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(無題) 削除/引用 No.3442-7 - 2010/10/30 (土) 21:30:17 - nyamo UC様 回答ありがとうございます。 > >TC繰り返し配列があることに特に意味は無いと理解してもよろしいのでしょうか？ > > ぼくは、逆に意味があると思いますけどね。ある疾患の表現型とイントロンに介在するマイクロサテライトの長さが相関しているなんて報告は、探したら見つかるんじゃないでしょうか。そういうのも含めて「ゲノム解析」するのが楽しいのではと思います。 了解しました。 イントロンのマイクロサテライトと疾病について興味を持ちました。 遺伝子は奥が深いですね。 早速調べてみます！ 今日はとても良い勉強になりました。 本当にありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.3442-6 - 2010/10/30 (土) 20:44:37 - UC >TC繰り返し配列があることに特に意味は無いと理解してもよろしいのでしょうか？ ぼくは、逆に意味があると思いますけどね。ある疾患の表現型とイントロンに介在するマイクロサテライトの長さが相関しているなんて報告は、探したら見つかるんじゃないでしょうか。そういうのも含めて「ゲノム解析」するのが楽しいのではと思います。

御礼 削除/引用 No.3442-5 - 2010/10/30 (土) 20:00:48 - nyamo UC様 アドバイスありがとうございます。 「マイクロサテライト」をググってみました。 マイクロサテライト(microsatellite)は、細胞核やオルガネラのゲノム上に存在する反復配列で、とくに数塩基の単位配列の繰り返しからなるものである。 縦列型反復配列（short tandem repeat; STR)あるいは単純反復配列(simple sequence repeat; SSR）とも呼ばれる。繰り返し回数が多くなると遺伝子もしくはその産物であるタンパク質が不安定になりやすく、疾患の原因となるものも存在する。 とありました。 繰り返し回数が多くなると遺伝子もしくはその産物であるタンパク質が不安定になりやすく･･･ についてですが、 300bp程のマイクロサテライトがあるのはイントロン領域であり、 翻訳されてタンパクになることは無いので、 タンパクの安定性には関係無く、また、 TC繰り返し配列があることに特に意味は無いと理解してもよろしいのでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.3442-4 - 2010/10/30 (土) 19:10:45 - UC こんにちは。ゲノム解析ということなので、「マイクロサテライト」といった用語は既出とは思いますが、もしご存知でなかったらググッてみると良いかもしれません。

御礼 削除/引用 No.3442-3 - 2010/10/30 (土) 17:17:50 - nyamo AP様 アドバイスありがとうございます。 早速、BLASTのデフォルト設定でlow complexity regionのフィルターを外してやってみました。 「BAC clone」のワードが入ったシーケンスが沢山ヒットしました。 確かに、TCの繰り返しが続くシーケンスは珍しくないようです。 TCの繰り返し配列に深い意味は無いのでしょうか？ とても気になります。

(無題) 削除/引用 No.3442-2 - 2010/10/30 (土) 10:11:04 - AP 別に珍しくないリピートです。 TCのリピートをBLASTにかけてみればいっぱいヒットしますよ。 BLASTのデフォルト設定ではlow complexity regionのフィルターがかかっていて単純なリピートは見ないようになっているので、Algorithm parametersなのなかにあるフィルターのチェックをはずしてやってみてください。

ゲノム解析におけるトラブル 削除/引用 No.3442-1 - 2010/10/30 (土) 07:07:35 - nyamo 某大学の遺伝子を扱う研究室に所属する学生です。 現在ある遺伝子のゲノム解析を行なっているのですが、 イントロン800bp中にTCTCTCTC・・・TCTCTCTCと、 TCが繰り返されている配列が300bp見つかりました。 この遺伝子のイントロンを既に10箇所以上見つけたのですが、 TCの繰り返し配列が300bpも続くものは1つもなく、 ゲノム解析を行なうにあたって何か問題が起きたのかと戸惑っております。 イントロンにTCの繰り返し配列があることは正常なのでしょうか？ また、このTC繰り返し配列は何者なのでしょうか？ どうかご教授、宜しくお願い致します。 補足； このイントロンを挟む前後のエクソン領域に数箇所プライマーを設計し、 それらを用いてクローニングを行ないました。 つまり、このイントロン＋前後のエクソンの入ったプラスミドを数種類用意し、 シーケンスを行ないました。 その結果、どのサンプルにもTC繰り返し配列がありました。 シーケンスの読み間違いでTC繰り返し配列が現れた・・・という可能性は低そうです。

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