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(無題) 削除/引用 No.3785-7 - 2011/01/09 (日) 18:32:59 - tama 8ビットでも問題ないですよ。階調数が違うだけで、そこまで精密な定量しても生物試料の観察ではあんまり意味がなく、無駄にデータ量が増えるだけじゃないですかね。ImageJで開いたときに赤になっていてもLUTの違いだけで意味はないので、8ビットであることを確認して（なってなければ8ビットにして）定量すればいいです。

(無題) 削除/引用 No.3785-6 - 2011/01/08 (土) 10:22:06 - ぽすどく >ライカのコンフォーカルを使ったことがないのですが、8bitではなく、12bit（16bit）でセーブ出来るのではないでしょうか？ 　おっしゃるとおりで、８ビットか１２ビットかを選択できるのですが、８ビットを選択してしまいました。

(無題) 削除/引用 No.3785-5 - 2011/01/08 (土) 09:34:16 - w ライカのコンフォーカルを使ったことがないのですが、8bitではなく、12bit（16bit）でセーブ出来るのではないでしょうか？ SP2は12bitでスキャンしていると思います。比較解析するのなら、データは大きい方がよろしいです。 ImageJで（Image>ShowInfo）を実行すると、簡単な画像情報が出力されます。 おそらく各チャンネルのシグナルを0-4095(12bit)か0-255(8bit）にキャストしてセーブしているだけだと思うのですが、そこのところは、メーカーに聞くのが一番です。電話でもメールでも、すぐに答えてくれますよ。 12bitデータのTIFFは、ImageJであれば、16bitファイルとして読み込みます。最近のPhotoshopで読めるのか知りませんが、読めないもしくは処理できないので、8bitに落として、セーブしている可能性が高いのかなと思います。

(無題) 削除/引用 No.3785-4 - 2011/01/08 (土) 00:47:27 - ぽすどく 　返信ありがとうございます。 >>これは、グレースケールで取り込んだものに顕微鏡付属のソフトが擬似カラーをつけているということと理解しています。 >そうかもしれないし、そうでないかもしれません。普通はモノクロカメラならそのままグレースケールの画像で取り込みそうなものですが。 　こう理解したのは、この顕微鏡付属ソフトウェアの使い方の解説をネット上（チューリッヒ大学のウェブサイト）で拾ったのですが、そこにそのような記述があったためです。つまり、「グレースケールイメージの画像にソフトがインデックスカラー（pseudocolor)を割り当てる」というような記述です。 　今回の私の実験は単色（赤色のみ）ですので、ソフトが余計なことをせずに、グレーのままにしていてくれれば簡単なのですが、どうもそういうことができないようなのです。取り込んだグレースケールには、赤だけでなく、いろいろな色を「Select LUT」と書かれたリストから割り当てられます。そのリストの中にグレーもあるのですが、これはグレースケールに擬似カラーでグレーをつけているのではないかとも考えられまして。（こんな細かな部分まで解説したマニュアルがあるのかなあ・・・） >顕微鏡から取り込んだオリジナルの画像（TIFF)は は、どこのメーカーの顕微鏡でしょうか？メーカーに直接聞くのがよろしいです。 　Leicaの共焦点（TCS SP2）です。 >この写真（見た目は単色で赤）は、ImageJで見た目が赤ですか？？ ImageJでは、どんなフォーマットとして読み込まれているのでしょうか？ 　はい、見た目が赤です。Image J初心者なのでよくわからないのですが、Image→Typeと見ていくと、8-bitにチェックが付いています。ほかに8-bit colorというものもリスト中にあるのですが、そちらにはチェックが入っていません。 　ちなみに、これがインデックスカラーだと判断した別のひとつの理由は、このファイルをPhotoshopで開いたときに、RGBカラーではなく、インデックスカラーにチェックが入っていたことです。

(無題) 削除/引用 No.3785-3 - 2011/01/07 (金) 20:32:23 - w >顕微鏡から取り込んだオリジナルの画像（TIFF)は は、どこのメーカーの顕微鏡でしょうか？ メーカーに直接聞くのがよろしいです。 >この写真（見た目は単色で赤） は、ImageJで見た目が赤ですか？？ ImageJでは、どんなフォーマットとして読み込まれているのでしょうか？ ＞蛍光免疫組織染色後にImage Jで蛍光のIntensityを定量し、２群を比較します。 これがなかなか難しいような気がします。

(無題) 削除/引用 No.3785-2 - 2011/01/07 (金) 11:08:33 - Ｔ 「インデックスカラー」がどういうものかについては、ググればすぐわかります。 色テーブルは自由に定義できるので、見た目の濃さがそのままシグナルの強さに比例するとは限りません。例えばレインボーカラーのテーブルを使って、色の違いでシグナルの強さを表現している場合もあります。 そのまま解析できるかどうかは、取り込みソフトがどういうテーブルを使って画像をインデックス化してるかによるので、これだけの情報では何とも言えません。 > これは、グレースケールで取り込んだものに顕微鏡付属のソフトが擬似カラーをつけているということと理解しています。 そうかもしれないし、そうでないかもしれません。普通はモノクロカメラならそのままグレースケールの画像で取り込みそうなものですが。

Image Jによる定量 削除/引用 No.3785-1 - 2011/01/07 (金) 07:33:03 - ぽすどく 　蛍光免疫組織染色後にImage Jで蛍光のIntensityを定量し、２群を比較します。それに関して、Image Jの使い方について、質問があります。 　顕微鏡から取り込んだオリジナルの画像（TIFF)は、グレースケールでもなく、RGBカラーでもなく、（Photoshopによると）「インデックスカラー」というモード（？）のようです。これは、グレースケールで取り込んだものに顕微鏡付属のソフトが擬似カラーをつけているということと理解しています。 　この写真（見た目は単色で赤）をそのままImage Jで定量にかけてよいものでしょうか？同僚が、Image Jはグレースケール（見た目もグレー）の写真しか解析できないと言うのですが。 　ご存知の方がいたら、ご教授いただけますでしょうか。

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