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(無題) 削除/引用 No.63-5 - 2009/02/22 (日) 00:56:36 - ザンギ 考え方が間違っているのではなくて、言葉の理解が間違っているようです。 通常の何かのタンパク質をコードする遺伝子について、教科書で言葉の定義を確認してください。 遺伝子が発現するという現象は、 ゲノム上のDNA配列にコードされた遺伝暗号が、転写というプロセスによってmRNAに情報が受け渡され、さらに翻訳というプロセスでアミノ酸で構成されるタンパク質になる。 と定義されています。 実験的にはmRNAの定量をもって遺伝子発現レベルとしていますが、それは厳密には転写産物量とするのが正確ですね。 ゲノムDNAの量は、通常は細胞分裂周期に依存して1倍〜2倍の幅で変動しますが、それはゲノムの複製過程に伴う変動であって、遺伝子の発現とは関係有りません。 昆虫の一部の組織などではゲノム複製が多重的に起こって巨大染色体とよばれれるゲノムが観察されることがありますが、それはかなり特殊な現象と考えていいと思います。 巨大染色体化と遺伝子発現レベルには相関関係があるだろうとは思いますが．．．．

(無題) 削除/引用 No.63-4 - 2009/02/21 (土) 15:34:16 - R gDNAということですので、マイクロアレイとはCGHアレイのことでしょうか。 CGHアレイにより見いだされたコピーナンバーバリアント(CNV)については、 PCRでの検証の際にRNase Pの配列が内部標準としてよく用いられるそうです。 また、解析する領域は転写開始点以降で遺伝子のN末側、真ん中、C末側くらい用いていると説得力を感じます。 ただ、これは個人的な意見です。 最後に、ゲノムの段階で発現量という言葉は？？です。 ゲノムからmRNAなりproteinが発現するので、ゲノムは何から発現？

(無題) 削除/引用 No.63-3 - 2009/02/21 (土) 15:11:15 - ゲノム 根本的に考えが間違っていたら教えて欲しいのですが、 gDNAの発現量として考えているのは、 ある遺伝子でのgDNA配列情報を利用して、転写開始点以降のイントロン部分でプライマーを作成して、gDNAを鋳型としてPCRをかけて、その遺伝子の発現量を見ています。 目的としては、目的遺伝子を絞ったマイクロアレイと同じと考えていますが、マイクロアレイは金銭的に余裕が無いですし、目的遺伝子は数個なので、この方法で検討しています。 この方法だと、発現量の多い少ないは言えないでしょうか? この方法で補正するための内在性コントロールは何がいいのでしょうか? 引き続きお願いします。

http:// 削除/引用 No.63-2 - 2009/02/21 (土) 13:09:05 - TK-1 gDNAの発現量というのがどういう意味かわからないのですが、XやY染色体以外の遺伝子は基本的には２コピーずつ存在するので、何でもいいような気がします。ただしtumor cellではときどきamplificationがかかったりするので、その辺りには気をつけてください。

gDNA発現量の補正に関して 削除/引用 No.63-1 - 2009/02/21 (土) 12:24:47 - ゲノム 皆さんはじめまして。 今、ある遺伝子のgDNAの発現量に関して検討しています。 勉強不足で申し訳ないのですが、 gDNA発現量をPCRで検討する場合に、補正する内在性コントロールはどれが適切なんでしょうか？ mRNAの場合は、beta-Actin, GAPDH, 18SrRNAなどが使われていますが、gDNAの場合はどうかと思い、質問しています。 PCRの前に、gDNAの濃度は測定し、同量使用してPCRをかけるだけでは駄目なのでしょうか？ ご回答お願いします。

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