Bio Technical フォーラム

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転写因子結合部位の検索（TFSEARCH以外） トピック削除
No.3900-TOPIC - 2011/01/29 (土) 12:58:16 - 素人です
いつも勉強させてもらっています。
注目しているSNPが、ある遺伝子intron内のenhancer領域内にあることがわかり、この遺伝子発現量に影響を与えている可能性があると考えています。
そこで２つ質問があります。
@このSNPが、転写因子の結合部位であるかどうかを調べるべく
data　baseをあたることにしたのですが、
残念ながらこの分野の素人のため、どのようなサイトがあるか
教えていただきたく
投稿させていただきました。
TFSEARCHというサイトは試したのですが、
databaseの源がかなり古くて、信頼性に欠けると思いました。
最近のCHIP‐seqを反映した結合部位予想サイト
もしくは、CHIP-seqの結果を網羅的に調べられるサイト（UCSC以外）
があればぜひとも
ご教示願いたくお願い申しあげます。
A２つめとして、培養細胞レベルの実験で、promotorやenhancerのSNPで、その遺伝子の発現量が変化することを示すにはどうすればよいでしょうか？患者のサンプルがないので、SNPの入ったenhancerをLUCとつないだLUCアッセイを考えていますが、ほかにいい方法があればぜひご教示ください。
　
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ありがとうございます 削除/引用
No.3900-4 - 2011/01/31 (月) 11:43:52 - スレ主です
レスありがとうございます。
さっそく試してみます。
2番目の質問についても
どなたかいいアイデアありましたら
お願いします。

(無題) 削除/引用
No.3900-3 - 2011/01/29 (土) 14:59:36 - とも
最初の質問についてですが、transfacやgenomatixはどうでしょう。

(無題) 削除/引用
No.3900-2 - 2011/01/29 (土) 14:06:34 - Actias
使い方が分からないのに紹介するのはなんですが、
http://promoter.cdb.riken.jp/

転写因子結合部位の検索（TFSEARCH以外） 削除/引用
No.3900-1 - 2011/01/29 (土) 12:58:16 - 素人です
いつも勉強させてもらっています。
注目しているSNPが、ある遺伝子intron内のenhancer領域内にあることがわかり、この遺伝子発現量に影響を与えている可能性があると考えています。
そこで２つ質問があります。
@このSNPが、転写因子の結合部位であるかどうかを調べるべく
data　baseをあたることにしたのですが、
残念ながらこの分野の素人のため、どのようなサイトがあるか
教えていただきたく
投稿させていただきました。
TFSEARCHというサイトは試したのですが、
databaseの源がかなり古くて、信頼性に欠けると思いました。
最近のCHIP‐seqを反映した結合部位予想サイト
もしくは、CHIP-seqの結果を網羅的に調べられるサイト（UCSC以外）
があればぜひとも
ご教示願いたくお願い申しあげます。
A２つめとして、培養細胞レベルの実験で、promotorやenhancerのSNPで、その遺伝子の発現量が変化することを示すにはどうすればよいでしょうか？患者のサンプルがないので、SNPの入ったenhancerをLUCとつないだLUCアッセイを考えていますが、ほかにいい方法があればぜひご教示ください。
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