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レスが付いた件 削除/引用 No.624-3 - 2009/06/17 (水) 11:12:29 - おお >[Re:2] mugimakiさんは書きました : > 私の場合は，NCBI，ensembleをはじめ他のdatabaseも場合によってはチェックして > （特にisoformでへんなものがいっぱい登録されている時） > 一応こういうこともあるのかもしれないとしつつ，NCBIを基準にして進めています． レスがつかない件とか書いて上げようかと思ってました。 たしかに実際にPCRしたり、クローン化するのであれば、 参考程度にして(例えばプライマーをデザインする時 全部ひっかかるように一応しとくとか)、 自分の取れてきたもの、PCRで増えてきたものがすべて ですので、それ以上のものでもないですよね。 でご回答によるとENSAMBLにあるものが取れてきたということも あるみたいなので、無茶苦茶でもないわけですね。 一つこんな事がないかなあと思っているのは、数ベースの イントロンとか、イントロンの末端がスプライシング で認識されないような配列であった時、もしかしたら その前後のエクソンが存在して、イントロンが入っているのが ESTのアーティファクトであるとか、そんな気もしているのです。 インフォーマティクスのフィールドの人の意見も聞きたいですね。

(無題) 削除/引用 No.624-2 - 2009/06/16 (火) 11:57:22 - mugimaki このトピックは私も興味ありますので私のつたない経験を書かせて頂きます． 概してどの遺伝子もNCBI<Ensembleでisoformなどは登録されていると私も思います． おおさんがおっしゃられてるように意味のなさそうなのもありますので，私自身は NCBIを参考にして実験を進めています．（勿論isoformの可能性があることは念頭に おいています） NCBIを元にプライマーを設計し目的遺伝子のクローニングを行ったところ（databaseでは ひとつ），二本バンドが出てsequence解析をしたところ，片方はensembleで示されている isoformであることがわかりました． また別の遺伝子ですが ensembleでは6個のisoformが示されていますが，CDSでみるとNCBI同様に２つのisoformで あったりしたこともありました．UTR部分が違うmRNAが登録されているみたいです． このときはUTRも勿論重要だとは思うのですが，蛋白の機能を調べる目的だったため この２つをクローニングして解析を進めました． 私の場合は，NCBI，ensembleをはじめ他のdatabaseも場合によってはチェックして （特にisoformでへんなものがいっぱい登録されている時） 一応こういうこともあるのかもしれないとしつつ，NCBIを基準にして進めています． 分かりづらい文章でごめんなさい．

ENSEMBLEの発現RNAのデーターベース 削除/引用 No.624-1 - 2009/06/07 (日) 04:15:37 - おお の発現RNAのデーターベース(ヒト)を見てますと、 同じ遺伝子(ロケーション)からのアイソフォーム が比較的たくさん載っています。ESTなどからのプレディクション のためだと思います。そういうこともあって、 2ベースぐらいのイントロンとか、あまりあり得ない スプライシングとかプレディクトされたmRNAがあったり します。 一方、NCBIのgeneで引くとほとんどそんなアイソフォームはなかったり します。ただこのデーターベースはパブリっシュされているアイソフォーム も載ってない場合があります。 さて両方を加味して、あるいはそのほかのデーターベースなども取り入れて、 これらのデーターをみなさんはどのように受け止めて、どのように りようされているでしょうか?(皆さんいろいろな角度で、いろいろな 利用の仕方をしていると思いますので漠然とした質問にせざるおえません がそういう意味で自由な意見がきけたらとおもいます) あるいはデーターベースを利用してアイソフォームを見つけたとかいう経験 など聞けたらうれしいです。 example www.ensembl.org/index.html www.ensembl.org/Homo_sapiens/Gene/Summary?g=ENSG00000169398 www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?Db=gene&Cmd=ShowDetailView&TermToSearch=5747&ordinalpos=3&itool=EntrezSystem2.PEntrez.Gene.Gene_ResultsPanel.Gene_RVDocSum

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