Bio Technical フォーラム

  • バイオ関連の実験をする上での、試薬、機器、プロトコールなどの情報交換の場です。
  • 質問に対して解答できる方は是非、書き込んで下さい。
  • このフォーラムにふさわしくないと管理人が判断した投稿は予告なく削除します。

トピック一覧 | 研究留学ネットに戻る

最新のフォーラム | このフォーラム | ひとつ前のフォーラム(readのみ)

このスレッドをはてなブックマークに追加このスレッドをはてなブックマークに追加

ゲル染色 トピック削除
No.838-TOPIC - 2009/07/10 (金) 03:08:28 - a
核抽出物中の総タンパクをSDS-PAGEし、30 ngの検出感度をもつクマシーReagentでゲルを染色して確認したのですが、総タンパク10 マイクロgをミニゲルにロードしても判別できないほどのうっすらとしたバンドしか検出できませんでした。そして、目的タンパクは全く染色されませんでした。
クマシー染色では、一般的にどのくらいの総タンパクをロードするのが普通なのでしょうか?
10マイクロgは多すぎるとも聞いたことがあるので十分だと思っていたのですが…
それとも、タンパクが失活か分解してしまっていて、実際には10マイクロgに相当するような量が含まれていなかったということなのでしょうか…

どなたかアドバイス頂けると助かります。宜しくお願いいたします。
 
- このトピックにメッセージを投稿する -



8件 ( 1 〜 8 )  前 | 次  1/ 1. /1


(無題) 削除/引用
No.838-9 - 2009/07/10 (金) 14:14:13 - う
示されたサイトで、クマシー(?)で染めた図にあるバンドと

histon H4抗体とtubulin抗体でやられたウエスタンで検出されるバンドを

見比べてみれば、いかにウエスタンが検出感度が高いかわかると思います。

(無題) 削除/引用
No.838-8 - 2009/07/10 (金) 12:16:26 - a
う さん

分かりやすく説明して頂き、感謝いたします。タンパク実験に精通されている方でしょうか…
核タンパクは普通に流したくらいでは2,3本のバンドが見えるだけというのが正常なんですね。

http://www.cosmobio.co.jp/product/raku/01230016.asp
のサイトを見たことがあったので、(5マイクロLとだけで、実際何マイクロg流したのか書いていませんが) 核タンパクのSDS-PAGEでもバンドが大量に見えるものだと思っていました。
感覚がとてもずれていたようです(汗 もっと勉強しなければならないですね。。
ありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.838-7 - 2009/07/10 (金) 11:17:52 - う
まず、感覚的にちょっとずれていると思います。
転写因子(とかに限らなくてもいですか)は、細胞内にどのくらいの量が存在していると思いますか?

的確な量で示すことはできませんが、30ngもの大量に転写因子を集めるのに、
私はかなりかなりかなりかなり大量の細胞を集めなければならず
もし、クマシーなどで見ようとしたら、とんでもない量のタンパク質を流さなければならないと普通は思うはずです。

>ウェスタンでは、ゲル染色でも見えるが、位置が同じ
くらいの他タンパクの可能性もあるため、抗体を使って確認する目的が大きいのだと思っていました…

ほとんどあり得ないです。ウエスタンの手法では、一体、何段階、かつどのくらいの検出感度をエンハンスする工夫があるか知っていますか?

もし、このようなデータを示してあるとしたら、
単一のタンパク質(精製したものとか)が30ng存在しているという場合です。

つまり、
結論1、そもそも転写因子のバンドが見えるはずもない(10マイクログラムでも多いというのは検出感度をエンハンスする工夫であふれたウエスタンと言う手法での話である)。


さて、転写因子のバンドは見えないと言いましたが、いろいろなタンパク質の集団は10マイクログラム存在するわけです。
ということは、そのタンパク質の集団が泳動された痕跡は検出されるはずです。
しかし、間違っていはいけないのは、「特定のバンド」は検出されるとは限りません。

極端な話、分子量が5kDaずつ違うタンパク質が数億存在すると仮定したら、
バンドではなくて、スメアとして見えるからです。

わかりますか?

