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QIAGEN Large construct kit トピック削除
No.686-TOPIC - 2009/06/18 (木) 03:06:49 - jikkenn+ganbaruzo
QIAGEN Large construct kit protocolでの質問です。プロトコールで、各ソルーションをいれて、大腸菌を溶菌、変性して、上積みにイソプロパノールをいれ、70%エタノールで洗浄し、DNAをEXバッファーにいれ、次にエキソヌクレアーゼでgenomic DNAやnickの入ったBACを消化します。ここで、EXバッファーをいれて、-20度に保存することは可能でしょうか?
プロトコールには、中断できる箇所は書いていて、このstepは、書かれていません。個人的には、もしBACにnickがついたりして、回収率が下がるのを危惧しています。ただ、先輩がDNAは安定だからと言って、-20度に入れてしまいました。こっそり、invitrogenにも聞いたのですが、データーがなく、推奨できないとしか言われませんでした。実際は、どうなのでしょうか?せめれ、70%エタノールの時に、-20度にした方が、ましですかね?
基本的で申し訳ありませんが、宜しくお願い申し上げます。
 
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ありがとうございます。 削除/引用
No.686-5 - 2009/06/20 (土) 04:51:05 - jikkenn+ganbaruzo
ありがとうございます。
Qiagenのbuffer組成はmanualに書いてあるものと、書いていないものがあり、EXバッファーは書いていませんでした。バッファー組成から推測するのですね。Mgが高濃度だと良くないんことは知りませんでした。ありがとうございます。バッファー組成が書いていない時は、同様の実験の時、一般的なプロトコールを調べて類推するようにします。
Epicenterの"Plasmid-Safe"ですが、この会社のページで、Plasmid-Safe™ ATP-Dependent DNaseは出てくるのですが、DNA Extraction kitなどで、同様の、DNA抽出キットを捜したのですが、分かりませんでした。もし、良ければ、製品名を教えていただけないでしょうか?

(無題) 削除/引用
No.686-4 - 2009/06/19 (金) 18:25:03 - SYBR_master
>[Re:1] jikkenn+ganbaruzoさんは書きました :
> ここで、EXバッファーをいれて、-20度に保存することは可能でしょうか?

Qiagenならbuffer組成についてはmanualに書いていませんか?
書かれているのであれば、そこから推察すれば良い。

もし書いていないなら推測ですが、たぶん
final conc.
33-50 mM Tris系 pH 7.5, 0-66 mM Potassium salt, 10 mM Magnesium salt, 0.5 mM DTT and 1 mM ATP
saltと書いたのは陰イオンは複数予想(ClとかAcetate)されるからです。
これにExo IIIと Exo Vの組み合わせかと。

似たようなexonuclease (Lambda ExoとExo III)を使用するprotocolがNEBのHP(English)に書いてあったと記憶しています。

同様な製品はEpicenterの"Plasmid-Safe"です。酵素単品買うより、こちらの方が破格に安い「お買い得な製品」です。

Mgがそこそこ高濃度入っているので、多くの人はこのまま保存するのは避けると思います。自分も状況次第で1日程度なら保存するかもしれませんが、たぶんそのあとExoの反応がたぶん30 min-1hrとしても、止めずにやりきってしまうと思います。ただ、予想される結果の違いは、「たぶん誤差範囲内」だとも思います。

> プロトコールには、中断できる箇所は書いていて、このstepは、書かれてい
簡略
>こっそり、invitrogenにも聞いたのですが、データーがなく、推奨できない

manualから逸脱する以上、メーカー側は責任が取れませんので「絶対お勧めはしない」でしょう。薦めたら「責任問題」が生じますので。

>実際は、どうなのでしょうか?せめれ、70%エタノールの時に、-20度にした方が、ましですかね?

Ex buffer入れる前で、「そっちの方がましか」と言われればMgが無い分「まし」です。それ以上に、数が多いなら別ですが、そこまでのステップなら大した時間しかかからないうえに、それ以降も1時間くらいでしょうから、普通一気にやりきると思います。

慣れてくればどこで止めても大丈夫か、buffer組成からある程度推測できるようになりますから、それまでは先輩の言うこと聞きながらも、疑問に思ったことは調べてみる姿勢で良いと思います。

ただ、「そんな部分で止めることはしないで、全部やりきれるように実験計画を立てるべきですよ」と、先輩に言ったら嫌われるので、いちいち言わないように。

(無題) 削除/引用
No.686-3 - 2009/06/18 (木) 22:55:55 - jikkenn+ganbaruzo
すみません。invitrogenは記入ミスで、キアゲンにきっちり聞きました。

(無題) 削除/引用
No.686-2 - 2009/06/18 (木) 17:41:23 - K
なぜ、QIAGEN Large construct kit の protocol に関して QIAGEN ではなく、 Invitrogen に伺ったのでしょうか?私にはそちらの方が疑問に思えます。

私だったら、大腸菌を遠心してペレットにした状態で保存して、それ以降は一気にやってしまいます。

QIAGEN Large construct kit 削除/引用
No.686-1 - 2009/06/18 (木) 03:06:49 - jikkenn+ganbaruzo
QIAGEN Large construct kit protocolでの質問です。プロトコールで、各ソルーションをいれて、大腸菌を溶菌、変性して、上積みにイソプロパノールをいれ、70%エタノールで洗浄し、DNAをEXバッファーにいれ、次にエキソヌクレアーゼでgenomic DNAやnickの入ったBACを消化します。ここで、EXバッファーをいれて、-20度に保存することは可能でしょうか?
プロトコールには、中断できる箇所は書いていて、このstepは、書かれていません。個人的には、もしBACにnickがついたりして、回収率が下がるのを危惧しています。ただ、先輩がDNAは安定だからと言って、-20度に入れてしまいました。こっそり、invitrogenにも聞いたのですが、データーがなく、推奨できないとしか言われませんでした。実際は、どうなのでしょうか?せめれ、70%エタノールの時に、-20度にした方が、ましですかね?
基本的で申し訳ありませんが、宜しくお願い申し上げます。

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