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Bisulfite sequence トピック削除
No.338-TOPIC - 2009/04/16 (木) 17:47:36 - R
いつも興味深く拝見しています。

表題のbisulfite sequenceについてですが、
最終的に10クローン位をシーケンスしてメチル化頻度を見るのが標準だと思います。

また、文献を見てもクローンによってメチル化状態が異なっています。

しかし、そもそも何故、クローンによってメチル化状態が異なるのでしょうか?
CpG islandにおけるメチル化状態はモザイク状であることは常識なのでしょうか?

これは、メチル化・脱メチル化酵素の平衡状態のせいでしょうか?
また、CpG islandの中でもメチル化されやすい所、されにくい所があるようにも見えます。

うまく疑問がまとまらないのですが、どなたかご意見ありませんでしょうか。
 
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(無題) 削除/引用
No.338-4 - 2009/04/21 (火) 14:04:39 - ~
メチル化は昔のラボの同期がやっていただけで、私はよく分かりませんが。

>tumor suppressor geneへのmethylationでもpaternal, matenalって関係あるのでしょうか?
http://cancerres.aacrjournals.org/cgi/content/full/63/14/4174
で、
ARHI is a maternally imprinted tumor suppressor gene
と始まっていますので、turemo suppressor geneのmethylationは少なくともmaternalなものはありますよね。

押村先生の研究が知りたい内容なのだと思いますが、違いますかね。
http://www.jst.go.jp/kisoken/crest/report/heisei11/pdf/a-1-11.pdf

(無題) 削除/引用
No.338-3 - 2009/04/21 (火) 09:56:03 - R
~様、ありがとうございました。

imprintingの文献ばかりヒットするのでそれらは外して調べていたのですが、
tumor suppressor geneへのmethylationでもpaternal, matenalって関係あるのでしょうか?

tumorでのmethylationにはimprintingは関係ないと考えてましたけど、そんなことはないないのでしょうか?

私の読んだ文献では、私の疑問に対する文にはrefがついてないのばかりだったので、関心の低いことなのでしょう。

時間ができたら、今度は面倒がらずimprintingの文献も調べてみます。

ありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.338-2 - 2009/04/16 (木) 18:54:41 - ~
PubmedでDNA methylation mosaicなどで検索すると、
貴方の知りたいことを調べた論文がヒットすると思います。

Bisulfite sequence 削除/引用
No.338-1 - 2009/04/16 (木) 17:47:36 - R
いつも興味深く拝見しています。

表題のbisulfite sequenceについてですが、
最終的に10クローン位をシーケンスしてメチル化頻度を見るのが標準だと思います。

また、文献を見てもクローンによってメチル化状態が異なっています。

しかし、そもそも何故、クローンによってメチル化状態が異なるのでしょうか?
CpG islandにおけるメチル化状態はモザイク状であることは常識なのでしょうか?

これは、メチル化・脱メチル化酵素の平衡状態のせいでしょうか?
また、CpG islandの中でもメチル化されやすい所、されにくい所があるようにも見えます。

うまく疑問がまとまらないのですが、どなたかご意見ありませんでしょうか。

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