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(無題) 削除/引用 No.3606-6 - 2010/12/04 (土) 10:38:34 - れとろ >あるタンパクがある脂質に結合するのを見つけたのですが、他のタンパクとは結合しないという実験を計画しています。 >なんでも良いからやってみたいのですが、何をコントロールにとろうか迷っています。 何でも良いってのが逆に難しくて。。 逆に、BSA等のタンパク質をその反応系に加えても、その脂質とhisタグ蛋白の結合が見られるのを示すのも手かと。さらにhis tagの付いていない別のタグorタグ無し蛋白を過剰量その反応系に加えると、あなたのhisタグ蛋白と脂質との結合がcompetitiveにinhibitされるかを確認するのも特異性をみる実験では手かと。

(無題) 削除/引用 No.3606-5 - 2010/12/03 (金) 18:47:26 - A ネガティブコントロールがひとつである必要はありませんから 異なった性質を持った蛋白質（酵素、DNA結合蛋白質など）を 複数選んでみては？そうすればその蛋白質が脂質に対する 結合性を有することをより確実に示すことができると思います （Biacoreかなにかで定量的に確認されるのですか？）。 もちろん予算的に問題なければですが。 あとHis付きの蛋白質は良く使われますから周りや知り合いの 研究室に事情を話して供与を依頼することもできるのでは？

(無題) 削除/引用 No.3606-4 - 2010/12/02 (木) 02:53:25 - ATGC これ脂肪酸が共有結合する方？パルミトイル化みたいなやつとか？、それとも単に非共有結合で相互作用するとかそいうい方？前者なら酵素的だとおもうのでそれなりに特異的とおもうけど、もし後者だとそんなに厳密な特異性ってあるのかな？特にin vitroで。蛋白質側にあるていど疎水的なモチーフとかあるとin vitro実験だとけっこういろいろくっついたりすんじゃないかな。分かんないけど。だから結合しない蛋白質をえらんできてそれをコントロールとして示しても、『だからこの脂質は私のみつけたこの蛋白質としか結合しません。』みたく言えるのかな、つまり『それは結合しなくてももし他のやつでやったらどうよ？わかんないじゃん』みたく学会とかでいわれたら、ええそうですよねえ---、みたくなるんじゃないかといまちょっとおもった。ただこれやりだすともうきりがないので、むしろ例えば、アルブミンとかリポ蛋白質のアポ蛋白質とか本来脂質と結合するやつをコントロールとしてやってそういうのと比べても、この脂質との結合能はやっぱあたしの今回見つけた蛋白質のほうが高いんですよ、みたいなそういう実験データのほうが、説得力あるんじゃないかなとかも思った。

(無題) 削除/引用 No.3606-3 - 2010/12/02 (木) 01:59:48 - おお 経験はないのですが、比較的使えそうと勝手に思っているのは LacZとかチューブリン、アクチン、ヒストンみたいなたんぱく質が思いつきますが。 つかないというネガティブコントロールとしてあなたのタンパク質を熱変性とかしてみるのもてかもしれません。

(無題) 削除/引用 No.3606-2 - 2010/12/01 (水) 21:00:48 - yyy 実験の系はどういうものなんでしょうか？ タンパクとの結合を否定する必要があるというのは、細胞表面への結合で評価してるからなのでしょうか？

コントロールのタンパク探し 削除/引用 No.3606-1 - 2010/12/01 (水) 17:14:05 - Protein 現在、タンパク-脂質の結合能を評価しています。 あるタンパクがある脂質に結合するのを見つけたのですが、他のタンパクとは結合しないという実験を計画しています。 なんでも良いからやってみたいのですが、何をコントロールにとろうか迷っています。 何でも良いってのが逆に難しくて。。 このような実験をされたことがある方、アドバイスお願いします。 ちなみに、Hisタグタンパクを使ってますので、コントロールにもHisタグのついたものを使用予定です。 また、そのコントロールのHisタグタンパクも市販されていて、手に入り安いものが良いです。

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