Bio Technical フォーラム

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No.855-TOPIC - 2009/07/13 (月) 11:57:17 - ??
あるベクターをコンピネントセルにトランスフォーメイションしたものをLB寒天培地で培養し、コロニーをピックアップしてきて、試験管で一晩培養したものにちゃんとベクターが入っているのを確認する方法なんですが。その培養液からDNAを抽出して、アガロース電気泳動をおこなって確認出来るのでしょうか?実際ながしてみたのですが、目的の分子量の位置にバンドがでていないようなのですが・・・
 
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No.855-8 - 2009/07/14 (火) 08:10:15 - う
まず、質問者さんのいる研究室等の先生や先輩に聞きましょう。
その方が早いです。

(無題) 削除/引用
No.855-7 - 2009/07/14 (火) 06:36:56 - ~
>ベクターなんですが今回はちゃんと入っているか確認のつもりで行ったのですが、もっといい方法があるのでしょうか?

抽出した上で、全ベクター配列のシークエンシング?
何をもって「ちゃんと入っている」と呼ぶのか次第です。
環状のまま流してその移動度を見るだけでも、チェックしたと言えなくもありません。

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No.855-6 - 2009/07/14 (火) 02:46:35 - Boston
ベクターなんですが今回はちゃんと入っているか確認のつもりで行ったのですが、もっといい方法があるのでしょうか?

colony PCR?

(無題) 削除/引用
No.855-5 - 2009/07/14 (火) 00:22:39 - zuum
教える側、教わる側に大きな問題があるようです。
??さんは実験の内容を理解してから取り組んだ方がいいですよ。
いろいろな意味で危ないので。


また、~ さんや mom-a さんがおっしゃるように、
一般的にはプラスミドを制限酵素で1箇所もしくは2箇所くらい切断し、
線状にしてから電気泳動で確認します。

環状のまま電気泳動すると、プラスミドがくちゃくちゃに丸まっているので
理論値通りのところにバンドは確認できません。
実際には理論値よりも小さくなるでしょう。

もし、実験の内容がわからないのであれば、基本的なマニュアルが載っている参考書をよく読んだ方がいいですよ。

(無題) 削除/引用
No.855-4 - 2009/07/13 (月) 22:43:20 - ??
確かに確培養液からDNAを抽出して、アガロース電気泳動するといわれて、そのまましていました。いろいろ読んでみると制限酵素で切断して〜とあったので、不安になりお尋ねしました。現在周りの人が出張などで聞ける人がいないので。それから、ベクターなんですが今回はちゃんと入っているか確認のつもりで行ったのですが、もっといい方法があるのでしょうか?

(無題) 削除/引用
No.855-3 - 2009/07/13 (月) 16:08:09 - mom-a
>その培養液からDNAを抽出して、アガロース電気泳動をおこなって確認出来るのでしょうか?

もし、??さんが実験書などをみて、そこに書いてある方法をみている(ここでの書き込みでははしょって書いている)のなら、方法自体は正しいでしょう。
もし、誰かに「培養液からDNAを抽出して、アガロース電気泳動して」とだけ言われたということであれば、あまりにも大雑把で、例えば、、~さんのおっしゃるように、サイズを確認するには制限酵素で切断してプラスミドを線状にしなければならない、など抜けている点があります。言葉通りにやっただけでは上手くいかないでしょう。

>実際ながしてみたのですが、目的の分子量の位置にバンドがでていないようなのですが・・・

方法が違っていたとお考えですか?操作上の問題があった可能性や、ベクターが入っていなかった可能性についてはどうですか?

(無題) 削除/引用
No.855-2 - 2009/07/13 (月) 12:29:47 - ~
入れているベクターは環状ですよね。
線状のサイズの位置にバンドが来ていないと考えていませんか?

ベクター中で1箇所でしか切れない制限酵素で切断した後に流すと、
期待される線状のサイズの位置にバンドが来るかもしれません。

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No.855-1 - 2009/07/13 (月) 11:57:17 - ??
あるベクターをコンピネントセルにトランスフォーメイションしたものをLB寒天培地で培養し、コロニーをピックアップしてきて、試験管で一晩培養したものにちゃんとベクターが入っているのを確認する方法なんですが。その培養液からDNAを抽出して、アガロース電気泳動をおこなって確認出来るのでしょうか?実際ながしてみたのですが、目的の分子量の位置にバンドがでていないようなのですが・・・

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