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とにかく増幅効率のよいPolymerase (PCR) トピック削除
No.848-TOPIC - 2009/07/11 (土) 19:15:06 - あかね
現在、PCRを使ってin situ hybridizationのprobeを作っています。訳あって他の方法(Nick translationなど)でのラベリングは考えていません。

経験的にpolymeraseによって増幅効率が全然違うと把握しています。
現在はTaqを使って増幅しているのですが、もっとprobeを効率よく沢山作れないかとおもっています。そこで、増幅効率のよいPolymeraseを教えていただけないでしょうか?
ここでは修復活性の有無は問いません。

経験として、Taq < ExTaq < KODplusの順で増幅効率が良いと思っていますが、
こういうpolymeraseはどう?というsuggestionをいただきたいです。
 
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No.848-9 - 2010/03/07 (日) 13:44:28 - baramonia
さらに
<Fusion<Primestar Max
という感覚です。

(無題) 削除/引用
No.848-8 - 2009/07/24 (金) 22:19:22 - あかね
皆様、ご意見ありがとうございました。
KOD シリーズが良さそうですね。

(無題) 削除/引用
No.848-7 - 2009/07/24 (金) 12:23:37 - さとぴ
in situ のprobeをつくられるなら
KOD-plus-が妥当かと思います。
うろ覚えですがKOD-plus-のver.2のbufferの方がさらにいいのではないでしょうか。
健闘を祈ります。

(無題) 削除/引用
No.848-6 - 2009/07/15 (水) 01:00:27 - 小童
私の使用した中では、Ex Taq<LA Taq<KOD FXです。ただし、KOD FXはノンスペも多かった気がします。

(無題) 削除/引用
No.848-5 - 2009/07/12 (日) 21:47:51 - み
templateの質によっても酵素との相性は左右されるのでは。

綺麗なtemplateだったらtaqで充分な印象。
汚いものならex taqの方が良い印象(ProK+SDS bufferで抽出後フェノクロ・エタ沈処理したmouse tail DNAに関してtaq vs. ex taqで増幅効率を比較しての印象です)。

(無題) 削除/引用
No.848-4 - 2009/07/12 (日) 21:05:56 - 中年
ExTaqに一票

(無題) 削除/引用
No.848-3 - 2009/07/12 (日) 08:50:54 - おお
配列、ポリメラーぜのプレファレンス、アナログとの相性など
いろいろあると思いますので難しいですが、私なら第1選択は
通常のTAQです。

あとKODplusよりも、KODの方が伸長活性を考えると有利とも思えますが、、、

(無題) 削除/引用
No.848-2 - 2009/07/11 (土) 20:08:37 - AP
ストレートなTaq、あるいはTakara ExTaqあるいはRocheのExpand HiFiあたりが適当ではないでしょうか。標識がなにかがわかりませんが、dUTPに化学修飾したものを使うのでしょう。通常のPCRでいかに増幅効率が高い酵素でも、こういうアナログが基質に加わると事情が違います。多くの場合、強い校正活性のあるような酵素ではアナログの利用効率が下がるので、増幅効率やラベル効率が下がるといわれています。標識アナログを販売しているメーカーの多くもストレートなTaqを推奨しているようです。

増幅効率を高めるのが収量の問題であれば、Taqをたっぷり目に使うとか、反応スケールを増やすとかで解決できるのではないでしょうか。

とにかく増幅効率のよいPolymerase (PCR) 削除/引用
No.848-1 - 2009/07/11 (土) 19:15:06 - あかね
現在、PCRを使ってin situ hybridizationのprobeを作っています。訳あって他の方法(Nick translationなど)でのラベリングは考えていません。

経験的にpolymeraseによって増幅効率が全然違うと把握しています。
現在はTaqを使って増幅しているのですが、もっとprobeを効率よく沢山作れないかとおもっています。そこで、増幅効率のよいPolymeraseを教えていただけないでしょうか?
ここでは修復活性の有無は問いません。

経験として、Taq < ExTaq < KODplusの順で増幅効率が良いと思っていますが、
こういうpolymeraseはどう?というsuggestionをいただきたいです。

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