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Variant reporter　補足 削除/引用 No.64-12 - 2009/03/02 (月) 10:46:25 - かわ Variant reporterはアンプリコン単位で管理しており、シーケンスがうまくいっていないかどうかについても比較的管理しやすいです。アラインメント機能については恐らくシークエンチャーなどと同様と思いますが、エクソン、イントロン情報を内部に持っていますので、変異がサイレントか、アミノ酸変化を伴うかまでは表示してくれます。また変異の候補を出してくれて、それを人間の目で見てacceptかrejectかを決めてやると、rejectにしたほうは結果を反映しないようにしてくれますので、結果の判定、管理もしやすいです。 うちでは遺伝子変異解析を臨床サービスとしてやっておりますが、テクニシャンに実験から解析までやってもらっています。解析でテクニシャンにやってもらうのは変異候補を目で見て本当に変異なのか、あるいはプログラムの読みミスなのかということだけで、accept、rejectを決定すればあとは自作perlソフトとエクセルのテンプレートで見やすい表に自動で整形されます。テクニシャンに既知変異かどうか、既知SNPsかどうかまで判定させるとなると相当に時間がかかる作業になりますので・・・。 Variant reporterはまだver 1.0なので単体としては不十分な点も多いのですが、少なくとも変異解析については自作ソフトで機能補充してやると、ほぼオートマチックな状態まで持っていけます。

(無題) 削除/引用 No.64-11 - 2009/03/01 (日) 22:05:45 - あ DNAstarもおすすめです

(無題) 削除/引用 No.64-10 - 2009/02/28 (土) 17:21:53 - yama 私のお薦めはSEQUENCHERです。 http://hitachisoft.jp/products/lifescience/lineup/dnasis/SEQUENCHER/ ABIのシークエンス結果のファイルと比べたい（元の）配列を入れればalignmentもやってくれますし、どこに違いがあるかも示してくれます。 みたい部分の波形もそのまま見る事ができます。 操作も簡単です。 デモ版は保存と印刷ができないのですが、それ以外の機能は製品版と違いがなく、使用期限もないのでデモ版で十分だと思います。

Variant reporter 削除/引用 No.64-9 - 2009/02/27 (金) 23:01:17 - かわ Variant reporterというソフトを使っています。ABIのソフトでなれるまで時間がかかりますが結構強力です。またこのソフトのエキスポートファイルを読み込んで既知変異かどうか、あるいは既知SNPsかどうか検証するソフトもperlで自作しております。（当然既知変異のデータファイルが必要ですが）

(無題) 削除/引用 No.64-8 - 2009/02/27 (金) 19:02:42 - A 私はBioEdit（alignmentはCLUSTALWで行なわれます）でABIのファイルを 読み込んでやはりアライメントしますね。alignmentの前にクロマトの 結果を印刷してはっきりしたピークが得られていないところに当たりを 付けて置いて異なる配列が変異なのか巧く読めていないだけなのか alignmentの結果と付き合わせてみる。そして必要なら同じ配列を両側 から再度読むといった感じでしょうか。

polyphred 削除/引用 No.64-7 - 2009/02/25 (水) 12:44:23 - めい 10年ほど前から患者さん変異解析にpolyphredを使っています。 windowsではなくlinuxかMac用ですが、最近はlinuxの導入も簡単ですので廃棄予定のPCかヤフオクなどで数千円で購入して雑誌の付録のlinuxなどを入れてみてはどうでしょうか？ アカデミックであれば無料です。phred, phrap, consedと組み合わせれば目で見るよりも100倍は早いと思います。100人分、70エキソンの解析も１人で片手間にできます。

Geney 削除/引用 No.64-6 - 2009/02/22 (日) 13:18:12 - aa

(無題) 削除/引用 No.64-5 - 2009/02/21 (土) 21:49:35 - 通りすがり 波形データーを一通り見てから、NCBI BLASTに両方のシークエンスデータを入力すれば良いんじゃないでしょうか。

(無題) 削除/引用 No.64-4 - 2009/02/21 (土) 21:48:29 - y たとえば一例として CLUSTALW　　というweb上でalignmentできるツールがあるんですけど、 http://clustalw.ddbj.nig.ac.jp/top-j.html 下のテキストをコピペして送信してみてください。 >sequence01 tctgacctctctctcgtccctcgccatcagctgtcatgcattgcatcagcgcatctgtcgatcgtcgagcatcgatc >sequence02 tctgacctctatctcgtccctcgccatcagctgtctgcattgcatcattgcatctgtcgatcgtcgagcatcgatc

(無題) 削除/引用 No.64-3 - 2009/02/21 (土) 21:35:05 - ｍ すいません。 alignmentをかけるということは、具体的にどうすればいいのですか？ 教えてください。

(無題) 削除/引用 No.64-2 - 2009/02/21 (土) 19:56:43 - ｙ よくわからないですけど、 一通り波形を確認して alignmentかけたらいいんじゃないですか？

シークエンス結果の解析について 削除/引用 No.64-1 - 2009/02/21 (土) 17:33:19 - ｍ お世話になります。 今、ある遺伝子に異常がないか、シークエンスを行い(ABIのgenetic　analyzer使用)、変異を検出しています。 変異をみつけるために、シークエンスの結果と配列を１つ１つ見比べながら、おかしいところがないかみています。 自分の目で一つ一つ調べるのが一番確実と言われてやっていますが、結構時間のかかる作業です。みなさまはどうされてますが？何らかのソフトを使って効率よくやる方法があると思うのですが・・・・ どんなソフトを使っているのか教えていただけないでしょうか？できればwindowsで。 シークエンスdataはきちんと読めていないこともあるので、波形を見ながら訂正する必要はあると思います。その上で、どうするのがよいでしょうか？ よろしくお願いします。

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