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試してないので合ってるかどうかわかりませんが 削除/引用 No.3634-7 - 2010/12/08 (水) 00:21:08 - キレネンコ 遺伝子のリストがallgenes.txtとspecificgenes.txtとすると、unixのコマンドラインから % cat allgenes.txt specificgenes.txt | sort | uniq -d > intersection.txt などとやれば積集合の遺伝子リストが得られるはずですね。 あとは % cat specificgenes.txt intersection.txt | sort | uniq -u とやればallgenes.txtには含まれずspecificgenes.txtにのみ含まれる遺伝子のリストが得られるはずです。一行で済ますもっとエレガントな方法もありそうですが、すぐ思いつくのはこんな感じで。 改行コードに注意しましょう。

(無題) 削除/引用 No.3634-6 - 2010/12/07 (火) 16:45:16 - あと3日で３０台 ~さんサンクス、Tさんも。 さすがに７００回はきついと思ったので、今後も考えて。 追記ですが、blastとclustalWだけだと猛烈に追い上げている 中国人にすら勝てませんので、いろいろアルゴリズム等も含めて 勉強中です。数学とプログラミングが難しいです。

スクリプトは分かりませんがエクセルで単純に 削除/引用 No.3634-5 - 2010/12/07 (火) 15:39:49 - ~ 700個の遺伝子と同じ名前の遺伝子が5万個のデータベース中にあるかどうかを分かればいいのでしょうか。 データベースと読んでいるのですから、各遺伝子名の抽出位はできるものなのですよね。 エクセルが65536行、256列まで対応しているので、 シートを3枚用意して、 両方のシートの列Aの2行目からに縦に50,000個の遺伝子名を並べて、 3枚のシートの一行目の列B以降に横に700個の遺伝子名を並べて、 =$A2=B$1 (B2セルに書き込んだ後、A列、1行目以外にペースト) のようにそれぞれの遺伝子が等しいかを比較して、 TRUEになったものが、700個と5万個に共通してある遺伝子です。 数さえ分かればいいのであれば、 =if($A2=B$1,1,0) のようにすれば、同じ場合に1になるので、 sumで合計数を求めれば、TRUEの数が分かります。

(無題) 削除/引用 No.3634-4 - 2010/12/07 (火) 15:16:36 - Ｔ > もっと詳しく と言われても、データベースの詳細などが分からないとどうしようもないですが… 流れとしては、 ・データーベースから遺伝子の名前だけを取り出してリストを作る。 ・機能遺伝子１について、リストの中に含まれているかどうか検索する ・上の処理を７００回繰り返す。 だけの事です。

もっと詳しく 削除/引用 No.3634-3 - 2010/12/07 (火) 14:47:18 - あと3日で３０台 お願いします。みんなblast-clustralwばっかりの解説しかないので。

(無題) 削除/引用 No.3634-2 - 2010/12/07 (火) 14:32:23 - Ｔ 簡単なスクリプトでできそうです。

多数遺伝子の名前同士の比較（バイオインフォマティクス） 削除/引用 No.3634-1 - 2010/12/07 (火) 14:07:37 - あと3日で３０台 例えば全遺伝子５００００VS特定の機能の遺伝子７００ などの場合、遺伝子の名前だけを比較するにはどうすればいいでしょうか？ いわゆるベン図を作成したいと思っています。 データベースの整備が不十分で全遺伝子５００００には漏れが あるようです。

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