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ペプチド抗体の内在性タンパク質の反応性について トピック削除
No.743-TOPIC - 2009/06/25 (木) 15:15:04 - S
お教え下さい。これまで多くの抗ペプチド抗体を作製してきたのですが、過剰発現株にはウエスタンブロットでバンドが検出できるのに、内在性のものが検出できないということをよく経験します。抗体の感度ということもあるかもしれませんが、もし原因等(何かでブロックされているとか・・・?)ご存知の方がおられましたらお教え下さい。よろしくお願いします。
 
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No.743-10 - 2009/08/11 (火) 09:34:32 - S
うさん
言われたいことはすべで分かります。内在性の目的タンパク量と過剰発現の細胞から抽出した目的タンパクの発現量の比は他のエピトープに対する抗体を用いて調べてあります。私のここで聞きたいことは、何故、抗体エピトープにより、内在性のものを検出できたり、できなかったりするかです。両抗体とも過剰発現株のサンプルでは同じように検出やIPができるのに、です。

おおさん
いつも大変ありがとうございます。濃度はかなり大きく振って試したことはありますが、同じような結果でした。

(無題) 削除/引用
No.743-9 - 2009/07/31 (金) 12:05:50 - おお
量的な問題であれば、内在性の物を見る時に
希釈率をさげて(濃い濃度で、バックが邪魔しないかぎりですが)
検出できるか探ってみてもいいかもしれません。

過剰発現で検出できると、ついそれを基準に希釈率を
決めがちですが、実際は内在性の物を見たいわけですから。

(無題) 削除/引用
No.743-8 - 2009/07/31 (金) 10:19:06 - う
揚げ足をとるようで悪いですが、

「過剰発現株」

「内在性のもの」

過剰という言葉は、内在性のものより過剰という意味みたいなので、
これらのものから調整したサンプルを同じタンパク量、ウエスタンに使うなら
内在性のものを検出しづらいのは当たり前。

では、内在性の方を10倍量、100倍量(流せるか?)ウエスタンすればいいか?
それはどうだろうか。

「立体構造」

IPのようにNativeな形のタンパク質に抗体を使った場合、
抗原がタンパク質の内側に折り畳まれていれば、認識できない。

だが、ウエスタンではDenatureするので認識されるかもしれない、
だが、上記の理由で検出できない、とか。

「タンパク質の修飾」

そんなもん、自分が使った抗原のタンパク質について知っているでしょうから
(全くの新規のものでも配列から)、どうだかすぐわかるでしょう?

ウエスタンのサンプルバッファーで解離しないものは、普通に考えて「共有結合」くらいのもの。
(特殊なタンパク質の強固な結合を言う前にまだ他の可能性を考える方が建設的かと、
特殊なものに「逃げたら」そこで思考停止)

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No.743-7 - 2009/07/31 (金) 08:59:55 - S
おおさん。
ありがとうございます。確かに修飾という考えは、非常に分かりやすいですね。量の違いとか、いろいろな可能性がありますよね。確かに・・・。
濃縮効果さん。
IPできればいいのですが、私が経験している抗体はIPさえもできないのです。

(無題) 削除/引用
No.743-6 - 2009/07/11 (土) 11:12:21 - 濃縮効果
もし、IPできるのであれば、たとえば20ml、2ml、0.2ml相当のカルチャーから(過剰発現株とそうでない株からそれぞれを)IPしてWesternすれば、量的な問題かどうか分かることもあるかと思います。ただ、よくない抗体だとIPによる濃縮効果がないのがありますね。

(無題) 削除/引用
No.743-5 - 2009/07/11 (土) 03:50:47 - おお
一つの可能性として、内在性の物は修飾され、マスクされてしまっているが
過剰発現の物は修飾酵素などに対して過剰にあるためマスクされないものも
大量にあるとか、、

過剰発現をしている細胞で内在性のものが見れないなら、ネガティブフィードバックとか、、

内在性のものはやはり色々な制御で場合によりタイトに制御されているので
通常の培養では発現に適した環境でないとか。たまに細胞であまり検出
できないタンパクが組織からライセイトとるとドカーンと検出できたみ
たいなものがあります。

あとはたしかに単なる量の違いというのもあると思います。

(無題) 削除/引用
No.743-4 - 2009/07/11 (土) 03:09:52 - S
ありがとうございます。確かに思ったとおりにはいきませんよね。立体構造なのでしょうが・・・。

(無題) 削除/引用
No.743-3 - 2009/06/27 (土) 07:49:45 - qq
結果的に抗原ペプチドの設定が不適当だったと言うことだと納得しています。
そんな時は、もとのタンパクの抗原部分の立体構造が、抗原ペプチドの取りやすい立体構造の幾つかと異なるのだろうなあと思っています。
ヘリックスやベータターンを抗原ペプチドの候補に選ぶのは、安定な構造を選ぶ作業だと考えていますが、それほど思ったとおりには行きません。

(無題) 削除/引用
No.743-2 - 2009/06/25 (木) 15:33:50 - 中年
抗体の出来ということに尽きると思います。

ペプチド抗体の内在性タンパク質の反応性について 削除/引用
No.743-1 - 2009/06/25 (木) 15:15:04 - S
お教え下さい。これまで多くの抗ペプチド抗体を作製してきたのですが、過剰発現株にはウエスタンブロットでバンドが検出できるのに、内在性のものが検出できないということをよく経験します。抗体の感度ということもあるかもしれませんが、もし原因等(何かでブロックされているとか・・・?)ご存知の方がおられましたらお教え下さい。よろしくお願いします。

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