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(無題) 削除/引用 No.539-9 - 2009/11/06 (金) 03:49:52 - おお >[Re:8] 河野誠二郎さんは書きました : あれ、こんな質問したっけと思って開けたら、、、、 たしかに自分が書いた質問でした。。。。 しかしすごい誤植ですね、、、、 "バイオインフォーマティックをやったことの人間に" あ、ちょっとよく質問内容を理解してませんが当てすっぽで 回答しますと、 http://david.abcc.ncifcrf.gov/home.jsp ここで自分の興味ある遺伝子のリストをほりこむのですが、 遺伝子名はアフィメトの番号やその他いろいろな表記が 使えたと思います。で好きな表記(Gene symbolとか)に変換で きたように思います、、、ちょっと記憶に定かでないですが、、、 しかしリストを探しているとのこと、、、、そのへんがよく分かりません。 あ、すべての遺伝子を含むリストであれば上記のサイトから 拾ってくることができるかもしれません。

5月２３日の質問について 削除/引用 No.539-8 - 2009/11/06 (金) 01:21:20 - 河野誠二郎 はじめまして。 大学４年の河野誠二郎です。 ５月２３日のあなた質問 「エクセルにヒト遺伝子のリスト(Gene symbol)があります。 7000個ぐらいあるのですが、これらの遺伝子をGOなどで役割を あサインしたいのですが、バイオインフォーマティックをやったこと の人間に方法を説明できる人はいますでしょうか?」 この質問はズバリ自分が今取り組んでいる課題です。 そして自分はまだしっくりくる遺伝子リスト（Gene symbol)をネット上から見つけられません。 なのでよろしければ、あなたが使ったデータベースを教えて頂ければうれしいです。

(無題) 削除/引用 No.539-7 - 2009/05/25 (月) 09:17:49 - おお >[Re:6] おおさんは書きました : > http://david.abcc.ncifcrf.gov/home.jsp > > ちょとぐぐってみましたら上記のようなものが得られました。 > > ご使用経験があるかたや、何か情報をおもちの方コメントいただければ > とおもいます。 加えて同様の物がありましたらお教えください。

(無題) 削除/引用 No.539-6 - 2009/05/25 (月) 06:07:58 - おお http://david.abcc.ncifcrf.gov/home.jsp ちょとぐぐってみましたら上記のようなものが得られました。 ご使用経験があるかたや、何か情報をおもちの方コメントいただければ とおもいます。

(無題) 削除/引用 No.539-5 - 2009/05/24 (日) 03:23:35 - おお >[Re:4] 顕微鏡さんは書きました : > エクセルなどの普通のソフトでやる場合は遺伝子機能のアノテーションの単語が統一されていることと、データを行列に整理された状態でデータベースからダウンロードできるかどうか（表として開くため）が鍵でしょうか。 > ありがとうございました。エクセルとかから、何かフリーの マイクロアレーソフトで読み込むのは可能かなぁなんて思ったりもしました。 今はマイクロアレーソフトを使っている研究室を離れてしまったので、、、

(無題) 削除/引用 No.539-4 - 2009/05/23 (土) 19:01:26 - 顕微鏡 生理機能でリストをまとめたことがないので、どのデータベースが良いかは分からないです。。。 私は、マススペックとマイクロアレイとタンパク質相互作用の3つのデータベースをエクセルで連結させてクラスターをつくったのですが、こつさえつかんでしまえば、難しくないです。 エクセルなどの普通のソフトでやる場合は遺伝子機能のアノテーションの単語が統一されていることと、データを行列に整理された状態でデータベースからダウンロードできるかどうか（表として開くため）が鍵でしょうか。

(無題) 削除/引用 No.539-3 - 2009/05/23 (土) 15:20:44 - おお >[Re:2] 顕微鏡さんは書きました : ありがとうございました。ちょっと時間があればためしてみます。 > > 後半の質問はマイクロアレイなど、発現量を調べたい、ということでしょうか？？？ > マイクロあれーであれば、ソフトがあればアサインしてそれぞれの カテゴリーに分類してくれますよね。だた分類の仕方はGOの分類が 満足できるものがあるかどうか分からないのですけど。 やっていることは、あるDNA配列がありましてそれをゲノムの配列 と比べて非常に似ている(一致している)配列をもった場所に 位置する遺伝子のリストを得たわけです。 そのリストの遺伝子に何か機能的とか、発現する組織などに偏りが ないかと思えるわけです。特に脳のチャンネル系が多くひっかかっている きがします。 そこでまず円グラフ見たいなものを使って遺伝子全体で何%がどのカテゴリーで というのと、得られた遺伝子でどのカテゴリーが何%というのをくらべたい。 できればそこから統計的な有意差を示したいと思ったわけです。

(無題) 削除/引用 No.539-2 - 2009/05/23 (土) 14:44:38 - 顕微鏡 エクセルでやる場合、まず、遺伝子名と役割の全リストをデータベースからダウンロードしてエクセルで開きます。 手持ちのリストの遺伝子名をvlookup関数を使って、ダウンロードしたリストから抜き出せば、アサインできます。 7000個位でしたら1分もかからないと思います。 手持ちのリストの遺伝子シンボルとダウンロードした遺伝子シンボルが対応していないことがよくあります。例えば一方がEBIでもう一方がIPIなど。 UniprotKBにID Mappingがありますので、遺伝子シンボルの対応表を自分で作って、シンボルを変換してからvlookupすることになります。 なれないと結構大変です。私も数日かかりました。bioinformaticsの人に頼んだら一瞬でした。。。。 後半の質問はマイクロアレイなど、発現量を調べたい、ということでしょうか？？？

エクセルファイルの遺伝子をGOで割当るには? 削除/引用 No.539-1 - 2009/05/23 (土) 10:16:55 - おお エクセルにヒト遺伝子のリスト(Gene symbol)があります。 7000個ぐらいあるのですが、これらの遺伝子をGOなどで役割を あサインしたいのですが、バイオインフォーマティックをやったこと の人間に方法を説明できる人はいますでしょうか? あとは脳、神経系に関する遺伝子の割合など、有意に多いかなど 見たいと思うのですが、GOのようなデーターベースでどれが そういう分類に的しているでしょうか。

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