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肝臓ゲノムDNA抽出 トピック削除
No.769-TOPIC - 2009/06/30 (火) 03:12:54 - ゲノム
現在PCR用のサンプルとして動物組織からのゲノムDNAの抽出を
QIAGENのPuregeneキットで行っています。

抽出手順は、
1. 組織をproteinase Kを含んだcell lysis solutionに入れ55度で溶解。
2. 完全に溶解後protein precipitation solutionを加え、vortex後に遠心。
3. 蛋白はpelletとして除去、上清を採取しpurification。
のように行っています(QIAGNのプロトコール通りです)。

例えば肺からのゲノムDNA抽出はこのプロトコールできれいに行えています。
しかし、肝臓から抽出しようとすると、蛋白除去のための遠心後に他の組織と
違ってほとんど蛋白のpelletは見られず、逆に黄土色の浮遊物が最上層に
溜まってしまいます。

このため、遠心後の上清を取る際にこの浮遊物が混ざってしまい
その後にイソプロパノールを加えて糸状のDNAを析出させる時に
溶液自体が他の組織と異なり、無色ではなく黄色でDNAが糸状にきれいに
析出しません。

どのような理由で、肝臓の場合はこのような違いがでているのでしょうか。
また、この浮遊物を含まずにDNAを採取する方法をご存知の方がおられましたら
御教示いただけないでしょうか。
 
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(無題) 削除/引用
No.769-3 - 2009/06/30 (火) 14:14:36 - AP
そういう経験はないですが、印象としては脂質ではないでしょうか(脂肪肝?)。アルコール沈殿の前にクロロフォルムとかエーテルで抽出をかけてみては。

(無題) 削除/引用
No.769-2 - 2009/06/30 (火) 12:51:02 - gene
肝臓からゲノムDNAを抽出したことがありますが、キットを使わずに奇麗なゲノムDNAを回収することができてました。肝臓は血液が豊富に含まれているため、フェノール抽出の際の上清が薄くピンク色になったことはありますが、黄色は見たことがないです
>
>逆に黄土色の浮遊物が最上層に溜まってしまいます。
>
キットではないのですが、フェノール層と水槽の中間層になら黄土色の物を見たことがあります。でも、浮遊はしてませんでしたが、、、

肝臓のときだけってのが気になりますが、組織の状態は大丈夫なのですよね。操作の過程でゲノムDNAの切断を起こしたりしていませんか?

肝臓ゲノムDNA抽出 削除/引用
No.769-1 - 2009/06/30 (火) 03:12:54 - ゲノム
現在PCR用のサンプルとして動物組織からのゲノムDNAの抽出を
QIAGENのPuregeneキットで行っています。

抽出手順は、
1. 組織をproteinase Kを含んだcell lysis solutionに入れ55度で溶解。
2. 完全に溶解後protein precipitation solutionを加え、vortex後に遠心。
3. 蛋白はpelletとして除去、上清を採取しpurification。
のように行っています(QIAGNのプロトコール通りです)。

例えば肺からのゲノムDNA抽出はこのプロトコールできれいに行えています。
しかし、肝臓から抽出しようとすると、蛋白除去のための遠心後に他の組織と
違ってほとんど蛋白のpelletは見られず、逆に黄土色の浮遊物が最上層に
溜まってしまいます。

このため、遠心後の上清を取る際にこの浮遊物が混ざってしまい
その後にイソプロパノールを加えて糸状のDNAを析出させる時に
溶液自体が他の組織と異なり、無色ではなく黄色でDNAが糸状にきれいに
析出しません。

どのような理由で、肝臓の場合はこのような違いがでているのでしょうか。
また、この浮遊物を含まずにDNAを採取する方法をご存知の方がおられましたら
御教示いただけないでしょうか。

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