Bio Technical フォーラム

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ＤＣＩＲのＳＮＰについて トピック削除
No.702-TOPIC - 2009/06/19 (金) 11:41:59 - ＤＣＩＲ
樹状細胞表面受容体であるＤＣＩＲやＤＩＡＲのＳＮＰとＲＡ類似疾患患者との関係を考えています。論文やパブメドの登録ＳＮＰはたくさんあるのですが、放射性物質や蛍光物質が予算の関係で使えません。プライマーを設計後、制限酵素で切りゲルに流してアレル解析する、という古典的方法を考えています。この場合、プライマーはプライマー作成ソフトで、制限酵素もウェブカッター等で、自分で探す方法で良いのでしょうか？
　
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(無題) 削除/引用
No.702-2 - 2009/06/19 (金) 20:21:13 - jazzmessenger
SNP解析を頻繁に行っている者です。High-throughputではなく、検体やSNP(または変異)数が少ないときは、DICRさんのようにPCR-RFLPをデザインしています。

しかし、いまどきはPCR-RFLPをデザインしてくれるプログラムがあるのではと思って検索してみたら、やっぱりありました。使ったことはありませんが、役に立つかもしれませんよ。
http://bioinfo.bsd.uchicago.edu/SNP_cutter.htm

ＤＣＩＲのＳＮＰについて 削除/引用
No.702-1 - 2009/06/19 (金) 11:41:59 - ＤＣＩＲ
樹状細胞表面受容体であるＤＣＩＲやＤＩＡＲのＳＮＰとＲＡ類似疾患患者との関係を考えています。論文やパブメドの登録ＳＮＰはたくさんあるのですが、放射性物質や蛍光物質が予算の関係で使えません。プライマーを設計後、制限酵素で切りゲルに流してアレル解析する、という古典的方法を考えています。この場合、プライマーはプライマー作成ソフトで、制限酵素もウェブカッター等で、自分で探す方法で良いのでしょうか？
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