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SDS-PAGEと電子レンジ トピック削除
No.853-TOPIC - 2009/07/13 (月) 10:18:26 - 小児科医師(ゆとり教育)
Laemmli bufferを使用し、SDS-PAGEで電気泳動を行っています。以前は問題なく実験できていたのですが、この2か月、サンプル蛋白がうまく泳動されずに困っています。

同時に流しているサンプルマーカー(色付き)は問題なく流れているので、サンプルの調整に問題がありそうです。現在、蛋白を溶かしたLaemmli bufferを電子レンジで1分、加熱しています。以前も同様に電子レンジを使っていたのですが特に問題なく泳動出来ていました。以前に比べるとサンプル数が多くなっているので、サンプルが十分に加熱できておらず、SDSの還元が十分されていない可能性を疑っています。。

1.電子レンジを加熱に使っているか、使っていないか。
2.電子レンジを使っている場合、加熱はどれくらいの時間行うか。
3.電子レンジを加熱に使わない理由があればどのようなものか。

以上につき質問したいと考えております。お手数ですがご教授下さい。
 
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(無題) 削除/引用
No.853-12 - 2009/07/14 (火) 13:33:56 - 小児科医師(ゆとり教育)
本当にお恥ずかしい話なのですがバッファーが古くなっていたのが原因だったようです。Laemmli buffer, running buffer, transfer buffer, TBSTを作り直して実験をしたところバンドが出てました。電子レンジではないかと疑ったのは、転写が終わった後ゲルをクマシーで染めてみたときなので、すでに電子レンジで加熱していました。ゲルをクマシーで染めても全然バンドが出なかったので、おそらく蛋白は転写されていないだろうとダメもとで抗体付加-発光させてみたところ、バンドが出たという次第です。逆に、バンドが出たのになぜクマシーで染まらなかったのかが疑問ですが、とても古いクマシーだったのでそれで染まらなかったのかもしれません。クマシーは希釈した状態で1年以上放置してあったものです。

急がば回れという諺を痛いほど痛感しました。臨床も実験もだと、つい手間を省こうとしてしまっていけませんね。

(無題) 削除/引用
No.853-11 - 2009/07/14 (火) 08:38:19 - とおりすがり
差し支えなければ
何が原因だったのか教えて頂けませんか?


なぞなぞ出されたまま答えがわからない気分で落ち着かないもので...

(無題) 削除/引用
No.853-10 - 2009/07/14 (火) 02:43:24 - 小児科医師(ゆとり教育)
結局、電子レンジが原因ではなく他の問題ということがわかり解決しました。ご迷惑おかけしました。

もともとはお湯で加熱していたのですが、他の研究室で電子レンジで加熱する方法でやっているのをみてうちの研究室でも同様にやるようになりました。電子レンジの方が手間が省けるのは確かですが、何か問題が起きた時に疑ってしまう(疑う必要がある)ので基本にのっとってやる方がベターだと思います。ただし、元の研究室に問い合わせたところ、「電子レンジのマイクロ波は水分子を特異的に振動させるので、蛋白やDNAなどの大きい分子は振動させないから問題ないよ」というコメントをいただきました。

>>〜さん

ご指摘の通り、サンプル数と加熱時間を検討しないといけないようです。今まではサンプル数が少なかったので1分の加熱で十分だったのですが、サンプル数が増えてくるとより長時間加熱する必要があります。加熱時間の検討が手間なので、お湯で加熱する方法に戻そうと思います。

ご回答いただきました皆様、誠にありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.853-9 - 2009/07/13 (月) 19:38:38 - 南の島の「み」
電気泳動ではほぼ初心者ですが,気になりましたので.

1電子レンジは使ったことありません.お鍋派です.

あと,気になった点ですが,サンプルの性質はどうなのでしょうか?
つまり,以前は電子レンジを使用してもきちんと泳動されていたが,この数ヶ月は上手くいっていないというのが,同じサンプルを流しているということではないのかもと思いました.
もし,以前とはサンプルが異なれば,そのサンプルの性質も関係してくるかも知れないですね.

あと,電子レンジは出力が落ちていませんか?結構使い古しているとか?

答えになってませんが,一考として.

