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スマイリング防止;DNAアクリルアミド電気泳動 トピック削除
No.3784-TOPIC - 2011/01/07 (金) 05:38:11 - なり
制限酵素で切ったDNAサンプルを10%アクリルアミドで流していますが、バンドがスマイリングしちゃって、何とかしたいと思っています。
改善策等ご存知でしたら、アドバイスお願いします。

目的のDNAは150bp程度で、各レーンに5マイクロリットルずつアプライしています。wellのボリュームに対してそれほど5マイクロはそれほど多くないので、ボリュームは問題ではないと思っています。ちなみにDNAのサイズマーカーもスマイリングしています。 
bufferは1xTBEで、最初の1時間くらいは50Vで流しています。
 
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結果報告 削除/引用
No.3784-4 - 2011/01/07 (金) 22:31:05 - なり
ショ糖ベースのLoading buffer (界面活性剤なし)に変えたところ、
スマイリングなしのシャープなバンドを得ることができました。
AP様、再度ありがとうございます。勉強になりました。

(無題) 削除/引用
No.3784-3 - 2011/01/07 (金) 18:03:00 - なり
AP様、
コメントありがとうございます。AP様のコメントをもとに、ネットで検索してみると、どうやらGlycerolとTBEの組み合わせでスマイリングが起きることがあるという記事をみました。SucroseのLoading dyeを使ってTryしてみようと思います。
結果は後ほどご報告しようと思います。

ありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.3784-2 - 2011/01/07 (金) 13:17:22 - AP
こんな感じにのバンドになるんでしょう 
】 (泳動方向→ )

ウェルの壁を伝うようにサンプルが上方向にスメアになり、そこだけサンプルがビルドアップするのが原因だと思います。
バーティカルスラブゲルだと】みたいな感じに見えるし、ホリゾンタルゲルだと各バンドの両端のサンプル量が多くなるため太くなって、ダンベル型のバンドに見えたりします(特にブロットしたとき)。

ひとつには、サンプルの粘性が高い、表面張力が高いため、メニスカスが大きくなるためではないかと思います。ローディングバッファーを粘性の高いグリセロールやフィコールではなく、ショ糖ベースのものに変えてみてはいかがでしょう。さらに界面活性剤の添加も効果があるかもしれません。

スマイリング防止;DNAアクリルアミド電気泳動 削除/引用
No.3784-1 - 2011/01/07 (金) 05:38:11 - なり
制限酵素で切ったDNAサンプルを10%アクリルアミドで流していますが、バンドがスマイリングしちゃって、何とかしたいと思っています。
改善策等ご存知でしたら、アドバイスお願いします。

目的のDNAは150bp程度で、各レーンに5マイクロリットルずつアプライしています。wellのボリュームに対してそれほど5マイクロはそれほど多くないので、ボリュームは問題ではないと思っています。ちなみにDNAのサイズマーカーもスマイリングしています。 
bufferは1xTBEで、最初の1時間くらいは50Vで流しています。

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