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ChiP法で得られた未知配列を解析する方法について 削除/引用 No.389-4 - 2009/04/24 (金) 15:38:05 - にょん アドバイスを有難うございます！ ビーズから乖離させて溶出したDNA断片を平滑末端化させて、そこにアダプター配列を付加して、ベクターに組み込む、ということですね。cDNA合成のステップにありました…盲点でした。 スケールを大きめでやったほうがよさそうですね。 Pumpkinさんのおっしゃる通り、アダプター配列は作成しようと思います。 >>近くにタンパク質を扱っている研究者がいない > >これって、タンパク質な話ではないですよね？ はい、その通りでした。 ChiP法を行っている人がいない、という意味で使いました。 誤解をさせてしまってすみません…。

(無題) 削除/引用 No.389-3 - 2009/04/24 (金) 13:44:10 - Pumpkin るるさんのおっしゃる通りアダプターライゲーションがいいでしょうね。 リンカーライゲーションでもいいですが、制限酵素消化をステップに入れるのはいやだとか、内部配列でも切れて断片化や断片そのものが小さくなっていやだとかいろいろと「いや」かもしれません。 アダプターは買わずに作った方がいいですよ（アダプターって結構な値段がするし、バリエーションがいっぱい売っているわけではないので）。 >近くにタンパク質を扱っている研究者がいない これって、タンパク質な話ではないですよね？

(無題) 削除/引用 No.389-2 - 2009/04/24 (金) 13:17:03 - るる アダプターライゲーションはどうでしょう？ 制限酵素サイトを持つアダプターを作って未知配列にライゲーションして、制限酵素で切ってプラスミドに入れる。 cDNAライブラリーを作る時そんなことをしていたような。

ChiP法で得られた未知配列を解析する方法について 削除/引用 No.389-1 - 2009/04/24 (金) 12:54:08 - にょん 今年からクロマチン免役沈降(ChiP)法に手を出そうとしている者です。 とあるDNA結合タンパク質と結合する未知配列(おそらく反復配列)プールをChiP法によって獲得するところまでは明確な予定を立てられたのですが、その後の得られた未知配列をどうやって増幅して塩基配列を読むか、まったく方法が思いつきません。 ひとつ考えたのは、得られた未知配列プールをさらに制限酵素で切断しベクターに組み込む、という流れですが、可能かどうかも定かではありません。 アダプタープライマーを用いる方法も、目的配列がある程度絞れている時にしか使えないように思えますし･･･ 近くにタンパク質を扱っている研究者がいないものですから、非常に困っています。 どなたかアドバイスお願いします。

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