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(無題) 削除/引用 No.698-6 - 2009/06/19 (金) 22:10:35 - AP 翻訳開始因子がキャップ構造を認識してくっついたあとに開始コドンをスキャンして翻訳が開始されるのではなかったでしょうか。どういうタイミングでキャップがつき、あるいはribozymeによる切断が起こるのかわかりませんが、5'が切断されるとIRESがあるような特殊な場合でもない限り、キャップを失って、翻訳が起こらないか、非常に効率が下がるのではないかと想像しますが、そういうものでもないんでしょうか。

(無題) 削除/引用 No.698-5 - 2009/06/19 (金) 11:33:24 - スケプティスト こんなことを言うと良くないのかもしれませんが、hammerhead ribzymeと聞くと数年前に問題になったscientific misconductの話を思い出します。

(無題) 削除/引用 No.698-4 - 2009/06/19 (金) 11:16:30 - とり おおさん、ともさん、ありがとうございました。 hammerhead ribzymeをplasmidで発現させてRNA切断してlong formをつぶしたと、そのisoformの部分のバンドだけwesternで示して実験を進めている論文があり、hammerhead ribzyme自体馴染みがないので、この系だとそういうことができるのかと疑問だったので、伺いました。 isoform特異的な配列が少ない遺伝子なので、実際行うのは難しそうですね。

(無題) 削除/引用 No.698-3 - 2009/06/19 (金) 09:17:45 - とも そのやり方だと考えておられるようにmRNA自体の安定性が低下すると思います。ですので、ATGの前をターゲットとしたsiRNAと短いタンパクの発現ベクターを作製し、トランスフェクションすれば、短いタンパクだけが発現させることができると思います。

(無題) 削除/引用 No.698-2 - 2009/06/19 (金) 08:15:28 - おお 長いアイソフォームに特異的な配列を使わないと、お考えになっている 懸念は起こります。ターゲットにする配列はコーディングリージョン でなくていいです。コーディングリージョン以外(UTR)でも切ってしまえば、 cap構造が失われたり、polyAが失われたりして、mRNAは急速に分解することが たいていです。

isoform特異的な発現抑制について 削除/引用 No.698-1 - 2009/06/18 (木) 22:39:50 - とり いつも勉強させていただいております。 １つのmRNA上に2つの翻訳開始地点ATGをもち、1つ目で翻訳開始される長いタンパクと2つめからの短いタンパクの２つのisoformを形成する遺伝子があります。 ほ乳類細胞においてisoform特異的な発現抑制を行うことを目的として、この1つめのATGと2つめのATGの間で、hammerhead ribzymeによるRNA切断を行い、長いタンパクのみを抑制するということは可能なのでしょうか？ 同様にsiRNAも2つのATGの間で作用すれば同じようなことが可能でしょうか？ mRNAを切断すると不安定になり、mRNA全体が消失し、isoform非特異的に発現が抑制されるように思うのですが。 お教えいただければ幸いです。

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