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dss大腸炎モデルマウスについて トピック削除
No.727-TOPIC - 2009/06/22 (月) 19:59:50 - すみませんが・・・・・・
dss大腸炎モデルマウスの実験において、大腸の一部をホモゲナイズしてRNAをとるさいなんですがアクチンは出るのですが、個々のサイトカインの動きがバラバラでなかなか揃いません。

採取はpbsにつけて氷につけて30分〜一時間くらい放置でその後、室温でdmemにつけてホモゲナイズしてRNAをとるということをしていました。



trizolで抽出しているのですが、採取するさいいきなり液体窒素で凍らせてその後すぐにハンマーで砕いてトリゾールに入れればきれいにとれるのでしょうか。

本当に困っています。よろしければ詳しく教えていただき参考文献なども添えていただけるとありがたいと思います。

serumを測っている論文も多いのですが何か他にアドバイスがあれば教えてください。よろしくお願いします。
 
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No.727-17 - 2009/06/24 (水) 11:15:02 - 通りすがり
RNAlaterにぼちゃんとつけてます。これで、なんの問題もありません。
また、DSS大腸炎では、各種サイトカインのmRNA発現量は、ばらつきが出やすいと思います。2-3倍のブレは珍しくないかと・・・。

(無題) 削除/引用
No.727-16 - 2009/06/23 (火) 15:08:57 - ami
> けど、トリゾールもいい値段すると思ったんですが.うぅ、使ったことないよぅorz

RNAlaterもトリゾールもレシピありますよ。安いです。

(無題) 削除/引用
No.727-15 - 2009/06/23 (火) 01:32:57 - 南の島の「み」
色々と調べた結果、実験の都合上でPBSとRNlaterでは後者のほうが色々と都合が良いですとそれとな〜く進言してあげればよいのでは?

その講師が予算がどうのこうのいうのであれば、迷わず液体窒素ですね.

けど、トリゾールもいい値段すると思ったんですが.うぅ、使ったことないよぅorz

(無題) 削除/引用
No.727-14 - 2009/06/23 (火) 01:01:06 - CJ
重要なのは誰が上司かとかいったことではなく、科学そのものなわけですから、筋道を立ててすみませんがさんが正しいと思ったことをその講師の方に(その人を逆上させないような形で)説明することでしょうね。講師の方がまともな科学者だったら、最上の策を採用すると思います。

(無題) 削除/引用
No.727-13 - 2009/06/23 (火) 00:52:28 - ami
>>RNAlaterの正体はただの70%飽和硫安溶液です。
>という記述を見つけたのですが・・・・

In a beaker, combine 40 ml 0.5 M EDTA, 25 ml 1M Sodium Citrate, 700 g Ammonium Sulfate and 935 ml of Milli-Q water, stir on a hot plate stirrer on low heat until the Ammonium Sulfate is completely dissolved. Allow to cool, adjust the pH of the solution to pH 5.2 using 1M H2SO4. Transfer to a screw top bottle and store either at room temperature or refrigerated.

違うと思うけど、、

(無題) 削除/引用
No.727-12 - 2009/06/23 (火) 00:21:25 - すみませんが・・・・・・
>>RNAlaterの正体はただの70%飽和硫安溶液です。

という記述を見つけたのですが・・・・

液体窒素で破砕するよりもよいのでしょうか^^;

まあとりあえずいろいろやってみます。。。

(無題) 削除/引用
No.727-11 - 2009/06/22 (月) 21:46:39 - ami
> 大腸の部位を選んだのも講師なので・・・・

上司との関係をあれするのも実験を進めるのに大事な要素です。

(無題) 削除/引用
No.727-10 - 2009/06/22 (月) 21:37:59 - すみませんが・・・・・・
大腸の部位を選んだのも講師なので・・・・

うーん。。困った。。。

でもやってみます。。。。

(無題) 削除/引用
No.727-9 - 2009/06/22 (月) 21:35:45 - すみませんが・・・・・・
pbsを提案したのは講師なんですけどね・・・

