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(無題) 削除/引用 No.705-5 - 2009/06/20 (土) 13:24:07 - 中年 IPしてin vitro kinase assayに持ち込むときなどは、しつこくコンタミしてくるkinaseを除くためにLiClで洗うことがよくあります。

(無題) 削除/引用 No.705-4 - 2009/06/20 (土) 03:28:54 - おお >[Re:3] Chipppppさんは書きました : > 早い返信有り難う御座います。 > > つまり、通常のIPにおいてもLiClを用いるとバックが下がる可能性があるということでしょうか。 > 例えばIP--> 銀染--> MS解析というときなどでも? 一応そう言う事と考えられているようです。 ただ、抗体やターゲットの相性もありますので どこまで一般化できるか分かりません。 > > あと多くのChIpの場合、500mM NaClのhigh salt buffer で洗った後にLiClで洗う意味とは? NaClで落ち切らなかった物をダメ押しで洗うのだと思います。 私の知り合いもそうしてました500mMLiClを使ってたような 気がします。 > 何か核酸関係で意味があるような気もしていたのですが。。。 これはどうでしょうか、、、なんとも分かりませんが、 DNAはフォルムアルデヒドなどでタンパクとクロスリンクされている 状態で、それ以外は通常のIPと同様抗体とターゲットの相互作用ですよね。 高濃度のLiClはDNAをシリカゲルにつけたり、RNAを沈殿させたり、 あるいはエタチンでも使われますが、ちょっとコネクションが 見つかりません。

(無題) 削除/引用 No.705-3 - 2009/06/20 (土) 01:49:49 - Chippppp 早い返信有り難う御座います。 つまり、通常のIPにおいてもLiClを用いるとバックが下がる可能性があるということでしょうか。 例えばIP--> 銀染--> MS解析というときなどでも? あと多くのChIpの場合、500mM NaClのhigh salt buffer で洗った後にLiClで洗う意味とは? 何か核酸関係で意味があるような気もしていたのですが。。。 何か考えられることがあればまた返信お願いします。

(無題) 削除/引用 No.705-2 - 2009/06/20 (土) 00:00:46 - おお LiClは、カオトロピックエージェントとしての作用もあり、 IPでノンスペを落とすために好んで使う人もいます。 Na+で洗うよりきれいになるとかいう話でした。

ChIPのwashについて 削除/引用 No.705-1 - 2009/06/19 (金) 15:53:50 - Chippppp いつも勉強させて頂いています。 ChIPのプロトコールについてシンプルな質問です。 多くのChIPのプロトでwashの際に250mM ぐらいのLiClが入ったbufferを使っているようなのですが、この塩化リチウムが愛用されている理由はなんなのでしょうか？ 調べて見た感じNaCl以外の塩でも洗ってやったほうが非特異的吸着等々がおちるだろうという話はあったのですが、正確なところは分かりませんでした。何か別に理由があるように思えるのですが。。。別に知らなくても巧く動きはするのですが気になります。 どなたか正確な理由をご存知のかたがいらっしゃったら、教えて下さい。宜しくお願いします。

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