう、ではなくて、 実験に使うものにはDNAがほとんど含まれていない状態でオートクレーブするという発想。 なぜこういう風に考えないのか疑問。 PCRで洗ったガラス器具は怖いとか思うのであれば、新品のチューブに超純水装置から直接汲み取った水をそのまま、もしくはオートクレーブするとか。

(無題) 削除/引用 No.900-13 - 2009/07/23 (木) 18:42:46 - flu 滅菌・消毒法については、下記のリンクで紹介されている本が信頼できると思います。 http://www.yoshida-pharm.com/text/index.html

(無題) 削除/引用 No.900-12 - 2009/07/23 (木) 18:29:42 - AP >枯草菌の芽胞だけでなくて普通の細菌でも、通常のオートクレーブの条件 では100％が死ぬわけではないはずです。 少なくとも私らの商売で使っているオートクレーブやその使用条件では、100%の菌が死なぬようでは困りますし、そうなっているはずです。でなきゃ、P1レベルの組換え大腸菌だってあつかえないでしょう（廃棄に際しては完全な不活性化が求められ、多くの場合、オートクレーブで実現されている）？　 異常にみっちり詰め込んだり、体積や熱容量が大きなもので、深部まで十分に熱せされないというのでもなければ、オートクレーブテープが変色する程度、かかっていれば十分なはず。 食品なんかでは、菌数をこれ以下にせよという法令があって、それを実現するにはどういう条件が必要か、という考え方をしているのでは。完全に殺菌する条件と品質、食味などの保持とは相容れないでしょうから。

(無題) 削除/引用 No.900-11 - 2009/07/23 (木) 16:45:31 - ザンギ >やっぱり、オートクレーブで生きた雑菌がコンタミするというのは考えにくいです。 枯草菌の芽胞だけでなくて普通の細菌でも、通常のオートクレーブの条件 では100％が死ぬわけではないはずです。 詳細は忘れてしまいましたが、食品工学とか衛生学そういった分野では ちゃんと定量的に検討されてるはずですね。 工業的にはエネルギーコストと滅菌効果を天秤に掛けて経済的合理性で持って 条件設定されてたと思います。 研究室では根拠不明の安全率なるものを乗算して数倍の時間で処理するのが 普通のようです。 出典不詳で恐縮ですが。 元の細菌数が多ければ滅菌工程後も残存する確率は高まりますし、より 耐熱性の株が選抜される可能性もありますね。 まぁともかく研究室の釜は週に1回くらいはきれいに洗浄しましょう。

(無題) 削除/引用 No.900-10 - 2009/07/23 (木) 16:39:04 - mom-a ＞エッペンとかでDNA扱うのには確かにオートクレーブをかけたりというのはしませんね。なんだかわざわざ汚しているような気がして、、、、、、 してるんですよ…。袋買いしたチップをチップ立てにつめてオートクレーブしてます。「チップ詰めしている間に汚れている気がする〜」ということのようで。 最近では分析屋さんでもピペットマンを使うようですが、間違ってもオートクレーブなどしませんから、箱詰めしてあるものを購入しているようです。これはこれでゴミが多いのが困りものですが。

(無題) 削除/引用 No.900-9 - 2009/07/23 (木) 13:32:36 - おお >[Re:8] APさんは書きました : > >もしかしたら相当な数のバクテリアがいて > >完全に死滅させるのに十分な時間でなかったのかもしれませんね。 > > やっぱり、オートクレーブで生きた雑菌がコンタミするというのは考えにくいです。たとえばですが、 ホントはひそかにそう思っていましたが、、、、 設定が甘いとか目盛が狂っていて、それでも普段何とかなる程度 のところに大量のコンタミしたものを使ったのかなっと、、、 処理後のコンタミが一番可能性ありそうですね。 エッペンとかでDNA扱うのには確かにオートクレーブをかけたりというのはしませんね。なんだかわざわざ汚しているような気がして、、、、、、 ヌクレアーゼフリーとまで書いてくれているものとか、わざわざしたくないですし、昔はヌクレアーゼの失活という狙いもあってやってたかもしれません。 ま、DNAを何に使うかによるかもしれませんが たまにオートクレーブ神話でもあるのではと思っちゃうことがあります。 余計なエネルギーを使わないエコな研究を目指しましょう。