この方法は、私は遠慮したいな、と。 削除/引用
No.853-8 - 2009/07/13 (月) 19:15:03 - C
電子レンジのあれはマイクロ波というか赤外線みたいなものですね。あれが体にまともに当たると体に穴があいて大変なことになるので、電子レンジ作るときはシールドにすごい金をかけているというのを子供の頃になんかのテレビ番組で聞いた事があります(もしかしたら嘘かもしれないけど。)。だからエネルギー的とかそういう面でかなりヤバいものという感じがすごいしてました。なのでそれを蛋白質やDNAに直接あてたら分子レベルではこれはやっぱりちょっとヤバいことがおきるような気がするので、周りから勧められても、とりあえずわたしは遠慮したいなとおもいます。

実際、電子レンジでSDS sampleの前処理するというのは聞いた事無いです。あくまでも想像ですが、DNAの実験から入った人が、アガロース溶かすときのイメージが強くて、あとから蛋白質の研究もやるようになったときに、『蛋白質=ヒートブロックor 煮沸=遅い&面倒=加熱こんなでほんとにいいの、不完全じゃないの?』ということで レンジ=速い&加熱完璧=最強というながれで始められた方法が一部で広まったのではないかなどと想像しました。

(無題) 削除/引用
No.853-7 - 2009/07/13 (月) 17:50:10 - A
私はPCRマシンでボイルしてます。これが一番簡単なので。

(無題) 削除/引用
No.853-6 - 2009/07/13 (月) 17:20:22 - う
他の皆さん同様、私も電子レンジを使っていません。
鍋で煮たり、ヒートブロック100℃で暖めたり。
こういう基本的なプロトコールはその辺にいくらでも転がっているはずです。

その前に、私は非常に驚きました。
何故、電子レンジをつかうのでしょうか?
逆に質問したいです。

そのくらいやっている人なんて皆無と思います。

(無題) 削除/引用
No.853-5 - 2009/07/13 (月) 16:46:21 - ~
タイトルを見て、てっきりゲルのCBB染色についての話かと思っていました。

1.電子レンジを加熱に使っているか、使っていないか。
使っていません。
鍋とコンロで5分間ボイルか、
95~100℃のヒートブロックで5分
にしています。

3.電子レンジを加熱に使わない理由があればどのようなものか。
先輩からはそうやれとは教わらず、実験書で電子レンジにかけるプロトコルを見たことが無いというのが回答の1つで、
電子レンジの使用方法について柔軟な思考能力がなかったというのも回答になるでしょう。

自分でSDS-PAGEの系を立ち上げたり、プロトコルを変えるような状況にいなかったので、
使えと言われたヒートブロックやガスコンロをそのまま使い続けています。
ヒートブロックや鍋を温めるのに結構時間がかかるので、電子レンジで準備無しに1分でできるのであれば魅力的ですが、
トラブルが起きているのですよね…


料理を作るときは、g数や置き場所などで温まり方が変わりますが、
サンプルの場合はあまり気にしなくてもいいのでしょうか?
サンプルではありませんが、出力が高ではなく中になっていたために、
いつもどおりに電子レンジにかけてもお弁当が温まらずに怒っている人がいました。

(無題) 削除/引用
No.853-4 - 2009/07/13 (月) 15:45:06 - mom-a
1.使ったことがありません。
 ウォーターバスで加熱していました。(もちろん、ヒートブロックでOKでしょう。)
3.温度制御ができないからでしょうが、私の学生時代は電子レンジもヒートブロックもなかったので。(世の中になかった、という意味ではないです!ウチのラボになかっただけです!)

cDNA様とほぼ同意見。 削除/引用
No.853-3 - 2009/07/13 (月) 15:26:18 - つん
1、使いません。ヒートブロックを用いて、95℃で5分間あるいは70℃で10分間でやっていました。

3、電子レンジではサンプルがきちんと加熱できたかわからないからだと思います。

電子レンジって、アガロースを溶解するときぐらいしか使っていませんでした。
こんな使い方があることにびっくりです!

(無題) 削除/引用
No.853-2 - 2009/07/13 (月) 14:34:01 - cDNA
サンプルの加熱になぜ電子レンジを使っているのですか?
サンプルの温度制御が出来ないと思いますが。

90−100Cのヒートブロックで5分程度加熱するのが一般的です。

SDS-PAGEと電子レンジ 削除/引用
No.853-1 - 2009/07/13 (月) 10:18:26 - 小児科医師(ゆとり教育)
Laemmli bufferを使用し、SDS-PAGEで電気泳動を行っています。以前は問題なく実験できていたのですが、この2か月、サンプル蛋白がうまく泳動されずに困っています。

同時に流しているサンプルマーカー(色付き)は問題なく流れているので、サンプルの調整に問題がありそうです。現在、蛋白を溶かしたLaemmli bufferを電子レンジで1分、加熱しています。以前も同様に電子レンジを使っていたのですが特に問題なく泳動出来ていました。以前に比べるとサンプル数が多くなっているので、サンプルが十分に加熱できておらず、SDSの還元が十分されていない可能性を疑っています。。

1.電子レンジを加熱に使っているか、使っていないか。
2.電子レンジを使っている場合、加熱はどれくらいの時間行うか。
3.電子レンジを加熱に使わない理由があればどのようなものか。

以上につき質問したいと考えております。お手数ですがご教授下さい。

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