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(無題) 削除/引用 No.3944-3 - 2011/02/08 (火) 10:03:41 - 橘 使われるのはMIRA、Velvet、ABySS、WGS-Assembler辺りでしょうか。 たった数Mbと言っても、454かIlluminaかでだいぶ処理の難易度は変わります。 また、リファレンスシーケンスがあるかどうかも大きく影響します。 454ならMIRA、IlluminaならVelvetかABySSがおすすめですが、いずれもバイナリは配布されておらずソースコードからコンパイルしなくてはなりません。 お金を出せるのであれば、DNA BaserとかAligner、Sequencherなどのグラフィカルに操作できるものもあります。 体験版が試用できますので試してみて下さい。 たぶん速度はあまり期待できませんが。

(無題) 削除/引用 No.3944-2 - 2011/02/07 (月) 23:33:40 - AA 以前、次世代シークエンサーに関するセミナーに出たときに講師の先生が、 「本格的に始める前にデータベースなどから生データをいただいてきて練習するとよい」 とおっしゃっていました。曰く、 「プラスミドやゲノムの短い生物種のデータなら普通のPCで処理できる」 とのことでしたのでまずはご自分のPCで試されるのが良いかと思います。 私個人はまだNGSを用いた実験を行っておりませんので詳しいことはわかりませんが、BWAというアラインメントツールが良いとのことでした。 よその掲示板に誘導するのは気が引けますが、ライフサイエンスQAというサイトが日本語でNGSの質問に答えているそうです。

次世代シーケンス解析ソフト 削除/引用 No.3944-1 - 2011/02/06 (日) 10:50:29 - dnna 疾患の原因遺伝子の同定を目指していまして、 NCBIのSRAのデータを利用して 特定領域のみのassembleを行おうと考えています。 つまり全ゲノム領域はありません。 ハイスペックのPCがないとアッセンブルはできないのでしょうか。 お金はかけたくない状況です。 たった数Mbaseの領域なので、そこまでハイスペックPCもいらない気がするのですが、 解析ソフトはかなりの容量を要求するようです。 時間はいくらかかっても問題ない状況なのですが、何かいい解決策はないのでしょうか。 フリーソフトあるいは期間限定のソフトで、windowsやmac、cygwin等で気軽にできる方法があれば教えていただきたいです。 よろしくお願いします。

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