結論2、
そのクマシーが30ngの単一タンパク質をバンドとして検出できるからといって、
30ngのタンパク質集団は、そのひとつひとつのタンパク質の量は30ng以下なのだからバンドとして検出できるとは限らない

のです。ただ経験上、核タンパク質を流すと2、3本のバンドは見えます(どのくらいのタンパク質を流したか忘れました)。

バンドは見えないとしても、30ngのタンパク質集団は流れているわけですから、何かしらの痕跡が見えるはずです。

(無題) 削除/引用
No.838-6 - 2009/07/10 (金) 11:05:12 - a
Kumaruさん

crudeです。
主に低分子量のどこかのバンドは何本か薄くは見えています。
しかし、目的のものもある高分子量側がほぼバンドが検出されていません…
タンパク定量は別々の日に2回行って同じ程度であることを確認したのですが…
もっと大量にロードすれば見えてくるはずでしょうか?

確認したいことがあるのですが(初歩的な質問ですみません)、2量体は、SDS-PAGEすると当然1量体ごとに分離されますよね??
宜しくお願いします。

(無題) 削除/引用
No.838-4 - 2009/07/10 (金) 10:40:53 - a
みなさん、ありがとうございます!

通りすがりさん
>目的タンパクの由来はなんでしょう?
>何かtrasnfectionとかして過剰発現したものでしょうか?
>内在性のものでしたら、普通、核抽出物なんて
>一部のヒストンの可溶性画分やHMGタンパクを除いて
>まずクマシー程度の感度では見えないのが正常です。
>普通内在性のなら、blottingして抗体とかECL使って
>検出しなけりゃ無理だと思いますよ。
>外来性のでも、細胞に毒性がでるくらい発現させないとクマシーで
>見るのは無理です。

そうなんですか!目的タンパクは内在性の転写因子(2量体)です。
見えないのが普通なんですか!ウェスタンでは、ゲル染色でも見えるが、位置が同じ
くらいの他タンパクの可能性もあるため、抗体を使って確認する目的が大きいのだと思っていました…

>あとクマシーって30ngも感度、行きましたっけ?
>市販されてるkitとかのグレードの高いやつでしょうか?

はい、クマシーに基づいた感度の高い市販のやつです。最高8 ngで見えるものもありますが、大体のタンパクでは30ngで見えるらしいです。それでも、内在性のものは見えないのが正常ですか??

(無題) 削除/引用
No.838-3 - 2009/07/10 (金) 10:10:36 - kumaru
ご質問は10ugをロードしたのにCBBで見えなかったということですよね。それは変です。大抵、そういう場合はタンパク定量がおかしいのでしょう。妨害物質かな。精製品で10ugならでかいバンドが出るはずでそんなに分解されるはずもなく、crudeならなにかが分解しててもどれかのバンドは見えるはずです。30ngでもシングルバンドなら見えますよ。

(無題) 削除/引用
No.838-2 - 2009/07/10 (金) 10:01:30 - 通りすがり

タンパクが分解とかしてないことを前提に考えると
ミニゲルだったら10ug程度のloadingは普通だと思いますよ。

目的タンパクの由来はなんでしょう?
何かtrasnfectionとかして過剰発現したものでしょうか?
内在性のものでしたら、普通、核抽出物なんて
一部のヒストンの可溶性画分やHMGタンパクを除いて
まずクマシー程度の感度では見えないのが正常です。
普通内在性のなら、blottingして抗体とかECL使って
検出しなけりゃ無理だと思いますよ。
外来性のでも、細胞に毒性がでるくらい発現させないとクマシーで
見るのは無理です。

あとクマシーって30ngも感度、行きましたっけ?
市販されてるkitとかのグレードの高いやつでしょうか?
普通100ngも行かなかった気がしますが。

ゲル染色 削除/引用
No.838-1 - 2009/07/10 (金) 03:08:28 - a
核抽出物中の総タンパクをSDS-PAGEし、30 ngの検出感度をもつクマシーReagentでゲルを染色して確認したのですが、総タンパク10 マイクロgをミニゲルにロードしても判別できないほどのうっすらとしたバンドしか検出できませんでした。そして、目的タンパクは全く染色されませんでした。
クマシー染色では、一般的にどのくらいの総タンパクをロードするのが普通なのでしょうか?
10マイクロgは多すぎるとも聞いたことがあるので十分だと思っていたのですが…
それとも、タンパクが失活か分解してしまっていて、実際には10マイクロgに相当するような量が含まれていなかったということなのでしょうか…

どなたかアドバイス頂けると助かります。宜しくお願いいたします。

8件 ( 1 〜 8 )  前 | 次  1/ 1. /1


パスワードを入力してチェックした記事を チェックした記事を