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(無題) 削除/引用 No.659-4 - 2009/06/15 (月) 20:49:54 - 修士１年 TATAがない場合も多々あるのですね。あ、失礼。 前任者がいい加減で、プロモーターの配列のみしか残されておりません。 TSSと思われる(0)という記号から上流しか記載されていないのです。 したがって、cDNAの5'側の配列を確認してみたいのですが、それもできない状況です。 ひとまず、前任者のプロモーターと私が得たプロモーターの配列のゲノム上での位置を 確認してみようと思います。また具体的な質問が出てきたらココにカキコミをさせて いただこうと思います。 取り急ぎ、お返事下さいました方々にお礼を申し上げます。

(無題) 削除/引用 No.659-3 - 2009/06/15 (月) 17:41:57 - ats 通常のcDNA配列は(技術的な理由で）mRNAの５’側が欠けていることが多いです。 完全長cDNA projectのデータも参考になるでしょう。 （きっちり転写開始点を同定している論文があれば良いのですが） ただし、転写開始点が決定（確定）されていない遺伝子も残っていると思います。 また、複数の転写開始点や複数のプロモーター領域を有している遺伝子もあるので注意してください。ちなみにGC richなpromoterにはTATAはないことが多いですよ。 では、どうするか。。。この場合、Unigeneを入り口にするとわかりやすいかと思います。 複数のcDNA配列などを参照してありますし、近隣の遺伝子のゲノムMapにもたどり着きやすい？ので、より正しい（と思われる）promoter領域を捜しやすいでしょう。 ただし完全長cDNA projectのデータは統合されていないようです。

(無題) 削除/引用 No.659-2 - 2009/06/15 (月) 17:33:40 - Pumpkin TATAボックスという配列を持たない遺伝子もあるのですが、あなたが標的としている遺伝子にはTATAボックスがあることがわかっているのですか？ 転写開始点については、たった1つということはなく、複数の存在が知られています（つまり、前任者とあなたの得たcDNA情報の5'端は同じですか？それとも、上流配列が全然ちがうのか）。転写開始点の上流がプロモーターという認識は良いと思います（もちろんコアプロモーターがどこかという議論は別で）。

TSSやTATAボックスの見つけ方 削除/引用 No.659-1 - 2009/06/15 (月) 16:32:51 - 修士１年 マウスのある遺伝子のプロモーター配列を手に入れたつもりなのですが、 前任者が残して行ったプロモーター配列と異なるので、 私の手順が間違っているのかもしれません。 エキソン１のすぐ上流がプロモーターだという認識は間違いでしょうか？ 以下に私が行った手順を記述しますので、詳しい方にご指摘いただきなく思います。 ーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーー NCBIデータベースにaccession No.を打ち、cDNA配列を得る。 cDNA配列をBLASTで検索し、該当する遺伝子のゲノム配列を得る。 ゲノム配列を得ると同時に、エキソン１の位置が分かる。 このエキソン１の最初の塩基が+1で、その直前がTSSである。 さらに、TSSの上流がプロモーター領域であり、-1、-2と表記される。 ーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーー 一般的には-10から-35あたりにTATA配列があるそうですが、上記の方法で 得た配列にはTATA配列が見当たりません。 遺伝子を扱うのが初めてで、調べてみましたがどうもハッキリしない状況です。 どなたがご指南いただけませんでしょうか。

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