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カビのDNA抽出。うまくいきません… トピック削除
No.3280-TOPIC - 2010/09/30 (木) 13:32:50 - DYM
カビの培養→胞子懸濁液作成
を経て、ゲノムを回収しています。
実験の都合上、相方と手分けして多量に回収しています。

やり方は同じですが、どうしても回収濃度に差が出てしまいます。
最低100ng/μlは欲しいのですが、何故か10分の1程度しか回収できません。

先輩に相談すると↓
・エタ沈後のエタノール除去が雑→なのでエッペンの底を上にして小分けにしてゆっくり除去する。
・エタ沈時、TaKaRa社製のgenとるくんエタ沈キャリアを使用する。
・エタノール添加後、いつもより5分長めに遠心する。
・ため息ばっかつくからDNAが逃げる(?笑

と言われました…。
かれこれ数ヶ月になろうかという問題で、正直困惑とともに脱力感でいっぱいです。スランプです。
技術面、そしてこれはできればですが、気持ちの持ち方など精神面でご意見があれば、ご意見をくださいm(_ _)mよろしくお願いします。
 
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(無題) 削除/引用
No.3280-3 - 2010/09/30 (木) 16:50:28 - Pumpkin
>やり方は同じですが、

このプロトコルが分からないとコメントしようがありません。

ちなみに理由があって胞子からなのでしょうが、菌糸体からの方が量を確保する分には楽ですよね。組み換えも起こらないし。

>かれこれ数ヶ月になろうかという問題

その間、どのような改善策を講じて、改善されていないのかも書ければ有効なアドバイスが得られるのではないでしょうか。

ちなみに、文面からは相方?さんは、あなたと違ってそこそこの終了で取れているということでしょうか?であれば、同僚に聞くのが早いような。どうでしょうか?

(無題) 削除/引用
No.3280-2 - 2010/09/30 (木) 13:40:38 - 中年
ゲノムのような高分子量のDNAでEtOH沈殿の効率が問題になるとは考えにくいです。どういうプロトコルで調製しておられるのか分かりませんが、胞子壁を消化するステップがあるなら、それが不十分なんじゃないでしょうか。

カビのDNA抽出。うまくいきません… 削除/引用
No.3280-1 - 2010/09/30 (木) 13:32:50 - DYM
カビの培養→胞子懸濁液作成
を経て、ゲノムを回収しています。
実験の都合上、相方と手分けして多量に回収しています。

やり方は同じですが、どうしても回収濃度に差が出てしまいます。
最低100ng/μlは欲しいのですが、何故か10分の1程度しか回収できません。

先輩に相談すると↓
・エタ沈後のエタノール除去が雑→なのでエッペンの底を上にして小分けにしてゆっくり除去する。
・エタ沈時、TaKaRa社製のgenとるくんエタ沈キャリアを使用する。
・エタノール添加後、いつもより5分長めに遠心する。
・ため息ばっかつくからDNAが逃げる(?笑

と言われました…。
かれこれ数ヶ月になろうかという問題で、正直困惑とともに脱力感でいっぱいです。スランプです。
技術面、そしてこれはできればですが、気持ちの持ち方など精神面でご意見があれば、ご意見をくださいm(_ _)mよろしくお願いします。

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