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同一でない個体の前後差の検定 トピック削除
No.3796-TOPIC - 2011/01/11 (火) 04:00:57 - Tet-M
検定について質問です。

異なる2種類のマウスの神経細胞の数を、2つの年齢で調べた場合の検定について教えてください。

神経細胞を数えるためにマウスはそれぞれの時点で解剖したので、はじめと終わりで使用したマウスは同一ではありません(関連なし)。

すなわち、マウスA は3ヶ月齢では (n=20)、平均a個の神経細胞があり、12ヶ月齢(n=20)では平均b個の神経細胞がある。一方マウスBは3ヶ月齢(n=20)では、平均c個の神経細胞があり、12ヶ月齢(n=20)では平均d個の神経細胞がある。

そして、マウスAの9ヶ月間における変化(a→b)と、マウスBの9ヶ月間における変化(c→d)に有意差があるかどうかを検定したい場合、どのような検定を行ったらよいのでしょうか(例えばマウスAでは20%減少しているが、マウスBでは25%減少していて、この減少率には優位差があるかどうか)。

繰り返しになりますが、マウスはそのたびに解剖しているので3ヶ月と12ヶ月の時点で細胞のカウントに使ったマウスは別個体のマウスであり、同一のマウスの前後を比較したものではありません。

よろしくお願いします。
 
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(無題) 削除/引用
No.3796-10 - 2011/01/25 (火) 00:58:35 - No.3796-8
A←→A'
↑ ↑
↓ ↓
B←→B'
という視点で見ていたことが1点目。平均値の平均値にについて差を考えるため、中心極限定理的に正規分布に近くなりそうだなと感じた点が2点目。パラメトリックな指標(だと私は見積もっているのですが)にはパラメトリックな検定を、という信念を持っていることが3点目。この3点から二元配置分散分析かなと思いました。
 私の印象では二元配置分散分析は"treat1の±、treat2の±"という試験のときに使うもので、確かに仰るようにタイムコース試験(時間を±で決められない)の一環と考えると二元配置分散分析は使えないと思います。"9ヶ月"というのが意味ある時間でタイムポイントが増える可能性がなければ二元配置分散分析もありかと思いますが、ちょっと確信は持てません。

(無題) 削除/引用
No.3796-9 - 2011/01/24 (月) 19:17:17 - mom-a
>遅レスですが、普通は二元配置分散分析でないのですか?

測定時点が2点ですから、二元配置分散分析で交互作用が有意かどうかみればOKということですね…なるほど。
交互作用をみる、というのがなかなかピンとこないところなのでしょう。

あと、測定時点が多くなった場合、どこで有意差があるか…というのをみたいとなると、交互作用項だけみても駄目になるので、そういう点で応用が効かなさそうなところがちょっと気になりますけど。今そんなことを気にする必要はないですかね。

(無題) 削除/引用
No.3796-8 - 2011/01/19 (水) 21:24:53 - ^
遅レスですが、普通は二元配置分散分析でないのですか?

(無題) 削除/引用
No.3796-7 - 2011/01/12 (水) 13:47:13 - 橘
私も無作為化検定(並び替え検定, permutation test)がベストだと思います。

『生物学を学ぶ人のための統計のはなし 〜きみにも出せる有意差〜』
を見て下さい。
p165 第8章 無作為化検定
のところです。

(無題) 削除/引用
No.3796-6 - 2011/01/12 (水) 11:59:55 - mom-a
検定手法そのものを考える前に、何と何を比較するか、というところからして結構厄介なような気がします。

1.a⇒b、c⇒dがどちらか片方が変化なし、どちらか片方が変化あり、ということを予測していて、それを証明したいのでしたら、a対b、c対dの検定でいけそうな気がします。

が、両方とも減少していて、減少率の差をみたいということのようなので、これでは駄目そうです。

2.a vs c、b vs dを比べる案ですが、私の能力では上手く説明できないですが、ちょっと難しい気がします…aとcがほぼ等しい場合はあまり異議が出ないと思いますが。
「a vs cが有意差有り、b vs dが有意差なし」の場合、単にb、dのバラつきが大きかったために有意差がつかなかったとすると、『減少率に差がある』とは言い難いと思います。このあたりはグラフで確認、という手もなくはないと思いますが。

