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(無題) 削除/引用 No.3377-6 - 2010/10/19 (火) 23:59:56 - ザンギ ブートストラップが完全に同じ値になることは普通はありませんね。 ちゃんとやるなら最低限、最尤法とNJ法と最節約法で２〜３種類くらい のアルゴリズムでやってみるのが普通だと思いますが、プログラム名も 書かないし変えるつもりもないって宣言するのはいかがなものでしょうね。 例外となる枝を削るって？ 合理的な理由が無ければでっち上げじゃないでしょうか？ アライメントはちゃんと組んでるんですかね。

(無題) 削除/引用 No.3377-5 - 2010/10/19 (火) 23:32:46 - Pumpkin >前提ですが、ソフト自体は大幅に変えるつもりはありません。 じゃ、色々いじってご自分で解を見つけてください。

(無題) 削除/引用 No.3377-4 - 2010/10/19 (火) 21:00:28 - けん 前提ですが、ソフト自体は大幅に変えるつもりはありません。 例外となる枝を減らしたら、 上流のブートストラップ値の改善は見込めるんでしょうかね。 ブートストラップも常に一定の値ではないので、 削ったことによる効果なのかよくわからない時があります。

(無題) 削除/引用 No.3377-3 - 2010/10/19 (火) 18:30:42 - 葉 全長を使わなくてすむのなら、 使う配列の範囲を変えれば、多少いじれますが・・・。 特定の範囲を使ったエクスキューズがないと、恣意的ですがね。 まずはアルゴリズムでしょうね。

(無題) 削除/引用 No.3377-2 - 2010/10/19 (火) 18:16:07 - Pumpkin 情報が不足していますがアライメントからの分子系統樹だとして、サンプルが増やせない（変えられない）以上、系統樹を作るアルゴリズムを幾つか試してみるというのが第一選択肢では（それしかない？）？

系統樹の作り方 削除/引用 No.3377-1 - 2010/10/19 (火) 13:14:39 - けん 系統樹を作ったのですがブートストラップが悪い状況です これを改善する方法はあるんでしょうか？ サンプルは減らすことはできても増やすのは無理です

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