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ナンセンス変異 トピック削除
No.3339-TOPIC - 2010/10/12 (火) 18:07:30 - mutant
ORFの途中にstopコドンが入ってしまうnonsense mutationをもつ変異体の解析を行っています。
この場合、mRNAも分解されてしまうとききました(nonsense mediated mRNA decay,NMD)。素人なので教えてほしいのですが、このNMDはnonsense　mutationではかならずおこることなのでしょうか？
実はRT-PCRをしてみたところ、mRNA自体は存在するようなのです。
宜しくお願いいたします。
　
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No.3339-9 - 2010/10/13 (水) 14:00:25 - mutant
補足しますと、サンプルは魚のembryoです。phenotypeがでる少し前のembryo(endogeneousな目的のmRNAは既にある時期)をgenotypingした後、一個体づづからAmbionのRNAqueous KitでRNAを抽出し、特定の領域をRT-PCRで見ています．

(無題) 削除/引用
No.3339-8 - 2010/10/13 (水) 13:34:45 - おお
>もっと後期のembryoからRNAをとれば、分解されている、と言ったことは考えられますか？

サンプルに関して言及がなくいきなりそういわれてもよくわからないのですが、
分化の仮定でも変化があるのは幾らか例があったように記憶してます。

(無題) 削除/引用
No.3339-7 - 2010/10/13 (水) 13:34:21 - NMD
>にもかかわらず、RNAが残っているようなのですが、

このRNAというのはfull lengthで残っているということでしょうか？
RT-PCRで特定の領域をみると残っているという程度でしょうか？

NMDはシクロヘキシミドとかPI3K/akt kinase inhibitorとかで影響を受けるのでもしかしたら、mutantさんの系でもそういった薬剤が入っていないかが気になるところです。

(無題) 削除/引用
No.3339-6 - 2010/10/13 (水) 13:30:45 - おお
50-55ntよりも5' 側にあるnonsense mutation
だからといって必ずNMDが起こるというわけでもなく、現在それについては
いろいろな研究者が研究を進めていると言う状況です。

(無題) 削除/引用
No.3339-5 - 2010/10/13 (水) 13:16:08 - mutant
コメントありがとうございます。

自分が扱ってるケースを調べてみたのですが、最終exon intron junctionより数えて、50-55ntよりも5' 側にあるnonsense mutationでした。のでNMDを受けるケースであると考えられます。にもかかわらず、RNAが残っているようなのですが、もっと後期のembryoからRNAをとれば、分解されている、と言ったことは考えられますか？

(無題) 削除/引用
No.3339-4 - 2010/10/12 (火) 23:54:23 - おお
>このNMDはnonsense　mutationではかならずおこることなのでしょうか？

起こらない場合もあります。たぶん総説探すと見つかると思うよ
ひつつはエクソンーイントロンのじゃんくしょんからの距離が関係しています。

うーん 削除/引用
No.3339-3 - 2010/10/12 (火) 21:59:43 - NMD
NMDが起こる仕組みって面白いですよね。

NMDルールというものがあります。
nonsense mutationの位置によりNMDが起こるのか、truncated proteinとして翻訳されてしまうのかが分かれます。

Nature review molecular biology Vol. Feb,2004のFigure 1をご覧下さい。

3'-most exon-exon junction上流50-55ntよりも上流にmutationがあればNMDが起こります。

(無題) 削除/引用
No.3339-2 - 2010/10/12 (火) 21:05:18 - Actias
すぐに資料が出てこないので、申し訳ないですが。

「NMD は、本来でないstop codon があれば、必ず起こる」
というものではないです。
たしか、スプライスサイトの近傍（50bpでしたっけ？）では、
起こらない、とされている。

横浜市大 大野先生の研究室の山下さんや鹿島さんの日本語の総説があると思います。

ナンセンス変異 削除/引用
No.3339-1 - 2010/10/12 (火) 18:07:30 - mutant
ORFの途中にstopコドンが入ってしまうnonsense mutationをもつ変異体の解析を行っています。
この場合、mRNAも分解されてしまうとききました(nonsense mediated mRNA decay,NMD)。素人なので教えてほしいのですが、このNMDはnonsense　mutationではかならずおこることなのでしょうか？
実はRT-PCRをしてみたところ、mRNA自体は存在するようなのです。
宜しくお願いいたします。
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