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節約なら 削除/引用 No.3779-15 - 2011/01/07 (金) 23:54:21 - taca IDT社は27円/merでダントツに安いです。 但し、納期は空輸されるため約1週間後、3,000円以上の注文でないと3,000円になります。 これまでかなり注文してますが、エラーは1，2回でした。 最安値はなんと18円/mer(プレートでのまとめての注文)。 米国留学先で普通に注文していましたが、帰国後オリゴがえらく高額に感じていましたが、日本でもMBLを介して注文が可能になり、重宝しています。 本当は国産に頑張ってほしいのですが、安いので仕方ないですけど。

(無題) 削除/引用 No.3779-14 - 2011/01/07 (金) 09:13:03 - ゆうちゃん ファス．．．社の乾燥品オリゴを使ったことがありますが、たまに（ランダムに）well底が白くなってました。問い合わせたところ、自作のカラムのせいのようで、白いのは塩と言われたことがあります。不安であったので、しばらく使ってませんが。。。皆さん上手くいっているようですので、問題にはならないと思いますが。。

(無題) 削除/引用 No.3779-13 - 2011/01/06 (木) 22:44:30 - ami ファスマルク使ってますけど、ぼちぼちエラー入る印象です。シーケンス読むとときどき１塩基足りない･･･まぁ品質にそう不満はないですけど･･･

(無題) 削除/引用 No.3779-12 - 2011/01/06 (木) 21:47:36 - yosshy ンンノ様 ご回答ありがとうございます。 >DNA合成は今時では価格競争が厳しいので、ご自身で書かれてるような品質管理 >とトレードオフの関係にあるのはしょうがないですね。 まさにご指摘の通りで、安くしなければならないぶん品質管理が甘くなる（装置のメンテナンス頻度を下げる等）ために、昔はそこそこ良かった会社でも品質が低下しているような印象があります。 I社も昔はけっこう愛用していた時期があるのですが、今はかえって品質が低下している気がします。 そうなると、これまでの自分の経験に基づく蓄積がゆらいでしまいあてにならなくなるので、このフォーラムで最新の情報をお尋ねしてみようと思い立った訳です。 これだけ複数の方が共通に推薦してくださるということは、ファス．．．社はどうやらかなり期待できそうですね。試してみます。 情報ありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.3779-11 - 2011/01/06 (木) 20:16:36 - ンンノ DNA合成は今時では価格競争が厳しいので、ご自身で書かれてるような品質管理 とトレードオフの関係にあるのはしょうがないですね。 そこら辺を見切れる経験がオリゴハウスの能力のひとつなんでしょうね。 ファス．．．社は私も使ってますが、安い割にはいいと思います。 ２０塩基程度のしか頼んだことはありませんが、２００セットくらいのプラ イマーセットのうち、品質の問題でPCRがかからなかったのは１％くらい だと思います。 ロットによって多少はバラツキがあるようですけど。

(無題) 削除/引用 No.3779-10 - 2011/01/06 (木) 19:57:54 - yosshy mAb様 情報ありがとうございました。 「ないに等しい」というのは、現在の辛い状況とは比べ物になりませんので、早速試してみたいと思います。ファスマッ○は、他の方もあげておられましたが、まだ試したことがありませんでした。 ありがとうございました。 >回し者ではないですが、ファスマッ○を重宝してます。 >60bp程度のprimerを複数委託しましたが、primer内部のエラーは無いに等しいです。精製も通常の>カラム処理のみです。 >一度試されてはいかがでしょうか。

(無題) 削除/引用 No.3779-9 - 2011/01/06 (木) 19:48:57 - yosshy すいません。ご回答いただいたお礼にもう一つだけ補足を。 >変異の入る率が一残基当たり例えば2%であったとすると 「例えば」とことわっておられるので、あくまでも参考にですが これはちょっと頻度が高すぎではないかと思います。 通常の合成方法であれば、だいたい１％を少し切るぐらいが一般的 なエラー頻度ではなかったかと思います。 もっとも自分で作らなくなってもうずいぶんたちますので、 あまり記憶があてにならない上に、装置の性能の向上もあるでしょう から、現行の方法ではどのくらいのエラー頻度なのかは、正確には わかりませんが。

(無題) 削除/引用 No.3779-8 - 2011/01/06 (木) 19:43:58 - mAb 回し者ではないですが、ファスマッ○を重宝してます。 60bp程度のprimerを複数委託しましたが、primer内部のエラーは無いに等しいです。精製も通常のカラム処理のみです。 一度試されてはいかがでしょうか。

