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Primer濃度、サンプルの違い トピック削除
No.363-TOPIC - 2009/04/21 (火) 11:00:35 - YT
以前ラボにいた人が行っていたプロトコールでgenotypingを行って、これまで問題なくバンドが出ていたのですが、最近突然全くバンドが出なくなりました。以前よりそのプロトコールのPrimer濃度が1000μMと非常に高濃度だと思っていたので、再び条件検討をし、濃度を下げたところ、バンドが出ました。高濃度とバンドが出なくなる原因は何なのでしょうか。
また、サンプルによってバンドの出具合の違いはあるのでしょうか(例えば、しっぽと耳、first cutのしっぽとsecond cutのしっぽなど)。
お忙しいところ申し訳ございませんが、ご教授していただければ幸いです。
 
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(無題) 削除/引用
No.363-2 - 2009/04/21 (火) 11:57:23 - おお
濃度が高くてバンドが出ないってあるかもしれませんが、
いぜんそのプロトコールでかかってたンでしょう?
濃度が原因でかからなかったのですか?

プライマーの濃度が高いとノンスペとか心配になりますけどね。
あと強いていえばアニーリングしてないプライマーにも酵素が
くっつくため、酵素の効率が悪くなるのかもしれません。

サンプリングするばしょの良しあしはあるかもしれませんが、
それよりも調製の仕方の要因のほうが大きいと思います。
きっとだれも厳密に同じ条件で調製して比べてないと思えますので
いろんな答えが帰ってくるかもしれません。
逆にいうとDNAの調製が一定以上の基準を満たしていればどれも
一緒でしょうね。

Primer濃度、サンプルの違い 削除/引用
No.363-1 - 2009/04/21 (火) 11:00:35 - YT
以前ラボにいた人が行っていたプロトコールでgenotypingを行って、これまで問題なくバンドが出ていたのですが、最近突然全くバンドが出なくなりました。以前よりそのプロトコールのPrimer濃度が1000μMと非常に高濃度だと思っていたので、再び条件検討をし、濃度を下げたところ、バンドが出ました。高濃度とバンドが出なくなる原因は何なのでしょうか。
また、サンプルによってバンドの出具合の違いはあるのでしょうか(例えば、しっぽと耳、first cutのしっぽとsecond cutのしっぽなど)。
お忙しいところ申し訳ございませんが、ご教授していただければ幸いです。

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