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ありがとうございます 削除/引用 No.898-4 - 2009/07/22 (水) 10:42:57 - マイス 　通りすがり様 　ありがとうございます！ 　漠然とPGKなどのプロモーターがクロマチン構造を変えてしまい、他の遺伝子の発現をおかしくしてしまう可能性があるから程度にしか理解しておりませんでした。詳しい説明をどうもありがとうございます。教えていただいた論文も早速精読させていただきます。 　一つ疑問に思ったことがあるので、質問させていただいてもよろしいでしょうか？ 　「反対の鎖にコードされる遺伝子などの転写をおかしくしたり、、」、 とのことですが、例示してくださったお話は、耐性遺伝子の＋鎖を、ターゲット遺伝子の＋鎖と同じ鎖に組み込んだ場合でしょうか、それともターゲット遺伝子とは反対の向きすなわち、ターゲット遺伝子の−鎖に組み込んだ場合なのでしょうか？ 　私の勉強不足なのですが、プロモーターにも＋や−鎖という考え方があるのか、プロモーターは自身にとっての−鎖の転写にも影響を与えうるのかと疑問に思いましたので、今後の勉強のためにもしよろしければお答えいただきたく存じます。以上宜しくお願いいたします。

(無題) 削除/引用 No.898-2 - 2009/07/22 (水) 07:44:57 - 通りすがり >コンベンショナルノックアウトのES細胞を作る場合、耐 >性遺伝子をFRTおよびLoxPで挟んでおいて、相同組み換えができた後に耐性遺伝 >子は除去しなければならないのか否かを教えてください。 conventionalなKOの場合、耐性遺伝子をクローン選択後などにはずすのは 絶対的に必要ではないのですが、過去の報告例としてtargettingの際に PGK-neomycinなどのカセットが置換されたexonの間のintronなどに挿入された場合、PGKなど耐性遺伝子のpromoterからの転写活性が隣接あるいは反対の鎖にコードされる遺伝子などの転写をおかしくしたり、あるいは破壊していない部分のエクソンなどのスプライシングのパターンを変えてしまうことが９０年代の初めにいくつかのKOマウスの作成時に報告された経緯があるのです。 例:EMBO J. 1994 Mar 1;13(5):1157-65. そのために、KOマウスの表現系が目的の遺伝子を単に破壊した結果なのか、薬剤耐性遺伝子が目的の遺伝子以外の遺伝子などに影響した２次的な影響なのかを区別するために、慎重にやりたい研究者などは 耐性遺伝子は一度クローンなどを作成した後に除去したりするのが わりと多くなってます。 ただもちろん除去しないでそのままやってるのもたくさん今でもありますよ。

ES細胞のコンベンショナルノックアウトについて 削除/引用 No.898-1 - 2009/07/21 (火) 19:59:09 - マイス 始めまして。ノックアウト初心者の大学院生です。 　ノックアウトにはコンベンショナルノックアウトとコンディショナルノックアウトの２種類があると思います。コンディショナルノックアウトでは、ポジティブ選択マーカーの耐性遺伝子（ネオマイシン耐性遺伝子など）結果的には除去されていますが、コンベンショナルノックアウトのプロトコールではこの耐性遺伝子は除去しなければならないと明確な表記はありませんでした。 　しかしながら、コンベンショナルノックアウトES細胞を使って遺伝子の機能を解析した論文を参考にしてみると、この論文の著者らは耐性遺伝子を除去してから実験に使っていました。 初心者ゆえ、また周囲に師匠もいないので、判断に困っております。 　どなたかご親切な方、コンベンショナルノックアウトのES細胞を作る場合、耐性遺伝子をFRTおよびLoxPで挟んでおいて、相同組み換えができた後に耐性遺伝子は除去しなければならないのか否かを教えてください。 宜しくお願い申し上げます。

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