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(無題) 削除/引用 No.3404-5 - 2010/10/27 (水) 17:09:39 - tki お二人のおっしゃってることがよく解らなくてちょっと悩みました。 こういうことでしょうか。 最初の質問は 「生のfasta配列の並びを変えてclustalでアライメントを取り直して系統樹を 描かせたら樹形が変わるのは何故ですか？」 clustalのアルゴリズムは旧くて、一発で適切なアライメントが出来ることは まずありません。 必ず目で見てギャップを入れたりサイトをずらしたりして、修正してやらない とまともなアライメントにはなりません。 読み込み順（＝配列の並び方）で得られるアライメント（ギャップの入れ方や サイトの揃え方）が大きく異なるのは容易に想像出来ます。 アライメントが異なれば樹形が同じになるはずがありません。 たとえ「データが同じで作成方法も同じ」であっても、読み込み順が違えば計 算させる度に細部の樹形は異なります。この辺は教科書で勉強してください。 ｛読み込み順が違えば違うデータという意見は理解できません｝ 樹形が変わるから、ブートストラップ確率で樹形のrobustnessを評価します。 適切なアライメントであればBS確率については、ランダマイズのパラメーター を変えて何度計算させても、BS確率の大きい分岐については似たような結果が 再現よく得られます。（当たり前ですが） 再現の悪い（＝BS確率の低い）分岐については議論しても意味はありません。 最初は、同じアライメントでも計算させる度に毎回樹形が変わるのは何故か？ という質問かと思いました。 最近はアライメントを目で見ながら修正することはないのでしょうか？ MAFFTとかの良いアルゴリズムがあるようですし。

Clustalで系統樹はダメ 削除/引用 No.3404-4 - 2010/10/27 (水) 12:01:05 - 橘 Clustalで作成される系統樹はちゃんとしたものではありません。 せめてMEGAくらい使ってください。 他にはPHYLIPとかPAUP*ですが、少し操作が面倒ですね。 それにNJならMEGAがベストだと思います。 あと、データが同じで作成方法も同じなら本来は同じ系統樹ができます。 全然「そういうもの」ではありません。 ブートストラップリサンプリングすればもちろんデータが毎回違いますから系統樹も毎回違います(樹形は同じこともありますが)。 Clustalは系統樹を保存する際に先頭の配列で有根化した系統樹を保存しますので、配列順を変えると根の付け方が変化します。 しかし、系統樹は無根系統樹としてみれば同じもののはずです。 よく見てください。

(無題) 削除/引用 No.3404-3 - 2010/10/25 (月) 17:44:44 - abc ブートストラップの重要性はわかるんですが ファスタの並び方が変わると枝の伸び方もかなり違いがでてきて どの並び方で系統樹を立てたらいいのか 正解が見えません ブートストラップが高くなる枝を任意に選んでいいんでしょうか？ 何かいい工夫はないんでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.3404-2 - 2010/10/24 (日) 22:23:31 - tki そういうものです。 だからブートストラップ確率が大事なんです。

clustalの使い方 削除/引用 No.3404-1 - 2010/10/24 (日) 15:31:31 - abc 系統樹の質問がいろいろあるみたいですが 私も聞かせて貰いいいでしょうか？ clustalx2でアライメントを取って 系統樹を描いているんですが fastaファイルの順序を変えるだけで系統樹が違うのですがやり方が間違っているのでしょうか？

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