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エタノール沈殿後のペレット
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No.3288-TOPIC - 2010/10/01 (金) 23:51:42 -
lala
合成したDNAをイソプロで沈殿させた後、エタ沈し、乾燥させTEバッファーで溶かしました。操作の段階でだんだん白色のペレットが目視できにくくはなりましたが、最終的に沈殿があるなということは確認できました。
しかし、どこかのサイトでペレットの色が透明であればある程、高純度のDNAが取れていると考えられると書いてありました。
私は沈殿が目視できればできるほどDNAがよく取れているのだと思っていたのですが、実際どうなのでしょうか・・・?
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No.3288-5 - 2010/10/04 (月) 11:08:47 - 中年
「同じ純度のDNAであれば沈殿が大きいほどDNA量は多い」ということと、「同じ量のDNAであればペレットの色が透明であるほど高純度である」ということの間には何の矛盾もありませんよね。
それから、キャリアとしてグリコーゲンを使っているとしたら、沈殿の性状はグリコーゲンのそれで決まるでしょう。
(無題)
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No.3288-4 - 2010/10/02 (土) 02:12:49 -
おお
透明とかどこまで当てになるかわかりませんけど。
OD値はまあまあ低い値で見ているのでマシンの性能によってはぶれがあってもおかしくないかと。
サンプルにどれだけ余裕があるのかわかりませんが、電気えいどうでみれなくもない範囲だとおもいます(バンドがシングルで出るサンプルなら)。バイオアナライザーならもう少し感度がいいかもしれません。
吸収スペクトルがとれるんならそれで確認して核酸様の波長特性がとれるかも見ておけば変なことが起こっていれば気がつくと思います。
(無題)
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No.3288-3 - 2010/10/02 (土) 00:28:56 -
lala
早速ありがとうございます。
いろいろ調べてみたのですがグリコーゲンを入れているのでそれなのかもしれません。
使っている測定器のぶれが結構ありまして、何度か測定してだいたい安定してきた値で実験を進めているのですが、A260の値が0.015、A280の値は0.008で、260と280の比は2.0です。
濃度的にも満足した値にはなっているのですが、ホントのところDNAは取れているのか不安になってお尋ねしました。
今の実験はまだ日が浅いものでいろいろご教授ください。
(無題)
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No.3288-2 - 2010/10/01 (金) 23:59:37 - うーん
どちらもあり得ますが、手っ取り早くlalaさんの白いpelletが見えたsampleのOD280を測定すればタンパク質のコンタミかそうでないかわかるのでは?
エタノール沈殿後のペレット
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No.3288-1 - 2010/10/01 (金) 23:51:42 -
lala
合成したDNAをイソプロで沈殿させた後、エタ沈し、乾燥させTEバッファーで溶かしました。操作の段階でだんだん白色のペレットが目視できにくくはなりましたが、最終的に沈殿があるなということは確認できました。
しかし、どこかのサイトでペレットの色が透明であればある程、高純度のDNAが取れていると考えられると書いてありました。
私は沈殿が目視できればできるほどDNAがよく取れているのだと思っていたのですが、実際どうなのでしょうか・・・?
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