(無題) 削除/引用 No.900-8 - 2009/07/23 (木) 12:48:50 - AP >もしかしたら相当な数のバクテリアがいて >完全に死滅させるのに十分な時間でなかったのかもしれませんね。 やっぱり、オートクレーブで生きた雑菌がコンタミするというのは考えにくいです。たとえばですが、 ・密閉状態で乾燥した培養ビンの中が、芽胞などで汚染されていた。高圧蒸気が当たらず、乾燥した状態だと滅菌力は落ちます。乾熱滅菌なら通常、200℃以上で時間も長いくかけますね。培養ビンだけをオートクレーブしたのではなく、培地を入れていたというなら、これはあたりませんが、培地をオートクレーブして、コンタミしたことは案外ないもんです（というか皆無です）から。 ・缶体内部や水が高度に有機物に汚染されていて、それが培養器に付いた。その時点では無菌であったが、出してから使うまでの間に付着した有機物をエサに雑菌が繁殖した。それが外部だけであったとしても、タイターが高くて無菌操作中に内部まで汚染した。 市販のディスポチューブやピペットチップは、とくに滅菌済みグレードやnuclease-freeグレードでなくても、よほど保存管理の状態が良くないとか、考えられないほどQCされていないメーカーのものでもなければ、オートクレーブかける必要はないです。わたしは、基本的にかけません（他の人が用意してくれたオートクレーブ済みのものを使うことはあっても）。 汚染のリスクをかえって上げるというのもそうですが、手間も時間も余計にかかるし、一旦ぬれたものを乾燥させて使うというのもアレだし、熱処理で可塑剤などが溶け出してきてどんな悪さをするか分からないし（オートクレーブするとチューブの内部に白い付着物が出来たりしますね）、良いことないと思います。

(無題) 削除/引用 No.900-7 - 2009/07/23 (木) 11:21:00 - おお >[Re:6] ばいやさんは書きました : > > いや、それはオートクレーブ自身がうまくワークしていないのでは、 > > 余程特別な好熱性のものを使っているなのらともかく、、、、 > > > 耐熱菌が増えていたのかもしれませんが・・・それでも疑問には残っています。 もしかしたら相当な数のバクテリアがいて 完全に死滅させるのに十分な時間でなかったのかもしれませんね。

(無題) 削除/引用 No.900-6 - 2009/07/23 (木) 10:56:20 - ばいや > > さらにこんなことを経験したことがあります。 > > 培養ビンを汚れたオートクレーブかけたら１００％汚染されました。微生物によって。微生物すら生きていたんだから当然その中にあるDNAも大丈夫だったんでしょうね。 > > いや、それはオートクレーブ自身がうまくワークしていないのでは、 > 余程特別な好熱性のものを使っているなのらともかく、、、、 耐熱菌が増えていたのかもしれませんが・・・それでも疑問には残っています。 とりあえずオートクレーブをきれいにしたら大丈夫でした。それに問題があったときもインジケーターの色が変わっていたので機械は大丈夫だったと思います。

(無題) 削除/引用 No.900-5 - 2009/07/22 (水) 09:19:50 - おお >[Re:4] ばいやさんは書きました : はしていますが。 > > さらにこんなことを経験したことがあります。 > 培養ビンを汚れたオートクレーブかけたら１００％汚染されました。微生物によって。微生物すら生きていたんだから当然その中にあるDNAも大丈夫だったんでしょうね。 いや、それはオートクレーブ自身がうまくワークしていないのでは、 余程特別な好熱性のものを使っているなのらともかく、、、、 > > きれいにするのが一番 それはそうですね。そのとおりだとおもいます。 どんな洗い方をするのがいいのでしょうかね、、、、、 一週間に１度水を抜いて水洗いするくらいはしてたり してましたが、、、、、

