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(無題) 削除/引用 No.410-7 - 2009/05/01 (金) 11:03:48 - 院生、バイオ初心者 Pumpkin 様 www.ncbi.nlm.nih.gov/RefSeq/RSfaq.htmlのご案内ありがとうございました。 ここを見るとAccession No.の前についている接頭語の意味がわかりました。 早く解決してよかったです。 ありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.410-6 - 2009/05/01 (金) 10:32:36 - 院生、バイオ初心者 Primer Blastも使ってみました。10個ほどプライマーペアがでてきますね。エクソンジャンクションや、5′末端候補の塩基を考慮すると使えそうなのはそのうち2つ（ペア）くらいでした。Primer3PLUSは5つの候補がでてきますが、使えそうなのは１つくらいでほぼ同じです。いずれもベースがPrimer3なので大差はないように感じました。 ひとまず、BLASTでも特異性を確認できたので作ったプライマーでRT-PCRしてみます。 皆さん、アドバイスありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.410-5 - 2009/05/01 (金) 05:37:52 - CJ ところで最近始まったPrimer Blast http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/ はPrimer 3をつかって設計してくれるようですよ。もちろん特異性検索もやってくれるそうです。 ちょっと前に使っていました。（今はやめました）

(無題) 削除/引用 No.410-4 - 2009/04/30 (木) 19:08:58 - Pumpkin Accession No.やその他、基本的にFAQやオリジンがどこかにあるはずです。 探すくせ、また、探せるようになりましょう。 www.ncbi.nlm.nih.gov/RefSeq/RSfaq.html

(無題) 削除/引用 No.410-3 - 2009/04/30 (木) 19:03:19 - 院生、バイオ初心者 はい、Accession No.のことを指しています。同じラボには遺伝子をやっている方はおられないので、ABIのセミナーに参加したり、独学でやっています。 修士ではELISAを扱っていました。遺伝子は今回が初めてです。もう一度タカラのホームページを参考に読み直してみます。ありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.410-2 - 2009/04/30 (木) 18:52:42 - Pumpkin 修士に進んで、バイオ系のラボに移転してきたというところでしょうか？そういうことならなおさら、ご自分の所属するラボのドクターや助手の先生に聞かれた方が良いのではないですか？ >元々NMで始まるｍRNAのシーケンスから作成しました NMっていうとデータベースのAccession No.のことを言っておられるのでしょうか？ TaKaRaさんのHPで言えば、www.takara-bio.co.jp/prt/index.htmのようなリアルタイムPCR実験指南があるので参考にされたらいかがですか。

特異性検索 削除/引用 No.410-1 - 2009/04/30 (木) 18:41:31 - 院生、バイオ初心者 RT-PCR初心者です。ABI7700でインターカレーター法でRT-PCR,遺伝子発現を確認したいと思っています。 マウス脾臓組織からQIAGEN,RNeasy、mini kitを用いてTotalRNA抽出、DNase処理したもので、行います。Primer３Plusでプライマーを設計したのですが、BLASTで特異性を見るための、データベースの選択がわかりません。RefSeq RNAを使うとヒットしませんが、Build RNAであればヒットしてきます。元々NMで始まるｍRNAのシーケンスから作成しました。その下流？はAKから始まる者にも辿り着きます。勉強不足でNMで始まったり、AKで始まるものの違いがよくわかりません。特異性検索のためのデータベースのことと、NMやAKの意味についてご教授お願いします。

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