(無題) 削除/引用 No.3779-7 - 2011/01/06 (木) 19:34:30 - yosshy 最初の質問が、少し説明不足でしたので反省して補足しておきますと、 どのメーカーでも基本的なことはやっているハズ（？）ですので、 それにもかかわらず信頼度にバラつきがでる原因として想定していたのは、 その昔、自分で合成〜精製を行っていたときの経験から １）合成に使っている装置のメーカーの違い ２）装置のメンテナンス頻度や方法の違い ３）ご指摘があったようにアミダイト試薬は極めて湿気に弱いので、そうした管理や扱いの丁寧さの微妙な違い ４）精製操作の正確さ などです。 こうした要因は一般的な表向きの情報からは伺い知ることが難しいですが、あきらかに できてくるオリゴの精度には違いが出ますので、そうしたメーカー間の違いについての 経験値的な情報の蓄積をご存知の方がおられたら、参考にさせていただきたい、という 趣旨でした。 言葉足らずで失礼いたしました。 またお忙しいなかご回答いただき、ありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.3779-6 - 2011/01/06 (木) 19:08:54 - yosshy 回答ありがとうございます。 >比較対照となっているH社のオリゴというのが通常のPCRプライマーに使う程度の短いものばかりである、ということならアンフェアです。 これはまったく逆で、H社ではもっと長いものばかりを作っています。 ただ、値段が安いのでI社にしたところ、少なくとも60merでクローンを拾っても拾っても当たりがでない、という状況で使い物にならなかったので、「安くてかつしっかり作れる」あるいは「同じコストでしっかり作れる」のがどこなのかを知りたい訳です。Gが連続すると収率が落ちるのはよく知られていますが、もちろん今回気になった配列にはそうした偏りはありません。 今回投稿したのは、極めて当たり前な話ですが、同じ長さで同じ精製方法（とうたわれている）ものであっても会社間で差がありそうなので、参考になるような情報がないかとふと思ったからです。60merの場合はどこのメーカーもそれなりの精製方法をとっていますから、それでも明らかな会社間での信頼度の違いがありそうなので、投稿してみた、という次第です。 ただ、やはりそこまでの情報源はなさそうですね。 結局地道に色んなメーカーを試してみて、自分で経験値を積むしかなさそうですね。 どうもありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.3779-5 - 2011/01/06 (木) 17:06:57 - おお 精製方法もキーポイントだと思いますが、会社によってはマスで確認していてデーターシートをつけるところもありますよね。きいた話ですがgが4つ以上とか続くと合成しにくいので、変更してくれないかという会社もあるようです。もちろん必要なら作ってくれるみたいですが、ちゃんとしたものを精製すると収量が悪く時間がかかる可能性があるようです。 あふぃめとのチップは20まー位のオリゴでアレイを作ってますがやはりながいと正しい配列のオリゴが減ってくるのでそのくらいにしたらしいです。

(無題) 削除/引用 No.3779-4 - 2011/01/06 (木) 14:49:03 - AP 20数塩基程度の合成オリゴDNAなら、errorがほとんどない、あっても目立たないというのは当たり前で、60merくらい長鎖の場合だとerrorを持つ分子が増えて、無傷のものが減ってくるというのは、合成の原理上あたりまえだと思います。 なので、 >例えば某H社はかなり信頼できるオリゴが届きますが、I社では60merを合成したら変異が入っているクローンのほうが多い有様でした。 比較対照となっているH社のオリゴというのが通常のPCRプライマーに使う程度の短いものばかりである、ということならアンフェアです。 原理上、合成中のerrorはどの会社であろうと、ある程度、不可避です。 errorのない合成DNAがほしければ、合成後の精製処理をけちらず、HPLCやPAGE精製をオーダーすべきです。鎖長や分子量が正しいものを分取するので、errorを排除できます（歩止まりが落ちるので合成スケールも大きくしなければなりません）。

(無題) 削除/引用 No.3779-3 - 2011/01/06 (木) 14:33:28 - 中年 いつも同じ会社を使っていても変異の数にはバラツキがあって、合成試薬が開封直後であるとか、そういうロット毎の違いが大きい印象があります。 また、変異の入る率が一残基当たり例えば2%であったとすると、20merだと変異を持たないものの割合が67%であるのに対し、60merだとそれが30%にまで低下する計算になりますから、長さが大いに効いてくるものであることは意識すべきだと思います。

(無題) 削除/引用 No.3779-2 - 2011/01/06 (木) 14:02:49 - Pumpkin 私はFASMACの合成オリゴを使っていますが、20数塩基程度のPCR用のプライマーを用いているクローニングでは、シークエンスしてもプライマー部分に合成ミスが見られたことはいままでありませんね。精製はカラム精製です。ただ、頻度的には合成ミスがあっても不思議ではないと思います。 どこの会社でもそうですが、そういうミスをなくしたいのであれば（実験的に要求されるのであれば）、オリゴの精製度を上げるしか手が無いと思います。

合成オリゴの作り損ない 削除/引用 No.3779-1 - 2011/01/06 (木) 13:46:43 - yosshy オリゴDNAの合成を扱っている会社はそれこそたくさんありますが、合成中に変異が入ってしまう頻度が会社によってかなり異なるような印象があります。 例えば某H社はかなり信頼できるオリゴが届きますが、I社では60merを合成したら変異が入っているクローンのほうが多い有様でした。 そこで、オリゴDNA合成に関して、どの会社がどのくらい正確なものを合成できるか？　についての信頼度の比較や指標のような情報はどこかにあるでしょうか？　もちろん表立って公開はされていないとは思いますが、、、、。

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