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ウレアの入ったSDSPAGE トピック削除
No.710-TOPIC - 2009/06/20 (土) 10:05:38 - おお
SDSPAGEのゲルにウレアを入れることがあると思います。
非常に疎水性が強いものを見る時とか、TRICINEゲルでは
ウエアを使って低分子の分解能を上げたりしています。

思うのですが、ウレアはカオトロピックな作用があり、
疎水相互作用を外す作用があります。
そうしますとSDSとタンパクも外れるか緩むかする可能性があります。
そうすると従来のSDSPAGEとは別もの?とハテナマークを
ちょっとつけたくなる気分です。

えいどうパターンなどドラスティックに変わることは
全体的にみてないのですが、どうもこれが気になる実験を
しています。

漠然とした質問ですが、このような事を考察された方とか、
感想とかご返事くだされば幸いです。
　
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(無題) 削除/引用
No.710-6 - 2009/06/27 (土) 14:21:37 - おお
>[Re:5] ajiさんは書きました :
> 理論的なことは存じ上げませんが、参考になりそうな論文があります。
> Proteomics 2004 Sep;4(9):2567-71
>
> 私自身このような2次元をやってみたいと思いつつ、まだ試していないことろです。

論文の紹介ありがとうございました。Schäggerさんのが著者ですね。
TRICINEとかBNPAGEとか、電気えいどうにかんして次々と新しい
試みをし成功している人ですね。

疎水性の強いものは尿素の非存在下の方が存在下より移動度が遅れるよう
ですね。疎水性が強いからSDSがいっぱいついているということではななそう
です。

んーメカニズムは置いといてこれは私の実験で使えるかも、、、、

(無題) 削除/引用
No.710-5 - 2009/06/24 (水) 02:25:54 - aji
理論的なことは存じ上げませんが、参考になりそうな論文があります。
Proteomics 2004 Sep;4(9):2567-71

私自身このような2次元をやってみたいと思いつつ、まだ試していないことろです。

(無題) 削除/引用
No.710-4 - 2009/06/21 (日) 05:50:24 - おお
>[Re:3] 泳動さんは書きました :
> 尿素を入れたから、蛋白からSDSが外れるということが起きるか、ということですよね。尿素がなぜ蛋白を変性させるのかというのは、意外と難しい問題で、ずっと昔から議論が続いています。比較的最近の論文http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pubmed&pubmedid=15908578を見ても、まだ結論は出ていないようですが、少なくとも、この論文にあげられてるいずれのモデルでも、SDSを外すことにはならないようにも感じるのですが、どうなんでしょう？

ありがとうございました。お示しの文献、フィールド違い
で、じっくり読まないと理解できないようなきがします。
時間がある限り、続けて見てみようと思います。

ウレアがカオトロピックな作用を持っているのは、他のカオトロピック
アニオンのような、水分子の電荷の偏りを吸収して、水溶液中
に疎水的環境を作るのとは違うかもしれないという感じなのでしょうか。

単純に疎水性の強いタンパクの相互作用やアクリゲーション
を防いだリ、外したりするのにウレアが使われるので、
SDSとタンパクの相互作用はどうかなあぁと思った次第です。

>
> たとえば、逆相カラムに結合させたペプチドをウレアで溶出できるか、ということでもわかるかなと思います。起こりますかね？

あ、これは面白い観点ですね。
どなたかご経験のある方いますでしょうか?

(無題) 削除/引用
No.710-3 - 2009/06/20 (土) 12:24:50 - 泳動
尿素を入れたから、蛋白からSDSが外れるということが起きるか、ということですよね。尿素がなぜ蛋白を変性させるのかというのは、意外と難しい問題で、ずっと昔から議論が続いています。比較的最近の論文http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pubmed&pubmedid=15908578を見ても、まだ結論は出ていないようですが、少なくとも、この論文にあげられてるいずれのモデルでも、SDSを外すことにはならないようにも感じるのですが、どうなんでしょう？

たとえば、逆相カラムに結合させたペプチドをウレアで溶出できるか、ということでもわかるかなと思います。起こりますかね？

ウレアの入ったSDSPAGE 削除/引用
No.710-1 - 2009/06/20 (土) 10:05:38 - おお
SDSPAGEのゲルにウレアを入れることがあると思います。
非常に疎水性が強いものを見る時とか、TRICINEゲルでは
ウエアを使って低分子の分解能を上げたりしています。

思うのですが、ウレアはカオトロピックな作用があり、
疎水相互作用を外す作用があります。
そうしますとSDSとタンパクも外れるか緩むかする可能性があります。
そうすると従来のSDSPAGEとは別もの?とハテナマークを
ちょっとつけたくなる気分です。

えいどうパターンなどドラスティックに変わることは
全体的にみてないのですが、どうもこれが気になる実験を
しています。

漠然とした質問ですが、このような事を考察された方とか、
感想とかご返事くだされば幸いです。
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