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Image-Jで染色細胞のピクセル辺りの濃さを測定したい トピック削除
No.533-TOPIC - 2009/05/22 (金) 21:49:31 - 齋藤 実
いつもお世話になっております。

培養細胞を免疫染色した画像を元に、染色された(あるいは染色されていなくて核染色だけでも可)複数の細胞のピクセル辺りの平均の濃さをimage-jで測定したいのです。

(1)画像を開いてImage->Type->8bit としてグレースケールにして
(2)Image->Adjust->Threshould として細胞が選択されるようにして
(3)Analyze->Analyze Particle をすると平均の「白さ」が測定されて
しまい、濃さ(黒さ)の値が測定出来ません。

この逆の値(濃さ)を測定するにはどのようにすればいいのでしょうか。

よろしくお願いいたします。
 
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解決 解決済み 削除/引用
No.533-8 - 2009/05/26 (火) 22:28:52 - 齋藤実
試行錯誤して、やっとやりたいことが出来るようになりました。
以下にその手順を示します。
(1)画像を開き、Image->Type->8-bit
(2)Image->adjust->Threshold
(3)Set->OK
(4)Analyze->Set MeasurementsでLimit toThresoldとMean Gray ValueとAreaに
チェック
(5)Analyze->Measure

この方法で複数の染色細胞の平均の濃さが出せるようになりました。
コメントをつけて下さった皆様、ありがとうございました。
大変助かりました。

(無題) 削除/引用
No.533-7 - 2009/05/23 (土) 13:40:30 - qq
imagej > Plugins > color function > color deconvolution
で、”H-DAB”を選択するのが、良いかもしれません。HE+DAB(らしい)組織染色像を使って、テストしてみると、それらしい結果が出ます。
ただし、自分のサンプルでやったことは有りません。
pluginsに”color deconvolution”が見当たらないようでしたら、WCIFのimagej bundleが必要かもしれません。

(無題) 削除/引用
No.533-6 - 2009/05/23 (土) 12:46:39 - 顕微鏡
試しに、
フォトショップ、イラストレーター、キャンバスなどの作画ソフトで、濃さの違う円を描いてTiffで保存して、テストしてみてはどうでしょうか。

(無題) 削除/引用
No.533-5 - 2009/05/23 (土) 10:40:19 - 齋藤 実
みなさんコメントありがとうございます。

申し訳ないのですが、ちょっと自分でも自信がなくなってきました。
本当にピクセルあたりの濃さ(明るさ?)を出せているのかよく
わからなくなりました。

スライドグラスに貼付けた細胞を免疫染色してDABで発色させた
ものをサンプルとして、単位面積あたりの濃さを出したいのです。

コントロール(一次交代なし、核染のみとなる)との比較をして
染色した方は(抗体あり)は「これくらい」強く染まっている。
というような結果を出したいのです。

惜しいところまではいっていると思うのですが、、、。

操作法が間違っていないのかも不安です。どうか、よろしくお願いいたします。

(無題) 削除/引用
No.533-4 - 2009/05/23 (土) 09:14:21 - qq
ImageJの”Edit -> Invert”

(無題) 削除/引用
No.533-3 - 2009/05/23 (土) 01:51:52 - 通りがかり
255 から引けばいいだけでは?

(無題) 削除/引用
No.533-2 - 2009/05/22 (金) 22:51:03 - CJ
Photoshopなどで色調を反転させてから同じ操作をしてみては?

Image-Jで染色細胞のピクセル辺りの濃さを測定したい 削除/引用
No.533-1 - 2009/05/22 (金) 21:49:31 - 齋藤 実
いつもお世話になっております。

培養細胞を免疫染色した画像を元に、染色された(あるいは染色されていなくて核染色だけでも可)複数の細胞のピクセル辺りの平均の濃さをimage-jで測定したいのです。

(1)画像を開いてImage->Type->8bit としてグレースケールにして
(2)Image->Adjust->Threshould として細胞が選択されるようにして
(3)Analyze->Analyze Particle をすると平均の「白さ」が測定されて
しまい、濃さ(黒さ)の値が測定出来ません。

この逆の値(濃さ)を測定するにはどのようにすればいいのでしょうか。

よろしくお願いいたします。

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