ベクターを切り離さなくていいのか、という疑問でしたら、ベクターと相同な配列がターゲットのなかに含まれていなければ、普通は切り離さなくても大丈夫です。標識された配列のうち相同配列があれば標的にハイブリしますが、相同配列がない断片はハイブリせず、ただ洗い流されるだけです。ただし、NorthernやISHなど、高感度・高S/Nが必要で、高比活性・低ノイズが要求される場合は、余計な配列が標識されると良くないのでベクター配列は除いて置いた方がベターです。
BACをプローブにするときは、インサートサイズが大きいですから、インサートを切り出すといっても全体をきれいに切り出すのは困難ですし、かといって一部だけを切り出してしまうと、感度を下げます（インサートサイズが大きい→広範囲にハイブリすることで感度が稼げるわけですが）。
>nick transerase kit
商品名でそういうのがあるかしりませんが、手法としてはnick translationですね。ついでに言うと、この方法では、断片化したり切り出したりしていないまるのままの鋳型を使っても、できあがりのプローブは断片化（条件によって数百〜千塩基）します。各断片が相同配列とハイブリしえますが、ベクター由来の断片はハイブリしないでしょう。 |
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