核の分画法はいろいろな方法があり、それぞれ長所、短所もあり、目的に応じて選択されるとおもいますので、どのような方法で分画されているか分からないので一般論としてですが、完全に除いたつもりでも、多少残っていてもそんなに大きな違いは無いと思います。むしろ分画のときに使ったのと同じ組成のbufferに核を再度静かにけんだくしてから遠心したほうが細胞質のコンタミはずっと減らせるとおもいます。(けんだくするときは、ボルテクスしたり何度もピペッティングとかはしない方がいいです。核が痛みます)この洗いは1回やれば十分と思います。やり過ぎるとせっかく分離した画分をかなりロスする恐れがあります。
bufferの組成によっては、いくら洗っても除けない成分もあります。例えば細胞骨格とかは核にくっついていますし、小胞体なども核膜とくっついてます。よってTritonなどの界面活性剤を添加しない方法だと、いくら上手にやってもこうしたものはかなり核画分にも来てしまうとおもいます。
分画の成否は、適当な蛋白質をマーカーとして、ウェスタンでチェックした方がいいです。 |
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