(無題) 削除/引用 No.900-4 - 2009/07/22 (水) 09:03:55 - ばいや > オートクレーブの目的の一つにDNAの分解があげられると思いますが、通常 すみません初耳でした。分解はされるだろうとは思っていたけど、DNAの分解を目的としたことはなかったです。 > オートクレーブの機器が汚れていると、かえってサンプルがDNAで汚染される可能性がある、という話を聞いたことがあり、ずっと気になっておりました。 随分昔の雑誌のコラムに載っていたような。それが怖いからチップやチューブなどをわざわざオートクレーブしないって書いていました。 でも私はしていますが。 さらにこんなことを経験したことがあります。 培養ビンを汚れたオートクレーブかけたら１００％汚染されました。微生物によって。微生物すら生きていたんだから当然その中にあるDNAも大丈夫だったんでしょうね。 きれいにするのが一番

(無題) 削除/引用 No.900-3 - 2009/07/22 (水) 05:16:45 - おお > > オートクレーブの目的の一つにDNAの分解があげられると思いますが、 完全にインタクトに保てるかという点では疑問ですが、 実験によりますがDNAの分解は種な目的になってはないと思います。 > 通常のオートクレーブ条件（１２１度、２気圧、１５分）で滅菌するとDNAはPCRがかからない程度に分解するのでしょうか？　 たぶんPCRはかかると思います。 > これまで疑いなく分解すると信じていましたが（教え込まれていましたが）、当たり前すぎるためか、ソースがなかなか見つからず困っています。 乾熱するか、場合によってはDNA失活のためにDEPCをつかってオートクレーブするというのを聞いたことがあります。DEPCはRNase失活によく使われていた試薬ですがそういうのにも使えるという話があります。ただ発癌性など考慮に入れると最近はあまり使う人がいなくなったのではとおもいます。 > > また、もしオートクレーブでDNAがPCRで検出不可能なレベルまで分解するのであれば、例えばオートクレーブした細胞培養溶液からPCRで標的分子が増幅された場合というのは、サンプルの一部がオートクレーブの条件に達していなかったと解釈すべきなのでしょうか？ オートクレーブが完璧でないと同時に、他のコンタミのソースも疑いながら、 チェックしていくしかないですね。

(無題) 削除/引用 No.900-2 - 2009/07/21 (火) 22:25:17 - AP >オートクレーブの目的の一つにDNAの分解があげられると思いますが、通常のオートクレーブ条件（１２１度、２気圧、１５分）で滅菌するとDNAはPCR がかからない程度に分解するのでしょうか？　 どんな場合でもそうであるといっているなら、完全にFalseでしょう。 いかに断片化しようと、要は程度の問題で、短い区間のPCRならその間無傷の鋳型が残っていて不思議はないし、長い区間でも確率的に無傷の鋳型が全くなくなるとは言い切れないでしょう。 たとえば、サケやニシンの精巣DNAをキャリア用に調製するとき、水に溶かしてオートクレーブをかけて断片化するという方法がありますが、もちろんそれで完全に分解するわけではありません（完全分解しては使い物にならない）。一本鎖に解離した状態で見ても、平均数百塩基長くらいになっていることが多いと思います。 >これまで疑いなく分解すると信じていましたが（教え込まれていましたが）、当たり前すぎるためか、ソースがなかなか見つからず困っています ないんじゃないかな。

オートクレーブでDNAは分解するのか？ 削除/引用 No.900-1 - 2009/07/21 (火) 21:57:44 - アキ オートクレーブの機器が汚れていると、かえってサンプルがDNAで汚染される可能性がある、という話を聞いたことがあり、ずっと気になっておりました。 オートクレーブの目的の一つにDNAの分解があげられると思いますが、通常のオートクレーブ条件（１２１度、２気圧、１５分）で滅菌するとDNAはPCRがかからない程度に分解するのでしょうか？　これまで疑いなく分解すると信じていましたが（教え込まれていましたが）、当たり前すぎるためか、ソースがなかなか見つからず困っています。 また、もしオートクレーブでDNAがPCRで検出不可能なレベルまで分解するのであれば、例えばオートクレーブした細胞培養溶液からPCRで標的分子が増幅された場合というのは、サンプルの一部がオートクレーブの条件に達していなかったと解釈すべきなのでしょうか？

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