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(無題) 削除/引用 No.3731-2 - 2010/12/27 (月) 08:34:29 - Actias 仰るとおりです。 お好きにどうぞ。 っていうのが、返事です。 仰るとおり、アセチル化量が（あるいは総何とか量あたりの比率が）「変化すると見えた」場合、その場所のアセチル化量は確かに変化しているでしょうが、 その場所の全ヒストンあたりのアセチル化比率の変化、 その場所の全ヒストン量の変化（アセチル化比率は変化無し）、 ともに「変化」みえます。 では、技術的にどこまで迫ることができるか？ その場所のヒストン量で補正するやり方を考えてみて、それが自分でできる範囲か否か。 やるかどうかは、お好きにどうぞ。 別の方法で傍証をとるのも手かも。 ヌクレアーゼのセンシティビティーで見せるとか。 論文は、すぐには出てきませんが、仰る観点できちっとおさえている論文はあると思います。

ChIP asayにおけるtotal histoneの検定の必要性 削除/引用 No.3731-1 - 2010/12/26 (日) 11:09:56 - ii ChIP assayでhistone acetylationやmethylationの検定を行っています。以前にも同じようなトピックあったので恐縮なのですが、あるpromoterのアセチル化やメチル化を検定する場合、単に抗acetyl hisotne抗体の免疫沈降DNAのみで多小を比べてよいのでしょうか？ もし、その領域のクロマチンが過度に弛緩し、そこにしめるヒストン蛋白自体の量が少なくなってしまった場足、アセチルhistoneでの免疫沈降量も減少し「低アセチル化＝クロマチン構造の凝縮」と解釈してしまいます。ですので、total histone量（例えばpan histoneH3やH1抗体での免疫沈降DNA量）で補正などしないといけないのでは？とも思っています。ChIPをされている方は、このような疑問をおもちではないでしょうか？ また論文をみましても、あまりこのような補正を行っているものがみあたりません。あまりコンセンサスがえられていない解釈なのでしょうか？このような論文ご存知でしたら教えていただけませんでしょうか？

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