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タンパク質一次構造からprotease切断コンセンサス配列の同定 トピック削除
No.716-TOPIC - 2009/06/21 (日) 12:45:30 - マウス先輩
お世話になります。

現在、あるタンパクの安定性につき、研究を始めたばかりのものです。

そのタンパクが薬剤として使えそうだとのことで、私が研究を引き継ぐことになりました。

そこで、みなさまにお聞きしたいのは、手元にタンパク質の一次構造が得られているとして、それが生体内のある限られた分解酵素で切断されるのであれば、結果、どのようなフラグメントができるのか予測するソフトはございませんでしょうか?ということです。

フラグメントの予想はできなくても、たとえばこの一次構造の中でここはMMP9で切断されうる、とか、トリプシンで消化されるだとか、を予測したいのです。

不勉強で非常に恐縮ですが、そのようなフリーのソフトやデータベースのようなものがあれば、お教えいただけないでしょうか?よろしくお願いいたします。
 
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(無題) 削除/引用
No.716-4 - 2009/06/21 (日) 21:48:44 - ami
> amiさんいつもいつも

半分以上は偽者ですので、、、(関係ない
困ってます、、、(関係ない

(無題) 削除/引用
No.716-3 - 2009/06/21 (日) 21:27:05 - マウス先輩
amiさん

amiさんいつもいつも本当にありがとうございます!!
ぜひ勉強させていただきます!!

(無題) 削除/引用
No.716-2 - 2009/06/21 (日) 20:01:25 - ami
http://au.expasy.org/tools/peptidecutter/

とかです。

タンパク質一次構造からprotease切断コンセンサス配列の同定 削除/引用
No.716-1 - 2009/06/21 (日) 12:45:30 - マウス先輩
お世話になります。

現在、あるタンパクの安定性につき、研究を始めたばかりのものです。

そのタンパクが薬剤として使えそうだとのことで、私が研究を引き継ぐことになりました。

そこで、みなさまにお聞きしたいのは、手元にタンパク質の一次構造が得られているとして、それが生体内のある限られた分解酵素で切断されるのであれば、結果、どのようなフラグメントができるのか予測するソフトはございませんでしょうか?ということです。

フラグメントの予想はできなくても、たとえばこの一次構造の中でここはMMP9で切断されうる、とか、トリプシンで消化されるだとか、を予測したいのです。

不勉強で非常に恐縮ですが、そのようなフリーのソフトやデータベースのようなものがあれば、お教えいただけないでしょうか?よろしくお願いいたします。

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