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10%ドデシル硫酸ナトリウムの調製 トピック削除
No.467-TOPIC - 2009/05/13 (水) 23:12:00 - たろう
10%ドデシル硫酸ナトリウムの調製をしたいのですが、
「Rosh」から貰ったbufferの組成がのっている冊子を参考にして作っていると、SDSの粉を溶かしたあとpHを7.2に合わせるように書いてあります。
SDSの粉を溶かした時のpHは、6.8くらいなので、NaOHを少し入れてみたところ、ほんの少しだったのにも関わらず、10くらいまで上がってしまい、
じゃあ、今度はHClで・・・。という具合に調整していたら、ほんとに少しなのに7.2にはほど遠いpHになってしまってエンドレスになってしまいました。
しかも、スターラーで混ぜただけでpHがどんどん酸性に偏っていくという不思議な現象も起き始め、訳が分からなくなりました。

@そもそも、10%SDSのpHを7.2にする必要ってあるんでしょうか?
AみなさんがpHを調整する時、何NくらいのNaOH、もしくは、HClを使っていますか?
B10%SDSはマウスの尾を溶かしてゲノム精製するときのlysis bufferを作る時に使うのですが、同じ目的で10%SDSを使うとき、pHはどのくらい気を遣いましたか?

以上の3つの質問にお返事ください。よろしくお願いします。
 
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ありがとうございました。 解決済み 削除/引用
No.467-11 - 2009/05/14 (木) 18:05:12 - たろう
室温でしばらくまわしていたら、ちゃんと溶けました。

いろいろありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.467-10 - 2009/05/14 (木) 12:22:54 - AP
40℃以上の高温、長時間では分解が起こるという記述もあるなあ。
http://openwetware.org/wiki/SDS

室温ではどうしても溶けにくいという場合以外は、やらないに越したことはなさそう。

私の場合 削除/引用
No.467-9 - 2009/05/14 (木) 11:31:38 - mom-a
加温することなく10%SDSを作っていますが、冬になるとSDSが析出してくることがあるので(休日の間に室温が下がるのでしょう)、その場合は加温して溶かしています。

DMSOが試薬棚で凍っていたこともありましたっけ…

(無題) 削除/引用
No.467-8 - 2009/05/14 (木) 10:40:52 - AP
68℃程度に加温して溶かすのは問題なく、Molecular Cloningにもそう書いていますね。ただ私は10%溶液を作る場合に加温したことはなく、室温で完全に溶解できていますけれど。Molecular Cloningのレシピは20%なのでそれくらい濃度が高いと加温しないと溶けにくいのかも。pHを調整するのもあるいは。高濃度だと未電離のSDSが増えて溶けにくくなるからかも。

(無題) 削除/引用
No.467-7 - 2009/05/14 (木) 10:34:10 - たろう
APさん。詳しいお話ありがとうございます!!
そんな歴史があるのですね。

もし、可能ならば、「SDSは温めてもいいの??」という質問に答えていただけたらうれしいです。すいません。
初心者質問満載で・・・。

みなさん。ありがとうございます。

(無題) 削除/引用
No.467-6 - 2009/05/14 (木) 10:30:25 - たろう
あと、もし、よかったら答えていただくと嬉しいのですが、
「Rosh」の冊子には、SDSを溶かすとき、水を68度に温めるようにかいてあります。多分、溶けにくいからかなと思うのですが、
SDSはそれくらいに温めても問題ないですか?

(無題) 削除/引用
No.467-5 - 2009/05/14 (木) 10:28:21 - AP
Molecular Cloningにも「もし必要があれば」pHを7.2に合わせろ(HClでとありますが)と書いてあります。

一つには、古い時代の名残で(Molecular Cloningの古い版には書いてあったと思いますが)、昔は試薬の品質が全般的に低くて、SDSもグレードやブランドによっては製造過程の中和の調整が悪いのか不純物のせいかずいぶんアルカリ性、あるいは酸性に偏っているものがあったので、SDSを溶かしたらpHをチェックして調整すべしということになっていました。

現在では、どこのSDSもそんなにひどいのはないと思いますが、やはりメーカーやブランドによってpH調整した方が良い物があるようです。例えば、Sigmaのmolecular biology用を使っていたときはただ水に溶かすだけで何の問題も感じなかったのが、コスト削減のため国産メーカーの特級品に変えてから、それほどの寒冷地でもないのに、また夏場ですら室温保存中に良く析出を起こすようになりました。pHペーパーで調べてみると、かなり酸性になっていることがわかり、1 N NaOHを滴下してpH 7程度にしてみると析出しなくなりました(pHメータは使ったことがありません)。

かといって質問者さんのように、NaOHを入れすぎたからHClを入れて、また越えてしまったからNaOHを入れて、、、、みたいなことをするとどんどんNaCl濃度が高くなりますから、Na+によって析出してしまいかねません。

そうですよね・・・。 解決済み 削除/引用
No.467-4 - 2009/05/14 (木) 10:13:32 - たろう
そうですよね・・・。汗
やっぱりpH調整は必要ないですよね。
ありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.467-3 - 2009/05/14 (木) 04:03:37 - 通りすがり
pHなんて調整しないですね。
自分の調整のやり方は、計量したSDSと適当量の水をメモリの付いたチューブにいれ、蓋をして溶解。
泡立っている場合はしばらく静地してから、チューブのメモリでメスアップして完成です。

普通は10%を直接使わずに、Bのようにバッファーと混ぜて使うんですから、pHなんて調整する必要ないでしょ。

(無題) 削除/引用
No.467-2 - 2009/05/13 (水) 23:34:18 - おお
通常はpHは合わせる必要ないと思いますが、、、
SDSは中性領域でバッファーの効果はないと思いますし
ほんの少しの水酸化ナトリウムや塩酸でもpHが大きく
変わってしまいますよ。
そもそも水酸化ナトリウムでpHがいきすぎたから
塩酸でもどしていたら、ようえいの組成がおかしくなる
と思いませんか?

10%ドデシル硫酸ナトリウムの調製 削除/引用
No.467-1 - 2009/05/13 (水) 23:12:00 - たろう
10%ドデシル硫酸ナトリウムの調製をしたいのですが、
「Rosh」から貰ったbufferの組成がのっている冊子を参考にして作っていると、SDSの粉を溶かしたあとpHを7.2に合わせるように書いてあります。
SDSの粉を溶かした時のpHは、6.8くらいなので、NaOHを少し入れてみたところ、ほんの少しだったのにも関わらず、10くらいまで上がってしまい、
じゃあ、今度はHClで・・・。という具合に調整していたら、ほんとに少しなのに7.2にはほど遠いpHになってしまってエンドレスになってしまいました。
しかも、スターラーで混ぜただけでpHがどんどん酸性に偏っていくという不思議な現象も起き始め、訳が分からなくなりました。

@そもそも、10%SDSのpHを7.2にする必要ってあるんでしょうか?
AみなさんがpHを調整する時、何NくらいのNaOH、もしくは、HClを使っていますか?
B10%SDSはマウスの尾を溶かしてゲノム精製するときのlysis bufferを作る時に使うのですが、同じ目的で10%SDSを使うとき、pHはどのくらい気を遣いましたか?

以上の3つの質問にお返事ください。よろしくお願いします。

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