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免疫染色で発現している蛋白を定量、比較したいです(顕微鏡) トピック削除
No.481-TOPIC - 2009/05/15 (金) 20:05:07 - ruru
以前似たようなトピックがありましたが、レスポンスがついてなかったようですので、
新しくトピックを作成しました。みなさま回答をよろしくお願いいたします。

ある蛋白を蛍光免疫染色法にて観察しております。薬剤投与群と非投与群にわけて
蛋白発現が変化するかどうかを、免疫染色で評価したいと思っています。
Westanはサンプル量が微量なため施行不能です。

論文ではよく写真を2枚載せて否定量的に評価しておりますが、
蛍光強度の測定によって定量的に評価したいと考えています。
そこで質問なのですが、標的蛋白/DAPI蛍光強度などのようにスタンダードを用いての相対評価などは可能でしょうか(もちろん顕微鏡の設定などは同一にして)?

問題は私がみたい蛋白は細胞質に染まるので、スタンダード(コントロール)として
DAPI(核に染まる)が用いる事が可能かどうかわかりません。。。
薬剤投与群と非投与群を比べるときにはやはり何らかのコントロール(細胞質に染まるものが必要?)が必要でしょうか?
またその場合はコントロールとして何がありますか?

どなたかtryしたことある方、またはそのような論文をご存知の方がいましたら
お教えください。よろしくお願いします。
 
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(無題) 削除/引用
No.481-4 - 2009/05/16 (土) 18:29:40 - 通りすがり
横から失礼いたします。
千夏さんが提示なさった論文の場合、GFPの蛍光を測定しているようですが、
蛍光免疫染色法の場合は抗体反応などのステップが余分に必要になるので、
これらのステップの精度(手技のブレ)が鍵になると思います。

当方のラボには、蛍光免疫染色法とwestern blottingの比較を
された方がおります。
特殊な方法を用いて手技のブレ等を極力排除すると、western
blottingと同等程度の定量性を維持できるという結論が得られました。
しかし一般的な実験環境では手技のブレを排除することは困難でして、
免疫染色法による定量はあまりお勧めできません。

手技のブレ以外の難点としては、細胞間のばらつきが挙げられます。
たとえ(均質化した)培養細胞であっても、タンパク質の発現量は
細胞間で大きくばらつきます。
よって、「写真を2枚載せて否定量的に評価」とruruさんが
おっしゃるとおり、チャンピオンデータ的写真が何枚か得られても、
全体平均に関する定量性は議論できないことになります。

上記のような事情から、「免疫染色法は定量性のない手法である」と
一般に認識されているように(私自身は)感じておりますので、
定量性についての議論はなるべく避けて通るのが得策かと思います。
よって蛍光免疫染色法の定量性を議論するよりは、
蛍光2次抗体法やCan Get Signalなどを利用して感度を向上させた
Western blotにより定量するほうが簡単かと思います。

また、コントロールを取るのであれば、対象のタンパク質と
発現量が同程度で、かつ薬剤投与により変動しないタンパク質を
免疫染色法で同時に多重染色するのがよいかと思います。
(DAPI等では手技のブレやタンパク量のブレが反映されません。)

最後にもう1点だけ補足させていただきますと、蛍光免疫染色による
定量データがどの程度重要なのかを考慮されてはいかがでしょうか。
仮に、論文の主張を支持する主要なデータとなるならば、
定量性についての議論を避けて通れないでしょうけれども、
論文の主張を支持する副次的なデータであれば、
定量性についての議論は必要ないかもしれません。

長文失礼いたしました。

(無題) 削除/引用
No.481-3 - 2009/05/15 (金) 21:23:29 - 千夏
この論文がもしかしたら参考になるかも??
ttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18625846?dopt=AbstractPlus

(無題) 削除/引用
No.481-2 - 2009/05/15 (金) 21:14:25 - モルモル
コントロールに何を取るかも大事ですが、顕微鏡で取得した蛍光画像のピクセル値と実際の蛋白量との間に直線的な比例関係が成り立つのかどうか、まず検証する必要があるのでは。相関関係は当然ありますが、それが直線的かというと大いに疑問です。実際に検証したわけではないですが、印象としてはダイナミックレンジのかなり狭いシグモイドカーブのような形になるような気がします。

ともかく、コントロールがどうあれ、標準曲線を描かないことには定量はできないと思います。その蛋白を様々なレベルで発現している permanent cell line を用意して、免染した蛍光の値と ELISA 等で定量した蛋白量をプロットしてみれば、標準曲線が描けそうです。

そのあたりをキチンと検証した論文があれば、私もぜひ読んでみたいです。

免疫染色で発現している蛋白を定量、比較したいです(顕微鏡) 削除/引用
No.481-1 - 2009/05/15 (金) 20:05:07 - ruru
以前似たようなトピックがありましたが、レスポンスがついてなかったようですので、
新しくトピックを作成しました。みなさま回答をよろしくお願いいたします。

ある蛋白を蛍光免疫染色法にて観察しております。薬剤投与群と非投与群にわけて
蛋白発現が変化するかどうかを、免疫染色で評価したいと思っています。
Westanはサンプル量が微量なため施行不能です。

論文ではよく写真を2枚載せて否定量的に評価しておりますが、
蛍光強度の測定によって定量的に評価したいと考えています。
そこで質問なのですが、標的蛋白/DAPI蛍光強度などのようにスタンダードを用いての相対評価などは可能でしょうか(もちろん顕微鏡の設定などは同一にして)?

問題は私がみたい蛋白は細胞質に染まるので、スタンダード(コントロール)として
DAPI(核に染まる)が用いる事が可能かどうかわかりません。。。
薬剤投与群と非投与群を比べるときにはやはり何らかのコントロール(細胞質に染まるものが必要?)が必要でしょうか?
またその場合はコントロールとして何がありますか?

どなたかtryしたことある方、またはそのような論文をご存知の方がいましたら
お教えください。よろしくお願いします。

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