(無題) 削除/引用
No.727-8 - 2009/06/22 (月) 21:33:16 - CJ
>講師の先生はrnaがrnaseで壊れるとか言ってるので・・・
だったらなおのことPBSとかはまずいですね。他の方の薦められている
Trizol、液体窒素、RNAlaterの何れもお勧めです。

(無題) 削除/引用
No.727-7 - 2009/06/22 (月) 21:31:49 - ami
> > それから部位は主に、人でいうところの下行結腸あたりを採取しています。
> 多くのマウスで,そのあたりがいつも炎症を起こしている事は確認済みですよね.

ここは確認したのですか、たぶん一番か二番に影響大きいです

(無題) 削除/引用
No.727-6 - 2009/06/22 (月) 21:23:51 - すみませんが・・・・・・
ありがとうございます。

一度やってみます。

RNA自体はとることができ量の測定もできるのですが

サイトカインが合わないと。。。

講師の先生はrnaがrnaseで壊れるとか言ってるので・・・

(無題) 削除/引用
No.727-5 - 2009/06/22 (月) 20:31:56 - 南の島の「み」
たしか過去ログにDSS大腸炎でのRNA抽出におけるトピがありました.以下参照.

http://www.kenkyuu.net/cgi-biotech/biotechforum.cgi?mode=view;start=1;Code=4610

あと,場所移動で時間を気にするのであれば,トリゾールに直接入れて,後でRNA抽出したらどうですか?トリゾール使ったこと無いけど・・・orz

そうそう,RNlaterとか使ってみてはどうですか?当方はサンプル(肝臓)をちょっと切って,こいつに即浸漬しています.

(無題) 削除/引用
No.727-4 - 2009/06/22 (月) 20:21:11 - よっしー
とりあえずすぐに液体窒素で凍らせるとか,Trizol中に解かすとか,
した方がいいじゃないでしょうか.

> それから部位は主に、人でいうところの下行結腸あたりを採取しています。

多くのマウスで,そのあたりがいつも炎症を起こしている事は確認済みですよね.

(無題) 削除/引用
No.727-3 - 2009/06/22 (月) 20:10:51 - すみませんが・・・・・・
採取している引き数が30匹ぐらいだと、とるのにこれくらいの時間がかかるというのと建物が別なので実験場所から冷蔵庫のある場所まで10分ぐらいかかります。

それから部位は主に、人でいうところの下行結腸あたりを採取しています。

(無題) 削除/引用
No.727-2 - 2009/06/22 (月) 20:06:44 - よっしー
> 採取はpbsにつけて氷につけて30分〜一時間くらい放置でその後、室温でdmemにつけてホモゲナイズしてRNAをとるということをしていました。

まずこの操作に何の意味があるのでしょうか?

それから,大腸は炎症が起こっている部位,起こっていない部位,
いろいろあると思いますが,同じようなところで比較していますか?

dss大腸炎モデルマウスについて 削除/引用
No.727-1 - 2009/06/22 (月) 19:59:50 - すみませんが・・・・・・
dss大腸炎モデルマウスの実験において、大腸の一部をホモゲナイズしてRNAをとるさいなんですがアクチンは出るのですが、個々のサイトカインの動きがバラバラでなかなか揃いません。

採取はpbsにつけて氷につけて30分〜一時間くらい放置でその後、室温でdmemにつけてホモゲナイズしてRNAをとるということをしていました。



trizolで抽出しているのですが、採取するさいいきなり液体窒素で凍らせてその後すぐにハンマーで砕いてトリゾールに入れればきれいにとれるのでしょうか。

本当に困っています。よろしければ詳しく教えていただき参考文献なども添えていただけるとありがたいと思います。

serumを測っている論文も多いのですが何か他にアドバイスがあれば教えてください。よろしくお願いします。

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