3.マウスA、マウスBそれぞれ3ヶ月の平均値を100%として、12ヶ月について個々の値が何%になるかを算出した上でA群とB群で検定する。
この場合も、aとcの値が著しく異なる場合、それぞれを100%として良いのか?という問題はあると思います。極論すれば、10個⇒8個と1000個⇒800個は同じか?ということです。

1〜3の場合の検定法としては、それぞれ別の個体を使っているということですので、個々の検定はパラメトリックであればStudentのt検定、ノンパラメトリックであれば(一般的には)Mann-WhitneyのU検定になると思いますが、検定を複数回やる場合には、多重性の調整が必要になると思います。この場合ですと、Bonferroniで補正することになるでしょうか…。
並べ替え検定(permutation test)を使うには「ランダム・サンプリング」が絶対条件と聞いたことがあります(まぁ、他の検定でも同様のものは多いのですが)。臨床試験であればそのあたりがきちんとしていると思いますが、動物実験レベルでこのへんをどのように考えて利用されているのか、私は情報を持ち合わせていません。そこまで突っ込む人はあまりいなさそうは気はしますが、ヒトと違ったことをやると目に着くという可能性もなきにしもあらず、かもしれませんので何ともいえません。

状況によっては、No.3796-3でActiasさんが示されているような代替議論に持ち込む方が良い場合もあると思います。

(無題) 削除/引用
No.3796-5 - 2011/01/12 (水) 11:25:47 - ンンノ
並べ替え検定をしてみたらどういうp値になりますか。

http://oku.edu.mie-u.ac.jp/~okumura/stat/excel-resample.html

(無題) 削除/引用
No.3796-4 - 2011/01/12 (水) 01:50:55 - TS
ちょっと自信はありません。

各々の3か月齢の平均値を算出する。それを基準として、12か月齢の各個体の数値との差を計算する。
その差は、個体ごとにデータが出るので、マウスAとBでT-testをする、というのはだめなのでしょうか?
あるいは、%でのお話をされているので、3か月齢の平均値を100%として、増減率を各個体ごとに算出して、同じように検定する、とか。

統計にすごく詳しい方ではないですが、ダメではないような気がします。
統計に詳しい方がコメントしてくれると助かります。

(無題) 削除/引用
No.3796-3 - 2011/01/11 (火) 22:17:20 - Actias
統計的方法は良くわかりませんが、

acが有意差なし
bdが有意差あり
なら、有意差有じゃないの?
また、
acが有意差あり
bdが有意差なし
なら、有意差有じゃないの?
ただし、「減少」については、この場合は検証してませんので、推論ですが。

検定とは違う観点ですが、

Aを正常とした場合、
3ヶ月齢から12ヶ月齢でBが異常値から正常値に戻った
3ヶ月齢から12ヶ月齢でBが正常値から異常値になった
3ヶ月齢も12ヶ月齢もBは異常値
のどれ?
変化の差を議論するのが難しかったら、上記での代替議論も可能性あります?

同一でない個体の前後差の検定 削除/引用
No.3796-2 - 2011/01/11 (火) 04:21:08 - Tet-M

同一でない個体の前後差の検定 削除/引用
No.3796-1 - 2011/01/11 (火) 04:00:57 - Tet-M
検定について質問です。

異なる2種類のマウスの神経細胞の数を、2つの年齢で調べた場合の検定について教えてください。

神経細胞を数えるためにマウスはそれぞれの時点で解剖したので、はじめと終わりで使用したマウスは同一ではありません(関連なし)。

すなわち、マウスA は3ヶ月齢では (n=20)、平均a個の神経細胞があり、12ヶ月齢(n=20)では平均b個の神経細胞がある。一方マウスBは3ヶ月齢(n=20)では、平均c個の神経細胞があり、12ヶ月齢(n=20)では平均d個の神経細胞がある。

そして、マウスAの9ヶ月間における変化(a→b)と、マウスBの9ヶ月間における変化(c→d)に有意差があるかどうかを検定したい場合、どのような検定を行ったらよいのでしょうか(例えばマウスAでは20%減少しているが、マウスBでは25%減少していて、この減少率には優位差があるかどうか)。

繰り返しになりますが、マウスはそのたびに解剖しているので3ヶ月と12ヶ月の時点で細胞のカウントに使ったマウスは別個体のマウスであり、同一のマウスの前後を比較したものではありません。

よろしくお願いします。

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