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特定のRNA分子を単離精製する方法 トピック削除
No.599-TOPIC - 2009/06/02 (火) 17:53:48 - DSC
ある目的があり、マウス脳から抽出したRNAの中からある一種のRNA分子だけを精製(あるいは濃縮)したいと考えています。Oligo(dT)を用いたmRNA精製法をmodifyして行えないかと考えています。

例えば、polyA+ RNAをBiotinylated-Oligo(dT)にハイブリダイズさせ、streptavidin-magnetic beadsに結合させて精製するキットがありますが、そのOligo(dT)の代わりに精製したいRNAの配列に相補的なオリゴヌクレオチドにビオチンを付けたもの(受託合成)を用いれば、精製は可能でしょうか? 適当な温度でオリゴとハイブリさせると非特異的なRNAも引っかかってくると思いますが、目的の分子をできるだけロスなく得たいので、標的部分の異なる2種類か3種類のオリゴで続けてゆるいセレクションをかければ、ある程度まで精製(濃縮)できると思います。

このような方法はあり得るでしょうか? 何か条件設定などにコツはあるでしょうか? 経験のある方あるいは論文などをご存知の方がおられたら、ご指南をお願い致します。もちろん、他によい方法があればご教示ください。
 
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(無題) 解決済み 削除/引用
No.599-5 - 2009/06/02 (火) 18:59:32 - DSC
通りがかりさん

ありがとうございます。
論文検索の労力不足だったかもしれません。すみません。

教えて頂いたものもですが、他にも探してみます。
探せばいろいろ出てきそうなので、ひとまずCloseとさせて頂きます。

ありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.599-4 - 2009/06/02 (火) 18:53:27 - 通りがかり
こんな論文があります。探せばもっとあるでしょう。

J. Biol. Chem., Vol. 256, Issue 4, 1495-1498, Feb, 1981
An immunochemical method for mRNA purification. Application to messenger RNA encoding trypanosome variable surface antigen

Proc Natl Acad Sci U S A. 1979 October; 76(10): 4927–4931.
Purification and mapping of specific mRNAs by hybridization-selection and cell-free translation.

(無題) 削除/引用
No.599-3 - 2009/06/02 (火) 18:43:20 - DSC
ありがとうございます。

やはり問題はコンタミとロスでしょうね。
それに、簡単に可能ならふつうにやられているでしょうし。

特定分子の塩基修飾を見たいので、逆転写を経ると意味がないのです。
全RNAで(おそらく全mRNAでも)実験を行うと、detectできませんし。

なかなか難しそうですね。

(無題) 削除/引用
No.599-2 - 2009/06/02 (火) 18:20:57 - ;
まず、RNA全体の5%未満がmRNAと言われています。
そのmRNAの中で、目的のmRNAが一体何%であるかはわかりませんが、

実際、mRNAを精製されたことはありますか?
結構、りぼそーまるRNAがコンタミしますよ。
私は、りぼそーまるRNAを除くには2〜3回精製を繰り返したりしてました。

そもそも、mRNAの精製自体、かなりロスします。それを繰り返さないと
きれいにならないということは、かなりのロスを考えなければなりません。

上記のことを考えると、そんな実験を考えるのは
かなりゾッとします。

ディファレンシャルとかやったことありますか?
あれはPCRを組み合わせてやるのです。
要するに、一旦増幅するという過程が加わります。

もう少し考えられた方が良いと思います。

特定のRNA分子を単離精製する方法 削除/引用
No.599-1 - 2009/06/02 (火) 17:53:48 - DSC
ある目的があり、マウス脳から抽出したRNAの中からある一種のRNA分子だけを精製(あるいは濃縮)したいと考えています。Oligo(dT)を用いたmRNA精製法をmodifyして行えないかと考えています。

例えば、polyA+ RNAをBiotinylated-Oligo(dT)にハイブリダイズさせ、streptavidin-magnetic beadsに結合させて精製するキットがありますが、そのOligo(dT)の代わりに精製したいRNAの配列に相補的なオリゴヌクレオチドにビオチンを付けたもの(受託合成)を用いれば、精製は可能でしょうか? 適当な温度でオリゴとハイブリさせると非特異的なRNAも引っかかってくると思いますが、目的の分子をできるだけロスなく得たいので、標的部分の異なる2種類か3種類のオリゴで続けてゆるいセレクションをかければ、ある程度まで精製(濃縮)できると思います。

このような方法はあり得るでしょうか? 何か条件設定などにコツはあるでしょうか? 経験のある方あるいは論文などをご存知の方がおられたら、ご指南をお願い致します。もちろん、他によい方法があればご教示ください。

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